WikiDer > FAM210B

FAM210B

FAM210B это ген, который в Homo sapiens кодирует белок FAM210B. Он сохранялся на протяжении всей эволюционной истории и сильно экспрессируется во многих тканях человеческого тела. Основное местоположение FAM210B - эндоплазматический ретикулум.

Ген

Locus

FAM210B находится на плюсовой цепи хромосома 20, именно в 20q13.2. Длина этого гена 9749 оснований, что соответствует 192 аминокислота белок.[1]

Хромосома Location.png[1]

Псевдонимы

Альтернативные названия включают C20orf108, гипотетический белок LOC116151, DJ116H4.1 и 5A3.[1]

мРНК

FAM210B имеет 2 известных варианта стыковки, формально известные как FAM210B-001 и FAM210B-002. FAM210B-001 имеет длину 3 экзона, тогда как FAM210B-002 - 2 экзона.[2]

Splice Variants.png[2]

Протеин

Самый длинный белок-предшественник составляет 192 аминокислоты в длину. В молекулярный вес составляет 20,4 кдал, а изоэлектрическая точка составляет 10,8.[3]

Структура

Первичная структура

Имеется 1 серия положительных зарядов из 4 остатков в позиции 79, EEKK. Трансмембранная последовательность с высоким баллом присутствует в положениях 99-123, VGVSLHIGISLISLGIFYMVVSSGV. Сигнал удержания эндоплазматического ретикулума (PAAK) присутствует в положениях 187–191.[3]

Вторичная структура

Большая часть структуры состоит из альфа-спиралей. Как и предсказывал мой Phyre 2, 61% белка образует альфа-спирали, а 28% - трансмембранные сегменты. Подробная карта трансмембранной топологии представлена ​​ниже.[4]

Topolog.png

Третичная структура

I-Tasser предсказал, что складывание FAM210B будет таким, как показано ниже.

I-Tasser Predicted Tertiary Structure 2.png Третичная структура, предсказанная I-Tasser 1.png

Субклеточное расположение

Основным местом расположения белка FAM210B является эндоплазматический ретикулум. Аминокислотная последовательность содержит сигнал удерживания в эндоплазме PAAK около С-конца. Есть 2 трансмембранных домена, которые были определены и подтверждены множеством методов. Они выделены на изображении посттрансляционной модификации ниже.[5]

Посттрансляционные модификации

В следующем концептуальном переводе представлены ожидаемые пост-трансляционные модификации. Модификации были предсказаны MotifScan, а затем более подробно изучены в Expasy.[6]Обнаруженные модификации включают сайты расщепления пропептида, сайты C-маннозилирования, сайты O-гликозилирования GalNAc, сайты гликирования лизина, сайты фосфорилирования, сайт расщепления 3C-подобной протеиназой коронавируса и сайт модификации GPI.

Посттрансляционные модификации.png

Гомология

Важным паралогом для FAM210B является FAM210A. Ортологи и отдаленные гомологи были обнаружены у млекопитающих, рептилий, птиц, беспозвоночных, рыб, амфибий, трихоплаксов и грибов.[7]

Паралоги

Имя ГенаРаспространенное имяРегистрационный номерДлина последовательностиE-значениеЛичностьОбложка запроса
Белок RCE1RCE1AAH52622.13290.06342%28%
Серин / треонин-протеинкиназаSBK2NP_001094871.23481.354%15%
FAM210AFAM210ANP_689565.22721.431%53%

Ортологи

Род и видыРаспространенное имяДата расхождения (MYA)Регистрационный номерДлина последовательностиE-значениеЛичностьОбложка запросаПримечания
Homo sapiensЧеловек-NP_543011.21922.00E-138100%100%Млекопитающее
Tarsius syrichtaФилиппинский долгопят67.6XP_008058424.11503.00E-8888%76%Млекопитающее
Fukomys damarensisДамаралендский землекоп90.9XP_010627139.11841.00E-7782%76%Млекопитающее
Orninus orcaКосатка97.5XP_004282340.11922.00E-9881%100%Млекопитающее
Camelus ferusДвугорбый верблюд97.5EPY80008.12517.00E-7287%69%Млекопитающее
Анолис каролинскийКаролина анол320.5XP_003223790.12154.00E-6065%78%Рептилия
Тамнофис сирталисПодвязочная змея обыкновенная320.5XP_013919769.12863.00E-5967%71%Рептилия
Офиофаг ханнаКоролевская кобра320.5ETE65490.11528.00E-5968%67%Рептилия
Кариама кристатаРегулярная серия320.5KRP59646.11157.00E-5878%59%Птица
Egretta garzettaМаленькая цапля320.5KFP21403.11151.00E-5777%59%Птица
Анас платиринхосКряква320.5EOB08268.1972.00E-1444%50%Птица
Gekko japonicusГекко320.5XP_015277771.13041.00E-1134%57%Рептилия
Xenopus tropicalisЗападная когтистая лягушка355.7NP_001072818.11965.00E-5755%94%Амфибия
Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушка355.7NP_001088884.12758.00E-1029%53%Амфибия
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призрак482.9XP_007910267.12171.00E-4873%55%Рыбы
Drosophila sechelliaПлодовая муха847XP_002037687.11355.00E-3148%71%Беспозвоночные
Cerapachys biroiКлональный муравей-рейдер847XP_011331931.13443.00E-1536%56%Беспозвоночные
Огатаи параполиморфныеМикроорганизм1302.5XP_013935759.12087.00E-0529%60%Грибок
Populus trichocarpaЧерный тополь1513.9XP_006379359.12425.00E-0433%49%Растение
Trichoplax adhaerensTrichoplaxНеизвестныйXP_002116161.11495.00E-2940%63%Trichoplax
Mitosporidium daphinaeПаразитНеизвестныйXP_013239484.11621.00E-0735%48%Грибок

Эволюционная история

Семейство генов имеет размер два и включает FAM210A и FAM210B. Дупликация генов, по-видимому, произошла, когда растения отделились от простейших. Самым далеким найденным ортологом был Populus trichocarpa, также известный как черный тополь.[8] Неукорененное филогенетическое дерево ниже демонстрирует это расхождение.[9] Все организмы на дереве также можно найти в таблице ортологов выше.

Phylogeny.jogddd.jpg

Выражение

FAM210B повсеместно экспрессируется в Homo sapiens.[10] Он проявляется на каждой стадии развития и при многих нарушениях здоровья, включая опухоли груди, шейки матки, печени, легких, яичников и поджелудочной железы.[11]

Атлас мозга Аллена

Эти изображения были взяты из Атлас мозга Аллена и демонстрируют экспрессию FAM210B в головном мозге мыши. Изображения сравнивают экспрессию FAM210B (слева) с дофамин бета гидроксилаза (справа) в сагиттальный вырезать из мозжечок.[12]

Аллен мозг atlas.png

Профили GEO

На следующем изображении представлена ​​экспрессия гена FAM210B у пациентов с лихорадка денге или те, кто выздоравливающий. Как видно из синих точек, ранг FAM210B понижен у пациентов с геморрагическая лихорадка и лихорадка по сравнению со здоровым контролем.[13]

GEO1.png

На следующем изображении представлена ​​экспрессия гена FAM210B у пациентов с тяжелым бактериальная пневмония, суровый грипп, и те, кто получил вакцина против гриппа. Как видно на изображении, FAM210B имеет более низкий рейтинг у пациентов с тяжелой бактериальной пневмонией и даже ниже у пациентов с тяжелым гриппом по сравнению с теми, кто получил вакцину против гриппа.[14]

GEO2.png

Взаимодействующие белки

Следующие белки были определены как взаимодействующие с FAM210B. Их взаимодействие определялось аффинным захватом и масс-спектрометрический методы.[15] Анализируя функцию этих белков, можно лучше понять функцию FAM210B.

ПротеинФункция
HTR2CКодирует трансмембранный рецептор, связанный с G-белком. Отвечает на передачу сигналов через серотонин.
LPAR1Белок, кодируемый этим геном, представляет собой рецептор LPA. Опосредуют функции, такие как пролиферация, агрегация тромбоцитов, сокращение гладких мышц, инвазия опухолевых клеток.
REEP5Может способствовать функциональной экспрессии обонятельных рецепторов на поверхности клеток.
RTN1Ген, кодирующий ретикулон, связанный с ER и участвующий в нейроэндокринной секреции.
RTN4Ген, кодирующий ретикулон, связанный с ER и участвующий в нейроэндокринной секреции.
TM4SF20Взаимодействовать с интегринами для функционирования клеточной адгезии, пролиферации и подвижности.
ЦПАН5Опосредуют события передачи сигнала, которые регулируют развитие, активацию, рост и подвижность клеток.
TSPAN17Кодирует член трансмембранного суперсемейства 4, функция не определена.
ATP6V0D1Кодирует V-АТФазу, которая опосредует подкисление внутриклеточных органелл эукариот.

Рекомендации

  1. ^ а б c «Ген FAM210B». genecards.org. Получено 2016-05-09.
  2. ^ а б «Ген: FAM210B (OTTHUMG00000032793) - Резюме - Homo sapiens - Браузер генома Vega 64». vega.sanger.ac.uk. Получено 2016-05-09.
  3. ^ а б "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Получено 2016-05-09.
  4. ^ "Результаты Phyre 2 для FAM210B_Normal". sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2016-05-09.[постоянная мертвая ссылка]
  5. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2016-05-09.
  6. ^ "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Категории". expasy.org. Получено 2016-04-28.
  7. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-27.
  8. ^ «Nucleotide BLAST: поиск в базах данных нуклеотидов с помощью нуклеотидного запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-04-27.
  9. ^ "Смоковница". tree.bio.ed.ac.uk. Получено 2016-05-09.
  10. ^ «Семейство со сходством последовательностей 210, член B (FAM210B)». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  11. ^ "Профиль EST - HS.143736". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  12. ^ "Детали эксперимента :: Атлас мозга Аллена: Мозг мыши". mouse.brain-map.org. Получено 2016-04-27.
  13. ^ "GDS5093 / 224693_PM_at". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  14. ^ "GDS3919 / ILMN_1708016". ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  15. ^ Лаборатория, Майк Тайерс. "FAM210B (PSEC0265) Сводка результатов | BioGRID". thebiogrid.org. Получено 2016-05-08.