WikiDer > Базовый вызов

Base calling

Базовый вызов это процесс присвоения азотистые основания к хроматограмма пики или изменения электрического тока в результате прохождения нуклеотидов через нанопору. Одна компьютерная программа для выполнения этой работы - Базовый вызов Phred, который является широко используемой программой базового вызова как академическими, так и коммерческими Секвенирование ДНК лабораторий из-за высокой точности вызова базы.[1]

Базовые вызовы для секвенирования Nanopore используют нейронные сети, обученные текущим сигналам, полученным из реальных данных секвенирования. [2]

Базовая точность вызова

Базовый вызов можно оценить по двум параметрам: точность чтения и согласованная точность. Точность считывания относится к тому, насколько точно вызываемая база соответствует известному эталону. Точность консенсуса означает, насколько точна согласованная последовательность по сравнению с перекрывающимися считываниями из одного и того же генетического локуса. [3]

Рекомендации

  1. ^ Рихтерих П. (1998): Оценка ошибок в «сырых» последовательностях ДНК: исследование для проверки. Genome Res. 8 (3): 251–259. PMID 9521928
  2. ^ Wick RR (2019): Производительность инструментов вызова нейронных сетей для секвенирования Oxford Nanopore. Геномная биология. 20 (129).
  3. ^ Wick RR (2019): Производительность инструментов вызова нейронных сетей для секвенирования Oxford Nanopore. Геномная биология. 20 (129).