WikiDer > Caenorhabditis briggsae

Caenorhabditis briggsae

Caenorhabditis briggsae
Научная классификация
Королевство:
Animalia
Тип:
Нематода
Учебный класс:
Secernentea
Заказ:
Рабдитида
Семья:
Рабдитиды
Род:
Caenorhabditis
Разновидность:
C. briggsae
Биномиальное имя
Caenorhabditis briggsae
(Догерти и Нигон, 1949)
Синонимы

Рабдит Briggsae Догерти и Нигон, 1949

Caenorhabditis briggsae это небольшая нематода, тесно связанная с Caenorhabditis elegans. Различия между этими двумя видами тонкие. Мужской хвост в C. briggsae морфология немного отличается от C. elegans. Другие различия включают изменения в компетентности предшественников вульвы и расположение отверстия выводного протока.[1] C. briggsae часто используется для изучения различий между ним и более понятными C. elegans, особенно на уровне последовательностей ДНК и белков. Несколько мутантных штаммов C. briggsae также были выделены, что облегчает генетический анализ этого организма.[2] C. briggsae, подобно C. elegans, это гермафродит.[3] В последовательность генома за C. briggsae был определен в 2003 году.[4]

История

C. briggsae был впервые обнаружен Маргарет Бриггс в 1944 году. Первые особи были изолированы из кучи листьев, обнаруженных в кампусе Стэнфордского университета в Пало-Альто. Бриггс, которая изучала свой рассеянный склероз, определила нематод как неизвестный вид этого рода. Рабдит.[5] Они были официально описаны в 1949 году Догерти и Нигоном и названы Бриггский рабдит. Обе C. briggsae и C. elegans (тогда известный как Rhabditis elegans) были помещены в новый подрод Caenorhabditis в 1952 году. Позднее, в 1955 году, этот подрод был преобразован в род. Первоначальная работа Бриггса с организмом касалась его жизненного цикла в различных средах в присутствии и отсутствии бактерий. Позже она использовала этот организм в исследованиях действия антибиотиков. Эта работа сыграла важную роль в развитии аксенический методы культивирования.[6]

Среда обитания

C. briggsae часто можно найти в компосте, грядках, влажных грибах или гниющих фруктах, богатых микроорганизмами и различными питательными веществами. Основной средой обитания организма часто считаются районы земного шара с умеренным климатом, часто сопровождающие его родственников. C. elegans и C. remanei.[7]

Обзор генома

Геном C. briggsae имеет размер примерно 100 МБ и, по прогнозам, кодирует около 20 000 генов.[8] Проект секвенирования всего генома[9] раскрыли геномы C. briggsae и C. elegans иметь много общего. Например, оба червя имеют одинаковое количество хромосом (шесть), одинаковый размер генома и одинаковое количество кодирующих белок и небелковых генов. Дальнейший анализ показал около 62% генов, кодирующих белок в C. briggsae есть ортологи в C. elegans. Тем не менее, существует много интересных видоспецифических особенностей, включая гены, которые служат основой для сравнительного анализа.[10]

Сравнительная геномика

Этот вид группируется с C. nigoni в супергруппе «Elegans» в филогенетических исследованиях.

с C. elegans

C. briggsae почвенная нематода, предположительно отделившаяся от C. elegans около 80–100 миллионов лет назад, но морфологически почти неотличим от него. Области белков, кодирующих последовательности, в основном консервативны между двумя видами, в то время как большинство межгенных и интронных последовательностей расходятся. Области сходства между последовательностями двух организмов могут указывать на кодирующие экзоны или указывать на регуляторные области и гены РНК, пропущенные при стандартном анализе.[11]

Рекомендации

  1. ^ Gupta, B.P .; Штернберг, П. В. (2003). "Проект последовательности генома нематоды Caenorhabditis briggsae, компаньон для C. elegans". Геномная биология. 4 (12): 238. Дои:10.1186 / gb-2003-4-12-238. ЧВК 329410. PMID 14659008.
  2. ^ Нематода C. briggsae Ресурс исследования
  3. ^ Хааг, Эрик С. «Эволюция определения пола нематод: C. elegans как ориентир для сравнительной биологии ». WormBook.
  4. ^ Stein, L.D .; Блазиар, Дарин; и другие. (2003). "Последовательность генома Caenorhabditis briggsae: Платформа для сравнительной геномики ». PLoS Биология. 1 (2): 166–192. Дои:10.1371 / journal.pbio.0000045. ЧВК 261899. PMID 14624247.
  5. ^ Эллсуорт С. Догерти В архиве 2008-05-26 на Wayback Machine
  6. ^ Феррис, Ховард; Хиб, В.Ф. (2015). "Элсворт К. Догерти: пионер в выборе Caenorhabditis elegans как модельный организм ». Генетика. 200 (4): 991–1002. Дои:10.1534 / genetics.115.178913. ЧВК 4574257. PMID 26272995.
  7. ^ Watson L.D .; и другие. (2007). "Caenorhabditis briggsae". Вашингтонский университет в Сент-Луисе. Архивировано из оригинал на 2010-06-01. Получено 2010-03-09.
  8. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2017-04-20. Получено 2017-06-01.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  9. ^ Stein et al., 2003
  10. ^ Геномика и биология нематоды Caenorhabditis briggsae
  11. ^ C. briggsae Проект

внешняя ссылка