WikiDer > Ярлык соответствия

Affinity label


Метки сходства являются классом ингибиторы ферментов который ковалентно связываются со своей целью, вызывая ее инактивацию. Отличительной чертой аффинной метки является использование нацеливающей группы для специфической и обратимой доставки слабореактивной группы к ферменту, который необратимо связывается с аминокислотным остатком. Нацеливающая часть метки часто напоминает естественный субстрат фермента, так что аналогичный способ нековалентного связывания используется до ковалентного связывания.[1][2] Их применимость в медицине может быть ограничена специфичностью первой стадии нековалентного связывания, тогда как неизбирательное действие можно использовать для таких целей, как маркировка близости - метод проверки субстрат-специфического связывания соединений.[1]

Эти метки не ограничиваются ферментами, но также могут быть предназначены для взаимодействия с антитела или же рибозимы хотя это использование менее распространено. Хотя белки, такие как гемоглобин, не имеют активного сайта, связывающие карманы могут быть использованы из-за их сродства и, таким образом, могут быть помечены.

Классификации

Ярлыки сходства можно разделить на три отдельные категории в зависимости от их реактивных групп и способа доставки.[3]

Классические метки близости

Эта категория включает простейший подход к соединению электрофил с низкой внутренней реакционной способностью к нековалентному связывающему фрагменту, который часто имитирует природный субстрат. Ключом к этому обозначению является то, что реакционная способность электрофила не изменяется ферментом и что нековалентный связывающий фрагмент служит для увеличения присутствия и времени жизни электрофила в активном центре (эффективная молярность). Слабореактивная группа может реагировать с функциональными группами за пределами активного центра или с другими белками, но селективность обеспечивается нековалентной связывающей частью. Кинетические признаки этого типа ингибитора могут быть обнаружены при насыщении, поскольку ковалентная реакция (кинакт) становится лимитирующей стадией при высоких концентрациях ингибитора. Горстка лекарств, таких как афатиниб получили одобрение FDA благодаря этому подходу. Обратный подход к использованию слабонуклеофильного ингибитора для атаки электрофила, связанного с белком, также был изучен. Этому подходу уделялось гораздо меньше внимания из-за отсутствия белковых электрофилов и только тех, у которых есть подходящие кофакторы могут быть нацелены.[1][3]

Неактивные метки привязки

Неактивные метки сродства представляют собой многообещающий подход к ингибированию ферментов с использованием «замаскированных» реактивных функций, которые обнаруживаются только в активном центре. Этот подход отличается от инактиваторов, основанных на механизме, тем, что катализ должен быть «вне пути». Один из лучших примеров, объясняющих эту форму катализа, - это инактивация диметиларгиндиметиламиногидролазы (DDAH) 4-галогенпиридинами. При физиологическом pH 4-галогеновая группа имеет почти ничтожную реакционную способность с тиолатами, но при протонировании азота реакционная способность увеличивается в ~ 4500 раз. Это протонирование происходит за счет остатка аспартата, который обычно не участвует в катализе. После атаки цистеина активного центра и потери галогенида фермент необратимо модифицируется. Это требование катализа регулирует селективность модификации.[3] Этот класс не ограничен галогенпиридинами, и были использованы функциональные группы, включая эпоксиды и пептидилацилоксиметилкетоны. Кинетическая сигнатура этого класса напоминает сигнатуру классических аффинных этикеток. Этот термин ранее использовался для описания аффинных меток, которые содержат слабореактивные группы, но в последнее время появилась литература о требованиях внепроходного катализа.[4]

Фотоаффинити-этикетки

Фотоаффинные метки характеризуются неферментативной реакционной способностью, вызванной воздействием света, и нековалентной нацеливающей составляющей для повышения эффективной молярности этой реактивной группы в активном центре. Хотя этот метод кажется разумным в теории, низкая степень мечения часто наблюдается в основном из-за тушения реакционноспособных частиц растворителем или другими частицами в растворе. Однако это гашение может быть выгодным, поскольку это настолько быстрый процесс, что после образования реакционноспособных частиц они не будут диффундировать в какой-либо заметной степени и будут реагировать только с молекулами, с которыми они непосредственно примыкают.

Фотоаффинные метки не очень перспективны для ингибирования или использования лекарств, но подходят для идентификации сайтов связывания лигандов. Реакционноспособные группы, такие как нитрены или 2-арил-5-карбокситетразолы, часто используются для получения высокореактивных, неселективных карбенов или умеренно селективных нитрилиминных промежуточных соединений, соответственно.[2][3]

Использование маркировки сродства

При характеристике фермента важно идентифицировать аминокислотные остатки, ответственные за катализ. Хотя ясно, что рентгеновская кристаллография предоставит более подробную трехмерную информацию об активном центре, возвращается только статическая картина, и могут возникнуть трудности при совместной кристаллизации субстрата или имитаторов из-за ферментативного оборота.

Классическим примером использования аффинных меток для этой цели является картирование топографии активного сайта химотрипсина. Путем использования трех различных аффинных меток, которые размещают реактивные группы (галогенметилкетоны или фосфофториды) на разных участках ядра природного субстрата, можно определить относительные положения и идентичность трех разных аминокислот.[1] Другим ярким примером использования аффинного мечения для определения активного сайта фермента является работа, выполненная Grachev et al. что привело к характеристике β-субъединицы основной РНК-полимеразы как субъединицы, ответственной за образование фосфодиэфирной связи в процессе прокариотической транскрипции.[5]

Профилирование белков на основе активности (ABPP)

Базовая единица Протеомика на основе активности - зонд, который обычно состоит из двух элементов: реактивной группы (РГ, иногда называемой «боеголовкой») и метки. Кроме того, некоторые зонды могут содержать связывающую группу, повышающую селективность. Реактивная группа обычно содержит специально разработанный электрофил, который становится ковалентно связанным с нуклеофильным остатком в активном центре активного фермента. Фермент, который ингибируется или посттрансляционно модифицирован, не будет реагировать с зондом на основе активности. Метка может быть либо репортером, например флуорофором, либо аффинной меткой, такой как биотин, или алкин, или азид, для использования с 1,3-диполярным циклоприсоединением Huisgen (также известной как химия щелчка).

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d Wofsy L, Metzger H, Singer SJ (ноябрь 1962 г.). «Аффинное мечение - общий метод мечения активных центров молекул антител и ферментов». Биохимия. 1: 1031–9. Дои:10.1021 / bi00912a013. PMID 14001461.
  2. ^ а б Колман РФ (1995). «Маркировка сродства и связанные подходы к определенным сайтам ферментов». В Biswas BB, Roy S (ред.). Белки: структура, функции и инженерия. Субклеточная биохимия. 24. Бостон, Массачусетс: Спрингер. С. 177–205. Дои:10.1007/978-1-4899-1727-0_7. ISBN 978-1-4899-1729-4.
  3. ^ а б c d Tuley A, Fast W. (июнь 2018 г.). «Таксономия ковалентных ингибиторов». Биохимия. 57 (24): 3326–3337. Дои:10.1021 / acs.biochem.8b00315. ЧВК 6016374. PMID 29689165.
  4. ^ Джонсон С.М., Лински Т.В., Юн Д.В., Доктор медицинских наук, Быстрый В. (февраль 2011 г.) «Открытие галогенпиридинов как пассивных аффинных меток: инактивация диметиларгининдиметиламиногидролазы». Журнал Американского химического общества. 133 (5): 1553–62. Дои:10.1021 / ja109207m. ЧВК 3038607. PMID 21222447.
  5. ^ Грачев М.А., Колочева Т.И., Лухтанов Е.А., Мустаев А.А. 1987. Исследования функциональной топографии РНК-полимеразы Escherichia coli. Высокоселективное аффинное мечение аналогами инициирующих субстратов. Евро. J. Biochem. 163: 113-121. https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1987.tb10743.x