WikiDer > Проект Earth BioGenome - Википедия

Earth BioGenome Project - Wikipedia
Проект БиоГеном Земли
Продолжительность1 ноября 2018 - 2028
Интернет сайтwww.earthbiogenome.org

В Проект БиоГеном Земли (EBP) - это инициатива, направленная на систематизацию и каталогизацию геномы всего описанного на Земле эукариотический видов в течение десяти лет.[1] Инициатива приведет к открытому База данных ДНК биологической информации, которая обеспечивает платформу для научных исследований и поддерживает экологические и природоохранные инициативы.[2] Научная статья, представляющая видение проекта, была опубликована в PNAS в апреле 2018 г.,[3] и проект официально запущен 1 ноября 2018 года.[4]

История

Инициатива была вдохновлена Проект "Геном человека", и возникла во время встречи в ноябре 2015 г. Харрис Левин (UCD), Джин Э. Робинсон (IGB) и В. Джон Кресс (Смитсоновский институтс Национальный музей естественной истории).[3][5] В феврале 2017 года на крупной конференции по геномике и биоразнообразию, организованной Смитсоновским институтом и BGI в Вашингтон, округ Колумбия. был поддержан 10-летний план и организационная структура проекта.[3]

Резюме

Предполагаемая стоимость проекта - 4,7 млрд долларов США.[1] В него входят уже реализуемые проекты, такие как i5K (насекомые),[6] Б10К (птицы), 10КП (растения),[7][8] и «Древо жизни Дарвина», целью которых является секвенирование примерно 66 000 видов эукариот в Соединенном Королевстве.[1] Проект направлен на упорядочение и аннотирование примерно 1,5 миллиона известных видов эукариот в три этапа, при этом сначала необходимо создать «аннотированные эталонные сборки в масштабе хромосом как минимум для одного репрезентативного вида каждого из ~ 9000 таксономических семейств эукариот».[3][8]

В соответствии с PNAS paper, проект поддерживают несколько центров секвенирования, в том числе BGI (Китай), Медицинский колледж Бейлора (СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ), Институт Wellcome Sanger (ВЕЛИКОБРИТАНИЯ), Рокфеллеровский университет (США), с дополнительным центром, который будет создан для проекта в Южной Америке Фонд исследований Сан-Паулу.[3] Что касается биообсерваторий, использующих геномику, примеры, которые отвечают потребностям проекта: Национальная сеть экологических обсерваторий, Китайская сеть экологических исследований, ForestGEO и MarineGEO.[3] Чтобы обеспечить понимание осуществимости и технических требований для таких проектов «планетарного масштаба», как этот, проект «10 000 геномов растений» опубликовал пилотный проект «Цифровизация Ботанический сад Жуйли"проект отбора проб и секвенирования 761 образца сосудистых растений, растущих в Ботанический сад в Юго-Западном Китае.[9]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c «Жизнь на Земле, чтобы проанализировать ее ДНК во имя сохранения». Природа. Природа. 563 (7730): 155–156. Ноябрь 2018. Дои:10.1038 / d41586-018-07323-у. PMID 30401859.
  2. ^ «Последовательность мира». Экономист. 23 января 2018. В архиве с оригинала от 24 января 2018 г.. Получено 3 февраля, 2018.
  3. ^ а б c d е ж Левин Х.А., Робинсон Г.Е., Кресс В.Дж., Бейкер В.Дж., Коддингтон Дж., Крэндалл К.А. и др. (Апрель 2018). «Проект Earth BioGenome: последовательность жизни для будущего жизни». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 115 (17): 4325–4333. Дои:10.1073 / pnas.1720115115. ЧВК 5924910. PMID 29686065.
  4. ^ «Ученые предпринимают попытки нанести на карту ДНК каждого вида». The Presidential Daily Brief: интригует. ОЗИ. 2 ноября 2018 г.. Получено 2 ноября, 2018.
  5. ^ Дейли Дж (5 ноября 2018 г.). «Стартует амбициозный проект по секвенированию геномов 1,5 миллиона видов». Смитсоновский институт. Получено 3 декабря 2018.
  6. ^ Консорциум i5K (01.09.2013). «Инициатива i5K: развитие геномики членистоногих на благо знаний, здоровья человека, сельского хозяйства и окружающей среды». Журнал наследственности. 104 (5): 595–600. Дои:10.1093 / jhered / est050. ЧВК 4046820. PMID 23940263.
  7. ^ Ченг С., Мелкониан М., Смит С.А., Брокингтон С., Арчибальд Дж. М., Дело П.М. и др. (Март 2018 г.). «10KP: план секвенирования филодиверсионного генома». GigaScience. 7 (3): 1–9. Дои:10.1093 / gigascience / giy013. ЧВК 5869286. PMID 29618049.
  8. ^ а б Экспозито-Алонсо, Мойзес; Дрост, Хайк-Георг; Бурбано, Эрнан; Вайгель, Детлеф (01.04.2020). «Проект Earth BioGenome: возможности и проблемы для геномики и сохранения растений». 102 (2): 222–229. Дои:10.1111 / tpj.14631. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  9. ^ Лю Х, Вэй Дж, Ян Т., Му В, Сон Би, Ян Т. и др. (Январь 2019). «Молекулярная оцифровка ботанического сада: глубокое секвенирование всего генома 689 видов сосудистых растений из ботанического сада Жуйли». GigaScience. 8. Дои:10.1093 / gigascience / giz007. ЧВК 6441391. PMID 30689836.

внешняя ссылка