WikiDer > Хромосома 10

Chromosome 10
Хромосома 10
Человеческий мужской кариотп высокого разрешения - Chromosome 10 cropped.png
Хромосома человека 10 пар после G-полосы.
Один от матери, один от отца.
Человеческий мужской кариотп высокое разрешение - Хромосома 10.png
Хромосома 10 пара
в человеческом мужчине кариограмма.
Функции
Длина (бп)133 797 422 п.н.
(ГРЧ38)[1]
Нет. генов706 (CCDS)[2]
ТипАутосома
Положение центромерыСубметацентрический[3]
(39,8 Мбит / с[4])
Полные списки генов
CCDSСписок генов
HGNCСписок генов
UniProtСписок генов
NCBIСписок генов
Внешние программы просмотра карт
АнсамбльХромосома 10
EntrezХромосома 10
NCBIХромосома 10
UCSCХромосома 10
Полные последовательности ДНК
RefSeqNC_000010 (ФАСТА)
GenBankCM000672 (ФАСТА)

Хромосома 10 одна из 23 пар хромосомы в люди. У людей обычно есть две копии этой хромосомы. Хромосома 10 охватывает около 133 миллионов пар оснований (строительный материал ДНК) и составляет от 4 до 4,5 процентов всей ДНК в клетки.

Гены

Количество генов

Ниже приведены некоторые оценки количества генов в хромосоме 10 человека. Поскольку исследователи используют разные подходы к аннотация генома их предсказания количество генов на каждой хромосоме различается (технические подробности см. предсказание генов). Среди различных проектов совместный проект согласованной последовательности кодирования (CCDS) придерживается крайне консервативной стратегии. Таким образом, прогноз числа генов CCDS представляет собой нижнюю границу общего числа генов, кодирующих человеческие белки.[5]

По оценкеГены, кодирующие белокНекодирующие гены РНКПсевдогеныИсточникДата выхода
CCDS706——[2]2016-09-08
HGNC708244614[6]2017-05-12
Ансамбль728881568[7]2017-03-29
UniProt750——[8]2018-02-28
NCBI754842654[9][10][11]2017-05-19

Список генов

Смотрите также: Категория: Гены на хромосоме 10 человека.

Ниже приведен неполный список генов на хромосоме 10 человека. Полный список см. По ссылке в информационном окне справа.

  • AFAP1L2: белок 1, связанный с актиновыми филаментами, как 2
  • ВСЕ1 кодирование белок Лейкоз, острый лимфоцитарный, восприимчивый к, 1
  • ALOX5: Арахидонат-5-липоксигеназа (превращает незаменимые жирные кислоты в лейкотриены, которые являются важными агентами воспалительного ответа; также способствует развитию и поддержанию раковых стволовых клеток, медленно делящихся клеток, которые, как считается, вызывают различные виды рака, включая лейкоз).
  • ARHGAP21: белок, активирующий ГТФазу rho 21
  • ARID5B: кодировка белок АТ-богатый интерактивный домен, содержащий белок 5B
  • ARMH3: Броненосец, как спиральный домен, содержащий 3
  • AS3MT: кодировка фермент Арсенит метилтрансфераза
  • AVPI1: кодировка белок Аргинин-вазопрессин-индуцированный белок 1
  • C10orf67: хромосома 10 открытая рамка считывания 67
  • C10orf99: кодировка белок Открытая рамка считывания хромосомы 10 99
  • CAMK1D: кальций / кальмодулин-зависимая протеинкиназа ID
  • CCAR1: Цикл деления клеток и регулятор апоптоза 1
  • CCDC3: Белок, содержащий домен спиральной спирали 3
  • CCDC186: кодировка белок CCDC186
  • CCNY: Циклин-Y
  • CDC123: Гомолог белка 123 цикла деления клетки.
  • CDH23: подобный кадгерину 23
  • CDNF: нейротрофический фактор дофамина головного мозга
  • COMMD3-BMI1: Чтение COMMD3-BMI1
  • CUTC: Гомолог белка гомеостаза меди cutC
  • CXCL12: хемокин (мотив C-X-C) лиганд 12, SDF-1, scyb12
  • DDX50: DExD-бокс геликаза 50
  • DEPP: децидуальный белок, индуцированный прогестероном
  • DHX32: DEAH-бокс геликаза 32
  • DNAJC12: Гомолог DnaJ (Hsp40), подсемейство c, член 12
  • ДНКJC9: Гомолог DnaJ (Hsp40), подсемейство c, член 9
  • DPYSL4: Белок, связанный с дигидропиримидиназой 4
  • EBLN1: кодировка белок Эндогенный борнавирусоподобный нуклеопротеин 1
  • ECD: безголевой регулятор клеточного цикла
  • EGR2: реакция раннего роста 2 (гомолог Krox-20, Drosophila)
  • EIF5AP1: фактор инициации трансляции эукариот 5A-подобный 1
  • EPC1: Усилитель гомолога 1 polycomb
  • ERCC6: эксцизионная репарация, дополняющая дефицит репарации у грызунов, группа комплементации 6
  • FAM107B: семейство со сходством последовательностей 107, член B
  • FAM13C: семейство со сходством последовательностей 13, член C
  • FAM170B: кодировка белок Семейство со сходством последовательностей 170 член B
  • FAM188A: семейство со сходством последовательностей 188, член A
  • FAM213A: семейство со сходством последовательностей 213, член A
  • FAM25BP кодирование белок Белок FAM25
  • FAS-AS1, длинная некодирующая РНК
  • FGFR2: рецептор фактора роста фибробластов 2 (киназа, экспрессируемая бактериями, рецептор фактора роста кератиноцитов, краниофациальный дизостоз 1, синдром Крузона, синдром Пфайффера, синдром Джексона-Вейсса)
  • FRA10AC1: Хрупкий участок, тип фолиевой кислоты.
  • FRAT1: Регулятор сигнального пути WNT
  • FRAT2: Регулятор сигнального пути WNT
  • FRMPD2 кодирование белок FERM и домен PDZ, содержащий 2
  • GATA3: кодирование GATA3 фактор транскрипции. GATA3 имеет решающее значение для эмбрионального развития паращитовидная железа, нервный компонент слуха и почки. Гаплонедостаточность гена лежит в основе редкого заболевания, синдром гипопаратиродизма, глухоты и почечной дисплазии
  • GHITM: трансмембранный белок, индуцируемый гормоном роста
  • GPRIN2: G-белок-регулируемый индуктор роста нейритов 2
  • GTPBP4: Ядерный GTP-связывающий белок 4
  • АД: Лимфоид-специфическая геликаза
  • HKDC1: гексокиназный домен, содержащий 1
  • КИН: ДНК / РНК-связывающий белок KIN17
  • MTG1: митохондриальная ГТФаза 1
  • NPM3: нуклеоплазмин-3
  • NRBF2: ядерный рецептор-связывающий фактор 2
  • NSMCE4A: не-SMC элемент 4 гомолог A
  • OTUD1: кодировка белок OTU деубиквитиназа 1
  • PCBD1: 6-пирувоил-тетрагидроптеринсинтаза / кофактор димеризации ядерного фактора 1 альфа гепатоцитов (TCF1)
  • PCDH15: протоколадгерин 15
  • PI4K2A: фосфатидилинозитол 4-киназа 2-альфа
  • PIP4K2A: фосфатидилинозитол 5 фосфат 4-киназа типа 2 альфа
  • ПИТРМ1: питрилизин-металлопептидаза 1
  • ПЛЕХС1 кодирование белок Домен гомологии Плекстрина, содержащий S1
  • PLXDC2: белок 2, содержащий плексиновый домен
  • PROSER2: богатый пролином и серином 2 или c10orf47
  • Ген PTEN: гомолог фосфатазы и тензина (мутации при множественных запущенных формах рака 1)
  • RET: протоонкоген ret (множественная эндокринная неоплазия и медуллярная карцинома щитовидной железы 1, болезнь Гиршпрунга)
  • RPP30: субъединица белка рибонуклеазы P p30
  • RRP12: процессинг рибосомной РНК 12 гомолог
  • RSU1: протеин-супрессор ras 1
  • SGPL1: сфингозин-1-фосфатлиаза 1
  • SMNDC1: домен двигательного нейрона выживания, содержащий 1
  • SPG9 кодирование белок Спастическая параплегия 9 (аутосомно-доминантная)
  • SRGN: серглицин
  • STAMBPL1: STAM-связывающий белок, подобный 1
  • STOX1: кодировка белок Ящик с аистоголовым 1
  • SUPV3L1: Suv3-подобная РНК-геликаза
  • TACC2 кодирование белок Трансформация кислого белка, содержащего спиральную спираль 2
  • TBC1D12: Семейство доменов TBC1, член 12
  • TCTN3: член тектонического семейства 3
  • TMEM10: opalin
  • TMEM26: кодировка белок Трансмембранный белок 26
  • UCN3: урокортин-3
  • УРОС: синтаза уропорфириноген III (врожденная эритропоэтическая порфирия)
  • USMG5: Повышается активность белка во время роста скелетных мышц 5.
  • USP6NL: Белок, подобный N-концу USP6
  • UTF1: фактор транскрипции недифференцированных эмбриональных клеток 1
  • VIM-AS1: VIM антисмысловая РНК 1
  • WASHC2C: WASH комплексная субъединица 2C
  • WBP1L: WW домен связывающий белок 1-подобный
  • ZNF37A: белок цинковых пальцев 37A
  • ZNF438: белок цинковых пальцев 438
  • ZRANB1: Цинковый палец типа ranbp2, содержащий 1

Заболевания и расстройства

Следующие заболевания связаны с генами на 10 хромосоме:

Цитогенетическая полоса

Идеограммы G-бэндинга хромосомы 10 человека
Идеограмма G-бэндинга 10-й хромосомы человека с разрешением 850 ударов в час. Длина полосы на этой диаграмме пропорциональна длине пары оснований. Этот тип идеограммы обычно используется в браузерах генома (например, Ансамбль, Браузер генома UCSC).
G-паттерны хромосомы 10 человека в трех различных разрешениях (400,[12] 550[13] и 850[4]). Длина полосы на этой диаграмме основана на идеограммах из ISCN (2013).[14] Этот тип идеограммы представляет собой фактическую относительную длину полосы, наблюдаемую под микроскопом в разные моменты времени митотический процесс.[15]
G-диапазоны хромосомы 10 человека с разрешением 850 ударов в час[16]
Chr.Рука[17]Группа[18]ISCN
Начните[19]		ISCN
остановка[19]		Базовая пара
Начните		Базовая пара
остановка		Пятно[20]Плотность
10п15.3022913,000,000гнег
10п15.22293293,000,0013,800,000gpos25
10п15.13296303,800,0016,600,000гнег
10п146309176,600,00112,200,000gpos75
10п13917117512,200,00117,300,000гнег
10п12.331175136117,300,00118,300,000gpos75
10п12.321361143218,300,00118,400,000гнег
10п12.311432160418,400,00122,300,000gpos75
10п12.21604166222,300,00124,300,000гнег
10п12.11662189124,300,00129,300,000gpos50
10п11.231891206329,300,00131,100,000гнег
10п11.222063223531,100,00134,200,000gpos25
10п11.212235240634,200,00138,000,000гнег
10п11.12406262138,000,00139,800,000Acen
10q11.12621285039,800,00141,600,000Acen
10q11.212850305141,600,00145,500,000гнег
10q11.223051325245,500,00148,600,000gpos25
10q11.233252340948,600,00151,100,000гнег
10q21.13409375351,100,00159,400,000gpos100
10q21.23753383959,400,00162,800,000гнег
10q21.33839409762,800,00168,800,000gpos100
10q22.14097446968,800,00173,100,000гнег
10q22.24469465573,100,00175,900,000gpos50
10q22.34655497075,900,00180,300,000гнег
10q23.14970520080,300,00186,100,000gpos100
10q23.25200533186,100,00187,700,000гнег
10q23.315331555887,700,00191,100,000gpos75
10q23.325558567291,100,00192,300,000гнег
10q23.335672588792,300,00195,300,000gpos50
10q24.15887597395,300,00197,500,000гнег
10q24.25973613197,500,001100,100,000gpos50
10q24.3161316202100,100,001101,200,000гнег
10q24.3262026317101,200,001103,100,000gpos25
10q24.3363176374103,100,001104,000,000гнег
10q25.163746646104,000,001110,100,000gpos100
10q25.266466761110,100,001113,100,000гнег
10q25.367616890113,100,001117,300,000gpos75
10q26.1168907090117,300,001119,900,000гнег
10q26.1270907219119,900,001121,400,000gpos50
10q26.1372197506121,400,001125,700,000гнег
10q26.275067721125,700,001128,800,000gpos50
10q26.377218050128,800,001133,797,422гнег

Рекомендации

  1. ^ "Сборка генома человека GRCh38 - Консорциум ссылок на геном". Национальный центр биотехнологической информации. 2013-12-24. Получено 2017-03-04.
  2. ^ а б "Результаты поиска - 10 [CHR] И" Homo sapiens "[Организм] И (" имеет ccds "[Свойства] И жив [опора]) - Ген». NCBI. CCDS Release 20 для Homo sapiens. 2016-09-08. Получено 2017-05-28.
  3. ^ Том Страчан; Эндрю Рид (2 апреля 2010 г.). Молекулярная генетика человека. Наука о гирляндах. п. 45. ISBN 978-1-136-84407-2.
  4. ^ а б Страница украшения генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (850 bphs, сборка GRCh38.p3). Последнее обновление 2014-06-03. Проверено 26 апреля 2017.
  5. ^ Пертя М, Зальцберг С.Л. (2010). «Между курицей и виноградом: оценка количества генов человека». Геном Биол. 11 (5): 206. Дои:10.1186 / gb-2010-11-5-206. ЧВК 2898077. PMID 20441615.
  6. ^ «Статистика и загрузки для хромосомы 10». Комитет по номенклатуре генов HUGO. 2017-05-12. Получено 2017-05-19.
  7. ^ "Хромосома 10: Краткое описание хромосом - Homo sapiens". Ensembl Release 88. 2017-03-29. Получено 2017-05-19.
  8. ^ «Хромосома человека 10: записи, названия генов и перекрестные ссылки на MIM». UniProt. 2018-02-28. Получено 2018-03-16.
  9. ^ "Результаты поиска - 10 [CHR] И" Homo sapiens "[Организм] И (" кодирующий белок генотипа "[Свойства] И живой [опора]) - Ген". NCBI. 2017-05-19. Получено 2017-05-20.
  10. ^ "Результаты поиска - 10 [CHR] И" Homo sapiens "[Организм] И ((" genetype miscrna "[Свойства] ИЛИ" genetype ncrna "[Свойства] ИЛИ" genetype rrna "[Свойства] ИЛИ" genetype trna "[Свойства] ИЛИ "genetype scrna" [Свойства] ИЛИ "genetype snrna" [Свойства] ИЛИ "genetype snorna" [Свойства]) НЕ "кодирование белка генотипа" [Свойства] AND alive [prop]) - Gene ". NCBI. 2017-05-19. Получено 2017-05-20.
  11. ^ "Результаты поиска - 10 [CHR] И" Homo sapiens "[Организм] И (" псевдо-генотип "[Свойства] И живой [опора]) - Ген". NCBI. 2017-05-19. Получено 2017-05-20.
  12. ^ Страница украшения генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (400 ударов в час, сборка GRCh38.p3). Последнее обновление 2014-03-04. Проверено 26 апреля 2017.
  13. ^ Страница украшения генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (550 bphs, сборка GRCh38.p3). Последнее обновление 2015-08-11. Проверено 26 апреля 2017.
  14. ^ Международный постоянный комитет по цитогенетической номенклатуре человека (2013). ISCN 2013: Международная система цитогенетической номенклатуры человека (2013). Медицинские и научные издательства Karger. ISBN 978-3-318-02253-7.
  15. ^ Sethakulvichai, W .; Manitpornsut, S .; Wiboonrat, M .; Lilakiatsakun, W .; Assawamakin, A .; Тонгсима, С. (2012). «Оценка разрешающей способности на уровне полосы изображений хромосом человека». В области компьютерных наук и программной инженерии (JCSSE), Международная совместная конференция 2012 г.: 276–282. Дои:10.1109 / JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8. S2CID 16666470.
  16. ^ Страница украшения генома, NCBI. Данные идеограммы для Homo sapience (850 bphs, сборка GRCh38.p3). Последнее обновление 2014-06-03. Проверено 26 апреля 2017.
  17. ^ "п": Короткая рука;"q": Длинная рука.
  18. ^ Номенклатуру цитогенетического бэндинга см. В статье локус.
  19. ^ а б Эти значения (начало / конец ISCN) основаны на длине полос / идеограмм из книги ISCN, Международная система цитогенетической номенклатуры человека (2013). Произвольная единица.
  20. ^ gpos: Область, окрашенная G полосы, в общем AT-богатый и генетически бедные; гнег: Область, негативно окрашенная полосой G, обычно CG-богатый и богатый генами; Acen Центромера. вар: Переменная область; стебель: Стебель.
  • Делукас П., Earthrowl ME, Grafham DV, Rubenfield M, French L, Steward CA, Sims SK, Jones MC, Searle S, Scott C, Howe K, Hunt SE, Andrews TD, Gilbert JG, Swarbreck D, Ashurst JL, Taylor A , Battles J, Bird CP, Ainscough R, Almeida JP, Ashwell RI, Ambrose KD, Babbage AK, Bagguley CL, Bailey J, Banerjee R, Bates K, Beasley H, Bray-Allen S, Brown AJ, Brown JY, Burford DC , Беррилл В., Бертон Дж., Кэхилл П., Камир Д., Картер Н. П., Чепмен Дж. К., Кларк С. И., Кларк Дж., Кли CM, Клегг С., Корби Н., Коулсон А., Дхами П., Датта И., Данн М., Фолкнер Л., франкский A, Франкленд Дж. А., Гарнер П., Гарнетт Дж., Гриббл С., Гриффитс С., Грокок Р., Густафсон Е., Хаммонд С., Харли Дж. Л., Харт Е., Хит П. Д., Хо Т. П., Хопкинс Б., Хорн Дж., Хоуден П. Дж., Хакл И., Хайндс К., Джонсон С., Джонсон Д., Кана А., Кей М., Кимберли А. М., Кершоу Дж. К., Коккинаки М., Лэрд Г. К., Лоулор С., Ли Х. М., Леонаморнлерт Д. А., Лэрд Дж., Ллойд С., Ллойд Д. М., Ловелэнд Дж., Ловелл Дж , McLaren S, McLay KE, McMurray A, Mashreghi-Mohammadi M, Matthews L, Milne S, Nickerson T, Nguyen M, Overt Он-Ларти Е., Палмер С.А., Пирс А.В., Пек А.И., Пелан С., Филлимор Б., Портер К., Райс С.М., Рогозин А., Росс М.Т., Сарафиду Т., Сехра Х.К., Шонкин Р., Скуче С.Д., Смит М., Стендринг Л., Sycamore N, Tester J, Thorpe A, Torcasso W, Tracey A, Tromans A, Tsolas J, Wall M, Walsh J, Wang H, Weinstock K, West AP, Willey DL, Whitehead SL, Wilming L, Wray PW, Young L , Чен И., Ловеринг Р.С., Москонас Н.К., Зиберт Р., Фехтель К., Бентли Д., Дурбин Р., Хаббард Т., Дусетт-Штамм Л., Бек С., Смит Д.Р., Роджерс Дж. (2004). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 10 человека». Природа. 429 (6990): 375–81. Bibcode:2004Натура.429..375D. Дои:10.1038 / природа02462. PMID 15164054.
  • Делукас П., Френч Л., Мейтингер Т., Москонас Н.К. (2000). «Отчет о третьем международном семинаре по картированию и секвенированию хромосомы 10 человека 1999». Cytogenet Cell Genet. 90 (1–2): 1–12. Дои:10.1159/000015653. PMID 11060438. S2CID 28931509.
  • Гилберт Ф (2001). «Хромосома 10». Genet Test. 5 (1): 69–82. Дои:10.1089/109065701750168824. PMID 11336406.

внешняя ссылка

  • Национальные институты здоровья. «Хромосома 10». Домашний справочник по генетике. Получено 2017-05-06.
  • «Хромосома 10». Информационный архив проекта "Геном человека", 1990–2003 гг.. Получено 2017-05-06.