WikiDer > ARB Project

ARB Project

В ARB Project это бесплатный программный пакет для филогенетический анализ рРНК и другие биологические последовательности, такие как аминокислоты. Это позволяет новаторское и альтернативное выполнение филогении. Он также обеспечивает простоту импорта и сборки генетических последовательностей любых организмов с использованием автоматического выравнивателя. Этот процесс редактирования можно разделить на две подкатегории; «Редактор первичной структуры» и «Редактор вторичной структуры». В целом это позволяет компенсировать «филогенетическое древовидность». Программное обеспечение также позволяет визуализировать эти биологические последовательности, что дает пользователю более глубокий опыт и взаимодействие. Это особенно необходимо при сравнении филогенетических данных различных организмов.[1]

Вступление

По собственному описанию авторов,[2]

АРБ (от лат. беседка, дерево) Программный пакет ARB включает множество напрямую взаимодействующих программных инструментов для обслуживания и анализа базы данных последовательностей, которые управляются общим графический интерфейс пользователя. Хотя изначально он был разработан для рибосомная РНК данных, его можно использовать для любых нуклеиновый и аминокислота данные последовательности. Центральная база данных содержит обработанные (согласованные) первичная структура данные. Любые дополнительные описательные данные могут храниться в полях базы данных, назначенных для отдельных последовательностей или связанных через локальные или всемирные сети. Филогенетическое дерево, отображаемое в главном окне, можно использовать для доступа к данным и их визуализации. Пакет включает дополнительные инструменты для импорта и экспорта данных, выравнивания последовательностей, первичных и вторичная структура редактирование, расчет профиля и фильтра, филогенетический анализ, разработка и оценка конкретных гибридизационных зондов и другие компоненты для анализа данных. В настоящее время пакет используется многочисленными рабочими группами по всему миру.

Рекомендации

  1. ^ Кумар, Ядху. «Проект АРБ» (PDF).
  2. ^ Людвиг, В. (23 февраля 2004 г.). «ARB: программная среда для данных последовательности». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (4): 1363–1371. Дои:10.1093 / нар / гх293. ЧВК 390282. PMID 14985472.

внешняя ссылка