WikiDer > Дискретно оптимизированная белковая энергия

НАРКОТИК, или же Dискрит Ооптимизированный пRotein Eнервный^[1] это статистический потенциал используется для оценки модели гомологии в предсказание структуры белка. DOPE основан на улучшенном эталонном состоянии, которое соответствует невзаимодействующим атомам в однородной сфере с радиусом, зависящим от собственной структуры образца; таким образом, он объясняет конечную и сферическую форму естественных структур. Он реализован в популярной программе моделирования гомологии. МОДЕЛЛЕР и используется для оценки энергия белка Модель, созданная MODELLER посредством многих итераций, которая производит модели гомологии путем удовлетворения пространственных ограничений. Модели, возвращающие минимальные значения molpdf, могут быть выбраны в качестве наиболее вероятных структур и могут быть в дальнейшем использованы для оценки с помощью оценки DOPE. Как и текущая версия программного обеспечения MODELLER, DOPE реализован в Python и выполняется в среде MODELLER. Метод DOPE обычно используется для оценки качества модели конструкции в целом. В качестве альтернативы, DOPE может также создать профиль энергии остатка за остатком для входной модели, что позволяет пользователю определить проблемную область в модели структуры.

Рекомендации

внешняя ссылка

• МОДЕЛЛЕР основной сайт
• МОДЕЛЛЕР инструкция

Этот физика-связанная статья является заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. v т е