WikiDer > Мотив РНК Asd

Asd RNA motif
asd РНК-мотив
Asd-RNA.svg
Консенсусная вторичная структура asd РНК. Стержень с надписью "терминатор" предсказывается как Rho-независимый терминатор транскрипции.
Идентификаторы
Символasd РНК
РфамRF01732
Прочие данные
РНК типмРНК
Домен (ы)Streptococcaceae
ТАК0000655
PDB структурыPDBe

В asd Мотив РНК консервированный РНК найденная структура определена молочнокислые бактерии. В asd мотив был обнаружен биоинформатика[1] и отдельное лицо asd РНК в Streptococcus pyogenes был обнаружен микрочип и северная гибридизация эксперименты с молекулой из 170 нуклеотидов под названием «SR914400».[2] В сайт начала транскрипции определенная для SR914400 соответствует 5'-концу молекулы, показанной на консенсусной диаграмме.

Немного asd РНК связаны с генами, такими как asd, которые наводят на мысль о цис-регуляторная функция.[3] Однако несколько линий доказательств предполагают, что это не биологическая роль asd РНК. Во-первых, в некоторых случаях asd РНК нет в 5 'непереведенный регион любых аннотированных ген. Во-вторых, в Streptococcus mutans, есть сильная промоутер[4] непосредственно после терминатора транскрипции, который следует за asd РНК, и этот промотор предшествует нижележащему гену. Такое расположение предполагает, что asd Транскрипция РНК прекращается, и ген транскрибируется с нижележащего промотора. Наконец, хотя asd ген кодирует фермент, аспартат-полуальдегиддегидрогеназа, который участвует в синтезе метионин, лизин и треонин, уровни транскрипции asd гена остаются постоянными даже при изменении концентрации этих аминокислот.[4]

Было показано, что мРНК взаимодействует с 5'UTR из mga транскрипт (ген-регулятор множественной вирулентности) и был переименован Марс для маг-аактивизирующий ррегулирующий sРНК. В штаммах с делецией MarS экспрессия mga и несколько Mga-активированных генов снижены. Это подавление факторов вирулентности приводит к повышенной чувствительности делеционного штамма к фагоцитоз, снижение приверженности к человеческому кератиноциты. Однако отсутствие MarS увеличивало распространение бактерий и устойчивость к окислительному стрессу.[5]

использованная литература

  1. ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геномная биология. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК 2864571. PMID 20230605.
  2. ^ Перес Н., Тревиньо Дж., Лю З., Хо С.К., Бабицке П., Сумби П. (ноябрь 2009 г.). «Полногеномный анализ малых регуляторных РНК в человеческом возбудителе Streptococcus группы А». PLOS One. 4 (11): e7668. Дои:10.1371 / journal.pone.0007668. ЧВК 2765633. PMID 19888332.
  3. ^ Rosinski-Chupin I, Sauvage E, Sismeiro O, Villain A, Da Cunha V, Caliot ME, Dillies MA, Trieu-Cuot P, Bouloc P, Lartigue MF, Glaser P (май 2015 г.). «Однонуклеотидное разрешение RNA-seq открывает новые регуляторные механизмы в условно-патогенном микроорганизме Streptococcus agalactiae». BMC Genomics. 16 (1): 419. Дои:10.1186 / s12864-015-1583-4. ЧВК 4448216. PMID 26024923.
  4. ^ а б Cardineau GA, Curtiss R (март 1987 г.). «Нуклеотидная последовательность гена asd Streptococcus mutans. Идентификация области промотора и доказательства наличия аттенюатороподобных последовательностей, предшествующих структурному гену». Журнал биологической химии. 262 (7): 3344–3353. PMID 2434499.
  5. ^ Паппеш Р., Варнке П., Миккат С., Норманн Дж., Вишневска-Кучпер А., Хушка Ф., Виттманн М., Хани А., Швенгерс О., Оемке-Хехт С., Хайн Т., Крайкемейер Б., Патенж Н. (сентябрь 2017 г.). «Нормативная малая РНК MarS поддерживает вирулентность Streptococcus pyogenes». Научные отчеты. 7 (1): 12241. Дои:10.1038 / s41598-017-12507-z. ЧВК 5613026. PMID 28947755.

внешние ссылки