WikiDer > Чи сайт

Chi site

А Чи сайт или же Последовательность ци это короткий отрезок ДНК в геном из бактерия рядом с которым гомологичная рекомбинация встречается чаще, чем в среднем по геному. Сайты Хи служат стимуляторами ДНК восстановление двухниточного разрыва в бактериях, которые могут возникнуть из радиация или химической обработки, или в результате вилка репликации поломка во время Репликация ДНК. В последовательность сайта Chi уникальна для каждой группы близкородственных организмов; в Кишечная палочка и других кишечных бактерий, таких как сальмонелла, основная последовательность 5'-GCTGGTGG-3' плюс важные нуклеотиды примерно от 4 до 7 нуклеотидов на 3'-стороне основной последовательности. Существование сайтов Chi было первоначально обнаружено в геноме бактериофаг лямбда, а вирус что заражает Кишечная палочка, но теперь известно, что он встречается около 1000 раз в Кишечная палочка геном.

Последовательность Ци служит сигналом для RecBCD геликазануклеаза это вызывает серьезные изменения в активности этого фермента. Обнаружив последовательность Chi, когда она раскручивает ДНК, RecBCD разрезает ДНК на несколько нуклеотидов с 3’-стороны от Chi в пределах важных последовательностей, указанных выше; в зависимости от условий реакции этот разрез представляет собой либо простой разрез на цепи с 3'-концом, либо изменение нуклеазной активности от разрезания цепи с 3’-концом на разрезание цепи с 5’-концом. В любом случае полученная 3’-одноцепочечная ДНК (оцДНК) связана несколькими молекулами RecA белок, который способствует «инвазии цепи», в которой одна цепь гомологичной двухцепочечной ДНК замещается RecA-ассоциированной оцДНК. Инвазия цепи образует объединенную молекулу ДНК, называемую D-петлей. Считается, что разделение D-петли происходит за счет репликации, примированной 3’-концом, образованным в Chi (в D-петле). В качестве альтернативы, D-петля может быть преобразована в Холлидей Джанкшн разрезанием D-петли и повторным обменом цепей ДНК; соединение Холлидея может быть преобразовано в линейный дуплекс ДНК путем разрезания соединения Холлидея и лигирования образовавшихся разрывов. Любой тип разрешения может генерировать рекомбинантные молекулы ДНК, если две взаимодействующие ДНК генетически различны, а также восстанавливать изначально разрушенную ДНК.

Хи-сайты иногда называют «горячими точками рекомбинации». Название «Чи» - это аббревиатура от cРоссовер часотспот ястигатор. Что касается Кишечная палочка фаг лямбда, термин иногда пишется как «χ site», используя греческую букву чи; за Кишечная палочка и другие бактерии термин «Чи» уместен.

Рекомендации

  • Амундсен С.К., Шарп Дж. В., Смит Г. Р. (2016) Фермент RecBCD «Распознавание ци» мутанты распознают горячие точки рекомбинации ци в правильном контексте ДНК. Генетика 204 (1): 139-52. PMID 27401752
  • Тейлор А.Ф., Амундсен С.К., Смит Г.Р. (2016) Неожиданная зависимость ДНК от контекста определяет новую детерминанту горячих точек рекомбинации Чи. Nucleic Acids Res. 44 (17): 8216-28. PMID 27330137
  • Смит ГР. (2012). Как фермент RecBCD и Chi способствуют восстановлению разрывов ДНК и рекомбинации: взгляд молекулярного биолога. Микробиол Мол Биол Рев. 76(2): 217-28. PMID 22688812
  • Диллингем М.С., Ковальчиковски СК. (2008). Фермент RecBCD и восстановление двухцепочечных разрывов ДНК. Микробиол Мол Биол Рев. 72(4): 642-671. PMID 19052323
  • Амундсен СК, Тейлор А.Ф., Редди М., Смит Г.Р. (2007). Межсубъединичная передача сигналов в ферменте RecBCD, сложной белковой машине, регулируемой горячими точками Чи. Genes Dev 21(24): 3296-3307. PMID 18079176
  • Stahl FW. (2005). Чи: Небольшая последовательность контролирует большой фермент. Генетика 170(2): 487–493. PMID 15980270

внешняя ссылка