WikiDer > Ресурс Eukaryotic Linear Motif

Eukaryotic Linear Motif resource
ELM
Database.png
Содержание
Описаниеэукариотические линейные мотивы.
Контакт
АвторыХольгер Динкель
Тоби Гибсон
Основное цитированиеДинкель и др. (2012)[1]
Дата выхода2011
Доступ
Интернет сайтвяз.Европа.org

В Эукариотический линейный мотив (ELM) ресурс - это ресурс по вычислительной биологии (разработан в Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL)) для расследования короткие линейные мотивы (SLiM) в эукариотический белки.[2][3] В настоящее время это самая большая коллекция классов линейных мотивов с аннотированный и экспериментально подтвержденные экземпляры линейных мотивов.

Линейные мотивы обозначаются как узоры с помощью регулярное выражение правила. Эти выражения используются в конвейере предсказания ELM, который выявляет предполагаемые экземпляры мотивов в белковых последовательностях. Для повышения предсказательной силы разрабатываются контекстные правила и логические фильтры, которые применяются для уменьшения количества ложные срабатывания совпадения.

По состоянию на 2010 год ELM содержал 146 различных мотивов, которые аннотировали более 1300 экспериментально определенных экземпляров в белках.[3] Текущая версия сервера ELM обеспечивает фильтрацию по компартменту ячеек, филогенезу, конфликту глобулярных доменов (с использованием УМНАЯ/Pfam базы данных) и структура.[4] Кроме того, идентифицируются и отображаются как известные экземпляры ELM, так и любые сохраняющиеся по положению совпадения в последовательностях, подобных последовательностям экземпляров ELM.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Динкель, Хольгер; Майкл Сушама; Weatheritt Роберт Дж; Дэйви Норман Э; Ван Рой Ким; Альтенберг Бриджит; Тодт Гриша; Уяр Бора; Зайлер Маркус; Бадд Эйдан; Йодике Лиза; Даммерт Марсель А; Шрётер Кристиан; Молоток Марии; Шмидт Тобиас; Jehl Peter; Макгиган Кэролайн; Димецка Магдалена; Чика Клаудиа; Удачи Кате; Via Allegra; Чатр-Арьямонтри Эндрю; Хаслам Найл; Гребнев Глеб; Эдвардс Ричард Дж; Steinmetz Michel O; Meiselbach Heike; Диелла Франческа; Гибсон Тоби Дж (январь 2012 г.). «ELM - база данных линейных мотивов эукариот». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (D1): D242 – D251. Дои:10.1093 / нар / gkr1064. ЧВК 3245074. PMID 22110040.
  2. ^ Пунтерволл П., Линдинг Р., Гемюнд С. и др. (Июль 2003 г.). «Сервер ELM: новый ресурс для исследования коротких функциональных сайтов в модульных эукариотических белках». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (13): 3625–30. Дои:10.1093 / нар / gkg545. ЧВК 168952. PMID 12824381.
  3. ^ а б Гулд С.М., Диелла Ф., Виа А и др. (Январь 2010 г.). "ELM: статус ресурса линейных мотивов эукариот 2010 г.". Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D167–80. Дои:10.1093 / нар / gkp1016. ЧВК 2808914. PMID 19920119.
  4. ^ Виа А, Гулд К.М., Гемюнд С., Гибсон Т.Дж., Хелмер-Читтерих М. (2009). "Структурный фильтр для ресурса Eukaryotic Linear Motif". BMC Bioinformatics. 10: 351. Дои:10.1186/1471-2105-10-351. ЧВК 2774702. PMID 19852836.

внешняя ссылка

  • ELM домашняя страница