WikiDer > C2orf73 - Википедия

C2orf73 - Wikipedia
C2orf73
Идентификаторы
ПсевдонимыC2orf73, хромосома 2 открытая рамка считывания 73
Внешние идентификаторыMGI: 1922337 ГомолоГен: 18988 Генные карты: C2orf73
Расположение гена (человек)
Хромосома 2 (человек)
Chr.Хромосома 2 (человек)[1]
Хромосома 2 (человек)
Геномное расположение C2orf73
Геномное расположение C2orf73
Группа2п16.2Начинать54,330,034 бп[1]
Конец54,383,742 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001100396
NM_173486
NM_001369401
NM_001369403

NM_001100394

RefSeq (белок)

NP_001093866
NP_001356330
NP_001356332

NP_001093864

Расположение (UCSC)Chr 2: 54,33 - 54,38 МбChr 11: 30.43 - 30.47 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Неохарактеризованный белок C2orf73 это белок что у людей кодируется C2orf73 ген. Предполагается, что белок будет локализован в ядро.

Ген

Полный ген охватывает в общей сложности 53 712 человек. пар оснований и содержит девять экзоны. Расположение гена в геноме человека указано хромосома 2 в положении 2p16.2 и фланкируется генами ACYP2 и СПТБН1.[5] У этого гена нет псевдонимов.

мРНК

Главная мРНК продуцируется геном C2or73 - 1921 г. нуклеотиды длинный. Есть шесть других мРНК изоформы произведено альтернативное сращивание и вариация длины экзона.[6]

ИзоформаЭкзоныДлина мРНК (оснований)
Начальный2, 3, 5, 6, 71921
X12, 3, 5, 6, 7 (усеченный), 8, 91726
X22, 3 (усеченный), 5, 6, 7 (усеченный)971
X32 (усеченный), 5, 6, 7 (усеченный)868
X44, 5, 6, 7 (усеченный)951
X51, 5, 6, 7 (усеченный)1049
X62, 3, 5, 7 (усеченный)1034

Протеин

Белок имеет молекулярную массу 32142 Дальтон.[7] Есть четыре изоформы белка. Первичная изоформа (X1) - 287 аминокислоты длинный.[8]

C2orf73 содержит короткий мотив последовательности, GDWWSH (этот мотив еще не имеет известной функции). Белок богат лизином и беден лейцином по сравнению с содержанием среднего гена человека и имеет прогнозируемый изоэлектрическая точка из 9.305.[9]

ИзоформаИз изоформы мРНКДлина (аминокислоты)Молекулярный вес (кДа)Изоэлектрическая точка
X1Первичный, X128732.19.305
X2X222925.49.120
X3X3, X4, X516618.19.703
X4X614316.78.790

Структура

Трехмерная структура C2orf73 экспериментально еще не определена. Вычислительный прогноз, сделанный И-ТАССЕР представлен справа.[10]

Предсказанная трехмерная структура человеческого белка C2orf73, созданная I-TASSER.[11][12][13]

Инструмент PELE на Biology Workbench предсказывает три вероятных α-спирали и один β-цепь в белке.[14]

Пост-трансляционные модификации

Инструменты GPS, NetPhos, MyHits и SUMOsp на ExPASy[15] прогнозировать потенциал посттрансляционные модификации для белка. Шесть потенциальных сайты фосфорилирования и один сайт сумоилирования предсказаны.

Субклеточная локализация

PSORT II предсказывает локализацию C2orf73 в ядре.[16] Это подтверждается предсказанным присутствием сайта сумоилирования, который участвует в ядерный цитоплазматический транспорт.[17]

Выражение

GEO профили из NCBI показывают, что C2orf73 слабо экспрессируется в следующих тканях у людей: Костный мозг, печень, сердце, легкие, мозг, спинной мозг, скелетные мышцы, вилочковая железа, и эпителий.[18]

Регулирование выражения

В Геноматикс Инструмент Эльдорадо предсказывает многие факторы транскрипции иметь высокую аффинность связывания в 1100 парах оснований перед C2orf73. Многие факторы транскрипции обычно регулируют такие процессы, как развитие клеток и дифференциация, смерть клетки, а клеточный цикл.[19]

Взаимодействующие белки

Экспериментально установлено, что три белка взаимодействуют с C2orf73 через Двугибридные дрожжи эксперименты.[20]

Функция

Функция C2orf73 в настоящее время недостаточно изучена научным сообществом или кем-либо еще.

Гомология

Нет паралоги C2orf73 в геноме человека. Ортологи встречаются повсюду, но ограничиваются этим типом Хордовые (за некоторыми исключениями в других типах королевства Animalia, словно Осьминог бимакулоидный).[21]

РазновидностьРаспространенное имяРегистрационный номер NCBIДлина последовательности (AA)Миллионы лет с тех пор LCA[22]% Личность% Сходства
Homo sapiensЧеловекNP_001093866.1287---
Heterocephalus glaberГолый землекопXP_004867342.12359062.268.2
Mus musculusМышьNP_001093864.12339054.962.8
Fukomys damarensisДамаралендский землекопXP_010614136.22889075.083.7
Pteropus vampyrusБольшая летучая лисицаXP_011362281.12919677.782.8
Eptesicus fuscusБольшая коричневая летучая мышьXP_008160678.13219661.867.6
Ринолофус синусовыйКитайская румяная подковообразная летучая мышьXP_019575083.13019671.479.4
Erinaceus europaeusЕвропейский ёжикXP_007528011.12849663.871.4
Condylura cristataЗвездноносая родинкаXP_012586937.12919669.879.0
Camelus ferusДикий двугорбый верблюдXP_006174505.12919675.683.2
Capra hircusКозелXP_013823176.12859673.177.9
Bos taurusКрупный рогатый скотNP_001094753.12909675.581.0
Panthera pardusЛеопардXP_019277335.12929675.082.2
Ursus maritimusПолярный медведьXP_008698084.12909677.384.5
Falco peregrinusСапсанXP_013152712.123131236.244.6
Аптерикс мантеллиКоричневый киви Северного островаXP_013805202.119731236.941.9
Питон бивиттатусБирманский питонXP_007425859.131431230.845.0
Анолис каролиненсисКаролина анолXP_003216202.232031235.342.7
Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушкаXP_018118010.130735236.952.2
Nanorana parkeriЛягушкаXP_018419829.130735236.445.8
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призракXP_007890694.129347328.034.9
Циона кишечникаМорской брызгXP_002125895.123567622.434.5
Осьминог бимакулоидныйКалифорнийский двухточечный осьминогXP_014784430.124279722.430.0
Saccoglossus kowalevskiiЖелудь червьXP_002735239.223268417.927.9

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000177994 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000040919 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Открытая рамка считывания 73 (C2orf73) хромосомы 2 человека (Homo sapiens), мРНК - нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 28 апреля 2017.
  6. ^ «Открытая рамка считывания 73 хромосомы 2 C2orf73 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 28 апреля 2017.
  7. ^ «Ген C2orf73 - GeneCards | Белок CB073 | Антитело CB073». www.genecards.org. Получено 28 апреля 2017.
  8. ^ «Открытая рамка считывания 73 хромосомы 2 C2orf73 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 28 апреля 2017.
  9. ^ "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Получено 28 апреля 2017.
  10. ^ «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 28 апреля 2017.
  11. ^ Чжан И (январь 2008 г.). «Сервер I-TASSER для предсказания трехмерной структуры белков». BMC Bioinformatics. 9 (1): 40. Дои:10.1186/1471-2105-9-40. ЧВК 2245901. PMID 18215316.
  12. ^ Ян Дж., Ян Р., Рой А., Сюй Д., Пуассон Дж., Чжан И. (январь 2015 г.). «I-TASSER Suite: предсказание структуры и функции белков». Методы природы. 12 (1): 7–8. Дои:10.1038 / nmeth.3213. ЧВК 4428668. PMID 25549265.
  13. ^ Рой А., Кучукурал А., Чжан И. (апрель 2010 г.). «I-TASSER: единая платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белков». Протоколы природы. 5 (4): 725–38. Дои:10.1038 / nprot.2010.5. ЧВК 2849174. PMID 20360767.
  14. ^ "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Получено 28 апреля 2017.
  15. ^ "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Категории". www.expasy.org. Получено 28 апреля 2017.
  16. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 28 апреля 2017.
  17. ^ Hay RT (апрель 2005 г.). «СУМО: история изменений». Молекулярная клетка. 18 (1): 1–12. Дои:10.1016 / j.molcel.2005.03.012. PMID 15808504.
  18. ^ «Главная - ГЕО - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 28 апреля 2017.
  19. ^ «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 28 апреля 2017.
  20. ^ "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk. Получено 28 апреля 2017.
  21. ^ Альтшул С.Ф., Мэдден Т.Л., Шеффер А.А., Чжан Дж., Чжан З., Миллер В., Липман Д.Д. (сентябрь 1997 г.). «Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска по базе данных белков». Исследования нуклеиновых кислот. 25 (17): 3389–402. Дои:10.1093 / nar / 25.17.3389. ЧВК 146917. PMID 9254694.
  22. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 28 апреля 2017.