WikiDer > Дифференциальный дисплей

Differential display

Дифференциальный дисплей (также называемый DDRT-PCR или же DD-PCR) - это лабораторный метод, который позволяет исследователю сравнивать и идентифицировать изменения в экспрессии генов на мРНК уровень между двумя или более образцами эукариотических клеток.[1] Это был наиболее часто используемый метод для сравнения профилей экспрессии двух образцов эукариотических клеток в 1990-х годах.[1] К 2000 году дифференциальный дисплей был заменен Микрочип ДНК подходы.[2]

При дифференциальном отображении сначала отображается вся РНК в каждом образце. обратная расшифровка используя набор 3′ "якорь" грунтовки"(имеющий короткую последовательность нуклеотидов дезокситимидина в конце) для создания библиотека кДНК для каждого образца, за которым следует ПЦР амплификация с использованием произвольных 3'-праймеров для амплификации цепи кДНК вместе с заякоренными 3'-праймерами для амплификации цепи РНК, идентичных тем, которые использовались для создания библиотеки; около сорока произвольных праймеров - оптимальное количество для транскрипции почти всей мРНК. Затем полученные транскрипты разделяются электрофорез и визуализированы, чтобы их можно было сравнить.[1] Этот метод был подвержен ошибкам из-за того, что разные мРНК мигрировали в отдельные полосы, различия в менее распространенных мРНК затоплялись более многочисленными мРНК,[1] чувствительность к небольшим изменениям в условиях культивирования клеток и склонность к амплификации 3'-фрагментов, а не полных мРНК, и необходимость использовать около 300 праймеров для улавливания всей мРНК.[3]:316–317 Впервые метод был опубликован в Наука в 1992 г.[1][4]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е Пил Ф.В., младший; Герритсен, Мэн (сентябрь 2001 г.). «Методы профилирования генов и их применение в ангиогенезе и развитии сосудов». Журнал патологии. 195 (1): 7–19. Дои:10.1002 / path.888. PMID 11568887.
  2. ^ Панди, А; Манн, М. (15 июня 2000 г.). «Протеомика для изучения генов и геномов». Природа. 405 (6788): 837–46. Дои:10.1038/35015709. PMID 10866210.
  3. ^ Рис, Ричард Дж. (2004). Анализ генов и геномов. Чичестер: Вайли. ISBN 978-0-470-84380-2.
  4. ^ Liang, P; Парди, AB (14 августа 1992 г.). «Дифференциальное отображение эукариотической матричной РНК с помощью полимеразной цепной реакции». Наука. 257 (5072): 967–71. PMID 1354393.