WikiDer > Avibase

Avibase
Avibase
Тип сайта
Таксономическая база данных
Доступно в105 языков
СделаноДенис Лепаж
URLavibase.bsc-eoc.org
Запущен2003
Текущее состояниеАктивный

Avibase это онлайн таксономическая база данных что организует птица таксономический и данные о распределении по всему миру. По своей сути, база данных основана на понятии таксономические концепции.[требуется разъяснение][1][2] а не таксономические названия[3] (смотрите также[4][5][6] для обоснования использования таксономических понятий). Avibase объединяет и систематизирует таксономические данные от основных издателей таксономии птиц (Контрольный список птиц мира Клементса,[7] Справочник птиц мира, BirdLife International,[8] Контрольный список МОК[9] и Ховард и Мур - полный список птиц мира[10]) и другие региональные источники (например, все издания Контрольный список североамериканских птиц Американского орнитологического общества с 1886 г.). Таксономические концепции из более чем 230 различных таксономических источников были сопоставлены с концепциями Avibase и сопоставлены с ними.

Веб-сайт также предлагает контрольные списки для более чем 20000 географических регионов мира, страницы видов с таксономической информацией и синонимами, а также инструменты для наблюдателей, чтобы поддерживать свои собственные наблюдения и получать отчеты (например, карта с указанием стран или eBird горячие точки с количеством целевых видов, которые отсутствуют в одном из их жизненного списка).

История и цель

Avibase была создана и поддерживается Денисом Лепажем, в настоящее время старшим директором по науке о данных и технологиям компании Птицы Канады. Данные, содержащиеся в Avibase, собирались примерно с 1991 года.[11] Веб-сайт Avibase был запущен в июне 2003 года и размещен на Птицы Канады (ранее называвшаяся Bird Studies Canada) с момента основания.

Функции

Таксономические концепции. База данных организована в основном вокруг таблицы уникальных таксономических понятий. Каждая концепция представляет собой уникальное биологическое описание и имеет уникальный буквенно-цифровой идентификатор, называемый ID Avibase. Идентификаторы Avibase позволяют отслеживать совпадающие таксономические концепции среди источников публикации. В Avibase описано около 58 000 уникальных таксономических концепций. К ним относятся концепции, традиционно признаваемые видами и подвид, но также и другие таксономические группы (группы подвидов), различные альтернативные таксономические трактовки, признанные исторически, и другие концепции, представляющие гибриды, цветовые морфы и недействительные или сомнительные формы.

Номенклатурные данные. Каждый научное название также описано, чтобы включать данные цитирования и имя, связанное с исходным описанием. Примерно 48000 актов[требуется разъяснение] были записаны в Avibase, и различные типы синонимы также доступны.

Контрольные списки региональных видов доступны для более чем 20 000 регионов мира. Сюда входят все страны, территории и зависимости, а также большинство регионов, определенных в GADM субнациональные уровни, такие как провинции, штаты, префектуры, округа, департаменты, муниципалитеты и районы (уровни 1 и 2 GADM), а также более 2500 островов. Региональные контрольные списки доступны в нескольких таксономических форматах, а также могут включать общие имена на разных языках. Данные для региональных контрольных списков поступают из большого количества источников, таких как набор данных eBird EBD и форумов, таких как Facebook Global Rare Bird Alert.

Общие имена и синонимы доступны на 271 различных языках и региональных вариантах, и существует 21 язык, охватывающий более 85% видов с известным общим названием.

MyAvibase, запущенная в 2013 году, предоставляет бесплатные инструменты для пользователей, которые хотят поддерживать свои списки жизни и генерировать отчеты, ориентированные на поиск целевых видов, которые наблюдатель еще не видел (куда идти, что посмотреть, когда идти, как долго посещать), или общую региональную статистику (например, общее количество видов по странам).

Использование информации из базы данных

Avibase используется в качестве исходных данных во многих публикациях в Интернете и в рецензируемых публикациях. Например, он часто используется в качестве основного источника Википедия. Он также цитировался, и его данные использовались в более чем 600 публикациях,[12] особенно в области экологии,[13] сохранение[14] паразитология,[15] человеческое здоровье,[16] таксономия[17][18] и биоинформатика.[19]

Идентификаторы Avibase используются как способ устранения неоднозначности в научных названиях птиц и были приняты Контрольный список североамериканских птиц AOS,[20] и они доступны в Викиданные таксон проект.[21] Avibase также используется в качестве справочника для таксономической информации исследовательскими группами, такими как База данных исследований гриппа.

Примечания

  1. ^ «Концепция« потенциальных таксонов »в базах данных». Берендсон В.Г. (1995) Таксон 44: 207–212.
  2. ^ «Стандартное представление модели данных для таксономической информации». Кеннеди Дж, Хайам Р., Кукла Р., Патерсон Т. (2006). OMICS: Журнал интегративной биологии 10: 220–230.
  3. ^ «Avibase - система баз данных для управления и систематизации таксономических понятий»., Лепаж, Денис, Гаурав Вайдья и Роберт Гуральник, ZooKeysС. 420 (25 июня 2014 г.): 117–35.
  4. ^ «Таксономия для людей или компьютеров? Когнитивная прагматика для больших данных». Стернер, Беккет и Нико М. Франц. 2017. Биологическая теория 12 (2): 99–111.
  5. ^ Чтобы повысить доверие, измените социальную структуру, лежащую в основе агрегированных данных о биоразнообразии. Франц, Нико М. и Беккет В. Стернер. 2018. База данных 2018 (январь).
  6. ^ «Управление таксономической переменной: разрешение таксономической концепции для портала гербариев юго-востока США». Франц, Нико, Эдвард Гилберт, Бертрам Людешер и Алан Уикли. 2016. Исследовательские идеи и результаты 2 (сентябрь): e10610.
  7. ^ Контрольный список птиц мира eBird / Clements: версия 2019 Клементс, Дж. Ф., Т. С. Шуленберг, М. Дж. Илифф, С. М. Биллерман, Т. А. Фредерикс, Б. Л. Салливан и К. Л. Вуд. 2019.
  8. ^ Справочник птиц мира и цифровой контрольный список птиц мира BirdLife International. Версия 4. HBW и BirdLife International (декабрь 2019 г.)
  9. ^ Всемирный список птиц МОК (версия 10.1) Гилл Ф., Д. Донскер и П. Расмуссен (редакторы). 2020.
  10. ^ Полный контрольный список Ховарда и Мура для птиц мира, версия 4.1 (Контрольный список для загрузки) Christidis et al. 2018.
  11. ^ "Avibase - Всемирная база данных птиц". avibase.bsc-eoc.org.
  12. ^ "Avibase - Всемирная база данных птиц". avibase.bsc-eoc.org.
  13. ^ «Меры по глобальной эволюционной изоляции могут отловить ключевые местные природоохранные виды в неарктических и неотропических сообществах птиц». Реддинг, Дэвид В., Арне О. Мурс, Чаган Х. Чекерчоглу и Бен Коллен. 2015. Философские труды Королевского общества B: Биологические науки 370 (1662): 20140013.
  14. ^ «Сохранение в Австралии и Неотропической Америке: создание научного потенциала, соответствующего вызовам». Родригес, Джон Пол, Хавьер А. Симонетти, Андреа Премоли и Мигель Анджело Марини. 2005. Биология сохранения 19 (3): 969–72.
  15. ^ «Неожиданные ассоциации птичьего пернатого клеща, выявленные с помощью метабаркодирования ДНК, раскрывают динамический экоэволюционный сценарий». Донья, Хорхе, Давид Серрано, Сергей Миронов, Алисия Монтесинос-Наварро и Роджер Джовани. 2019. Молекулярная экология 28 (2): 379–90.
  16. ^ «Глобальные факторы богатства и распространенности патогенов человека». Данн, Роберт Р., Т. Джонатан Дэвис, Нима К. Харрис и Майкл С. Гэвин. 2010. Труды Королевского общества B: Биологические науки 277 (1694): 2587–95.
  17. ^ «Координация разногласий как альтернатива консенсусной классификации: выводы из систематики для био-онтологий». Стернер, Беккет, Джоэри Виттевин и Нико Франц. 2020. История и философия наук о жизни 42 (1): 8.
  18. ^ «Таксономии нужен плюрализм, но контролируемый и управляемый».. Минелли, Алессандро. 2020. Megataxa 1 (1): 9–18.
  19. ^ «Стандартный набор справочных данных для разрешения названий таксонов позвоночных». Цермольо, Паула Ф., Роберт П. Гуральник и Джон Р. Вичорек. 2016. PLoS ONE 11 (1): e0146894.
  20. ^ «Список североамериканских птиц (онлайн)». Чессер, Р. Т., К. Дж. Бернс, К. Цицеро, Дж. Л. Данн, А. В. Краттер, И. Дж. Ловетт, П. К. Расмуссен, Дж. В. Ремсен, мл., Д. Ф. Стотц и К. Винкер. 2019. Американское орнитологическое общество.
  21. ^ «Проект таксона Викиданных».

Рекомендации

  • Митч, Лесли (2004), "Где осмеливаются орлы и воробьи", Наука, 304: 935, JSTOR 3836936
  • Лепаж, Денис; Вайдья, Гаурав; Гулральник, Роберт (2014), «Avibase - система баз данных для управления и организации таксономических концепций», ZooKeys (420): 117–135, Дои:10.3897 / zookeys.420.7089, ЧВК 4109484, PMID 25061375
  • Дикинсон, Эдвард С. (2016), «Укрепление основ орнитологической номенклатуры: заполнение пробелов в историческом наследии библиографических исследований Шерборна и Ричмонда», ZooKeys (550): 107–134, Дои:10.3897 / zookeys.550.9546, PMID 26877660
  • Вайдья, Гаурав; Лепаж, Денис; Гулралник, Роберт (2018), «Темп и режим процесса таксономической коррекции: как систематики исправляли и регистрировали североамериканские виды птиц за последние 127 лет», PLOS One, 13 (4): e0195736, Bibcode:2018PLoSO..1395736V, Дои:10.1371 / journal.pone.0195736, PMID 29672539

внешняя ссылка