WikiDer > База данных CATH

CATH database
CATH
CATH - База данных классификации структуры белков.png
Содержание
ОписаниеКлассификация структуры белка
Контакт
Исследовательский центрУниверситетский колледж Лондона
ЛабораторияИнститут структурной и молекулярной биологии
Основное цитированиеДоусон и др. (2016) [1]
Дата выхода1997
Доступ
Интернет сайтcathdb.Информация
Скачать URLcathdb.Информация/скачать
Разное
Выпуск данных
частота		CATH-B выпускается ежедневно. Официальные выпуски примерно ежегодно.
Версия4.1

В База данных классификации структуры белков CATH это бесплатный общедоступный онлайн-ресурс, который предоставляет информацию об эволюционных отношениях белковые домены. Он был создан в середине 1990-х профессором Кристин Оренго и коллеги, включая Джанет Торнтон и Дэвид Джонс,[2] и продолжает развиваться группой Orengo на Университетский колледж Лондона. CATH имеет много общих черт с SCOP ресурс, однако есть также много областей, в которых подробная классификация сильно отличается.[3][4][5][6]

Иерархическая организация

Экспериментально определенные трехмерные структуры белков получены из Банк данных белков и разделены на их последовательные полипептидные цепи, если применимо. Белковые домены идентифицируются в этих цепочках с использованием комбинации автоматических методов и ручного лечения.

Затем домены классифицируются в структурной иерархии CATH: на уровне класса (C) домены назначаются в соответствии с их вторичная структура контент, т.е. все альфа, все бетасмесь альфа и бета или небольшая вторичная структура; на уровне архитектуры (A) для присвоения используется информация о расположении вторичной конструкции в трехмерном пространстве; на уровне топологии / складки (T) используется информация о том, как элементы вторичной структуры связаны и расположены; поручения делаются Гомологичное надсемейство (H) уровень, если есть веские доказательства того, что домены связаны эволюцией [2] т.е. они гомологичны.

Четыре основных уровня иерархии CATH:
#УровеньОписание
1Cдевушкаобщее содержание вторичной структуры домена. (Эквивалентно SCOP Учебный класс)
2Аархитектуравысокое структурное сходство, но нет свидетельств гомология. (Эквивалентно уровню «складки» в SCOP)
3Топология / складкакрупномасштабная группа топологий, которые разделяют определенные структурные особенности
4ЧАСомологичное надсемействоуказывает на очевидную эволюционную взаимосвязь. (Эквивалент SCOP надсемейство)

Дополнительные данные о последовательностях для доменов без экспериментально определенных структур предоставлены сестринским ресурсом CATH, Gene3D, который используется для заполнения гомологичных суперсемейств. Последовательности белков из UniProtKB и Ensembl сканируются против CATH HMM, чтобы предсказать границы последовательностей домена и сделать гомологичные надсемейства.

Релизы

Команда CATH стремится предоставлять официальные выпуски классификации CATH каждые 12 месяцев. Этот процесс выпуска важен, потому что он позволяет обеспечить внутреннюю проверку, дополнительные аннотации и анализ. Однако это может означать, что между появлением новых структур в PDB и последним официальным выпуском CATH есть задержка по времени,

Чтобы решить эту проблему: CATH-B предоставляет ограниченный объем информации для самых последних аннотаций доменов (например, границ доменов и классификации суперсемей).

Последний выпуск CATH-Gene3D (v4.1) был выпущен в июле 2016 года и состоит из:

  • 308999 структурных записей домена белка [1]
  • 53 479 436 записей неструктурных белковых доменов [1]
  • 2737 записей гомологичных надсемейств [1]
  • 92 882 функциональных семейных записи [1]

Программное обеспечение с открытым исходным кодом

CATH - это программное обеспечение с открытым исходным кодом проект, в котором разработчики разрабатывают и поддерживают ряд инструментов с открытым исходным кодом.[7] CATH ведет список дел по GitHub чтобы внешние пользователи могли создавать и отслеживать проблемы, связанные с классификацией структуры белка CATH.

Рекомендации

  1. ^ а б c d е Доусон, Нидерланды; Льюис, TE; Das, S; Lees, JG; Ли, Д; Ashford, P; Оренго, Калифорния; Силлитоэ, I (28 ноября 2016 г.). «CATH: расширенный ресурс для прогнозирования функции белка по структуре и последовательности». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (D1): D289 – D295. Дои:10.1093 / нар / gkw1098. ЧВК 5210570. PMID 27899584.
  2. ^ а б Оренго, Калифорния; Michie, AD; Джонс, S; Джонс, Д.Т.; Суинделлс, МБ; Торнтон, Дж. М. (1997). «CATH - иерархическая классификация доменных структур белков». Структура. 5 (8): 1093–1109. Дои:10.1016 / S0969-2126 (97) 00260-8. ISSN 0969-2126. PMID 9309224.
  3. ^ "CATH: База данных классификации структуры белков в UCL". Cathdb.info. Получено 9 марта 2017.
  4. ^ "CATH". Cathdb.info. Получено 9 марта 2017.
  5. ^ "База данных CATH (@CATHDatabase)". Twitter. Получено 9 марта 2017.
  6. ^ Перл, Ф. М. Г. (2003). «База данных CATH: ресурс расширенного семейства белков для структурной и функциональной геномики». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 452–455. Дои:10.1093 / nar / gkg062. ISSN 1362-4962. ЧВК 165509. PMID 12520050.
  7. ^ "Инструменты". cathdb.info. Получено 18 декабря 2016.