WikiDer > База данных взаимодействующих белков - Википедия

Database of Interacting Proteins - Wikipedia
База данных взаимодействующих белков (DIP)
База данных взаимодействующих белков Logo.png
Содержание
Описаниебаза данных взаимодействия белков
Контакт
Исследовательский центрКалифорнийский университет в Лос-Анджелесе
АвторыДэвид Айзенберг
Основное цитированиеКсенариос и др. (2002)[1]
Дата выхода2002
Доступ
Интернет сайтhttp://dip.doe-mbi.ucla.edu
Разное
ЛицензияCC BY-ND 3.0

В База данных взаимодействующих белков (DIP) - это биологическая база данных, которая каталогизирует экспериментально определенные взаимодействия между белки.[2][3] Он объединяет информацию из различных источников для создания единого последовательного набора белок-белковых взаимодействий. Данные, хранящиеся в DIP, были вручную обработаны экспертом. кураторы, и автоматически, используя вычислительные подходы, использующие знания о белок-белковое взаимодействие сети извлекается из наиболее надежного основного подмножества данных DIP. База данных была первоначально выпущена в 2002 году. По состоянию на 2014 год, DIP курирует исследовательская группа Дэвид Айзенберг в UCLA.

DIP можно искать через его веб-интерфейс; поиск может быть основан на взаимодействиях, описанных в выбранной журнальной статье, или взаимодействиях, поддерживаемых, среди прочего, экспериментальными данными.[4]

DIP является членом Международного консорциума молекулярного обмена (IMEx),[5] группа основных публичных поставщиков данных о взаимодействии. Другие участвующие базы данных включают базу данных сети биомолекулярного взаимодействия (BIND),[6] Нетронутый,[7] База данных молекулярных взаимодействий (MINT),[8] MIPS,[9] MPact и BioGRID.[5] Базы данных IMEx работают вместе, чтобы предотвратить дублирование усилий, собирая данные из неперекрывающихся источников и обмениваясь тщательно подобранными данными взаимодействия. Консорциум IMEx также работал над разработкой HUPO-PSI-MI XML формат, который сейчас широко внедрен.[5][10]

Вся информация в DIP находится в свободном доступе под Лицензия Creative Commons BY-ND 3.0 лицензия.[2]

Рекомендации

  1. ^ Ксенариос, I; Salwínski, L; Дуан, XJ; Higney, P; Kim, SM; Айзенберг, Д. (1 января 2002 г.). «DIP, База данных взаимодействующих белков: исследовательский инструмент для изучения клеточных сетей взаимодействия белков». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 303–5. Дои:10.1093 / nar / 30.1.303. ЧВК 99070. PMID 11752321.
  2. ^ а б «ДИП: Дом». dip.doe-mbi.ucla.edu. Получено 8 сентября 2014.
  3. ^ Salwinski, L .; Miller, C. S .; Smith, A.J .; Pettit, F.K .; Bowie, J. U .; Айзенберг, Д. (2004). "База данных взаимодействующих белков: обновление 2004 г.". Исследования нуклеиновых кислот. 32 (90001): D449 – D451. Дои:10.1093 / нар / gkh086. ЧВК 308820. PMID 14681454.
  4. ^ "DIP: Поиск". dip.doe-mbi.ucla.edu. Получено 8 сентября 2014.
  5. ^ а б c Orchard, S .; Kerrien, S .; Abbani, S .; Aranda, B .; Bhate, J .; Bidwell, S .; Мост, А .; Briganti, L .; Бринкман, Ф .; Cesareni, G .; Chatr-Aryamontri, A .; Chautard, E .; Chen, C .; Dumousseau, M .; Goll, J .; Hancock, R .; Hannick, L.I .; Jurisica, I .; Khadake, J .; Линн, Д. Дж .; Mahadevan, U .; Perfetto, L .; Рагхунатх, А .; Ricard-Blum, S .; Roechert, B .; Salwinski, L .; Stümpflen, V .; Tyers, M .; Uetz, P .; Ксенариос, И. (2012). «Курирование данных о взаимодействии белков: консорциум Международного молекулярного обмена (IMEx)». Методы природы. 9 (4): 345–350. Дои:10.1038 / nmeth.1931. ЧВК 3703241. PMID 22453911.
  6. ^ Альфарано, К. (17 декабря 2004 г.). "Обновление базы данных сети биомолекулярного взаимодействия и связанных инструментов 2005". Исследования нуклеиновых кислот. 33 (Проблема с базой данных): D418 – D424. Дои:10.1093 / nar / gki051. ЧВК 540005. PMID 15608229.
  7. ^ Kerrien, S .; Aranda, B .; Breuza, L .; Мост, А .; Broackes-Carter, F .; Chen, C .; Duesbury, M .; Dumousseau, M .; Feuermann, M .; Hinz, U .; Jandrasits, C .; Jimenez, R.C .; Khadake, J .; Mahadevan, U .; Masson, P .; Педруцци, I .; Pfeiffenberger, E .; Porras, P .; Рагхунатх, А .; Roechert, B .; Orchard, S .; Хермякоб, Х. (24 ноября 2011 г.). «База данных по молекулярным взаимодействиям IntAct в 2012 году». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (D1): D841 – D846. Дои:10.1093 / нар / gkr1088. ЧВК 3245075. PMID 22121220.
  8. ^ Занзони, А; Монтекки-Палацци, L; Куондам, М; Ausiello, G; Helmer-Citterich, M; Чезарени, Дж. (20 февраля 2002 г.). «MINT: база данных Molecular INTeraction». Письма FEBS. 513 (1): 135–40. Дои:10.1016 / s0014-5793 (01) 03293-8. ЧВК 1751541. PMID 11911893.
  9. ^ Гульденер, У. (1 января 2006 г.). «MPact: ресурс взаимодействия белка MIPS на дрожжах». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (90001): D436 – D441. Дои:10.1093 / nar / gkj003. ЧВК 1347366. PMID 16381906.
  10. ^ Hermjakob, Henning; Монтекки-Палацци, Луиза; Бадер, Гэри; Войчик, Жером; Салвински, Лукаш; Сеол, Арно; Мур, Сьюзен; Орчард, Сандра; Саркан, Угис; фон Меринг, Кристиан; Рохерт, Бернд; Муха, Сильвен; Юнг, Ева; Мерш, Хеннинг; Керси, Пол; Лаппе, Майкл; Ли, Исюэ; Цзэн, Ронг; Рана, Дебашис; Никольский, Маха; Хуси, Хольгер; Брун, Кристина; Шанкер, К; Грант, Сет Г. Н.; Сандер, Крис; Борк, Пер; Чжу, Вэйминь; Пандей, Ахилеш; Бразма, Алвис; Жак, Бернар; Видаль, Марк; Шерман, Дэвид; Легрен, Пьер; Чезарени, Джанни; Ксенариос, Иоаннис; Айзенберг, Дэвид; Штейпе, Борис; Хог, Крис; Апвайлер, Рольф (2004). «Формат молекулярного взаимодействия HUPO PSI - стандарт сообщества для представления данных о взаимодействии белков». Природа Биотехнологии. 22 (2): 177–183. Дои:10.1038 / nbt926. PMID 14755292. S2CID 17557764.

внешняя ссылка