WikiDer > CAMEO3D

CAMEO3D

Непрерывная автоматизированная оценка модели (CAMEO) это общественный проект по постоянной оценке точности и надежности предсказание структуры белка серверы полностью автоматизированы.[1] CAMEO - это непрерывное и полностью автоматизированное дополнение к двухгодичному CASP эксперимент.[2] В настоящее время CAMEO оценивает прогнозы для прогнозируемых трехмерные белковые структуры (3D), сайт связывания лиганда предсказания в белках (LB) и инструменты оценки качества модели (QE).

Рабочий процесс

CAMEO проводит слепую оценку предсказание структуры белка методы, основанные на еженедельных выпусках новых экспериментальных структур Банк данных белков (PDB). В аминокислотные последовательности белковые структуры, которые должны быть выпущены в ближайшее время, отправляются на участвующие веб-серверы. Веб-серверы возвращают свои прогнозы в CAMEO, и прогнозы, полученные до того, как экспериментальные структуры были выпущены, включаются в оценку точности прогнозов. В отличие от CASP эксперимента, сравнение между прогнозными и справочными данными полностью автоматизировано и, следовательно, требует численных мер расстояния, которые устойчивы к относительным домен движения.[3]

История

CAMEO был разработан как часть Портал белковых моделей[4] модуль Базы знаний по структурной биологии[5] как часть Инициатива по структуре белка. Ранее проекты с аналогичными целями были EVA и LiveBench. CAMEO разрабатывается группой вычислительной структурной биологии SIB. Швейцарский институт биоинформатики и Биоцентр, Базельский университет.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Хаас, Дж; Рот, S; Арнольд, К; Кифер, Ф; Шмидт, Т; Бордоли, L; Шведе, Т. (2013). «Портал моделей белков - исчерпывающий ресурс для информации о структуре белков и моделях». База данных. 2013: bat031. Дои:10.1093 / база данных / bat031. ЧВК 3889916. PMID 23624946.
  2. ^ Линька, Дж; Фиделис, К; Крыштафович А; Schwede, T; Трамонтано, А (февраль 2014 г.). «Критическая оценка методов предсказания структуры белков (CASP) - раунд x». Белки. 82 Дополнение 2: 1–6. Дои:10.1002 / prot.24452. ЧВК 4394854. PMID 24344053.
  3. ^ Мариани, В; Biasini, M; Барбато, А; Шведе, Т. (1 ноября 2013 г.). «lDDT: оценка без локальной суперпозиции для сравнения структур и моделей белков с использованием тестов разности расстояний». Биоинформатика. 29 (21): 2722–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt473. ЧВК 3799472. PMID 23986568.
  4. ^ Арнольд, К; Кифер, Ф; Копп, Дж; Battey, JN; Подвинец, М; Вестбрук, JD; Берман, HM; Бордоли, L; Шведе, Т. (март 2009 г.). "Портал протеиновых моделей". Журнал структурной и функциональной геномики. 10 (1): 1–8. Дои:10.1007 / s10969-008-9048-5. ЧВК 2704613. PMID 19037750.
  5. ^ Габани, MJ; Адамс, PD; Арнольд, К; Бордоли, L; Картер, LG; Флиппен-Андерсен, Дж; Гиффорд, L; Хаас, Дж; Коуранов А; Маклафлин, Вашингтон; Micallef, DI; Минор, W; Шах, Р; Schwede, T; Тао, Ю.П .; Вестбрук, JD; Циммерман, М; Берман, HM (июль 2011 г.). «База знаний по структурной биологии: портал о белковых структурах, последовательностях, функциях и методах». Журнал структурной и функциональной геномики. 12 (2): 45–54. Дои:10.1007 / s10969-011-9106-2. ЧВК 3123456. PMID 21472436.

внешняя ссылка