WikiDer > Фиджи (программное обеспечение)

Fiji (software)

Фиджи - это просто имиджJ
FIJI (программное обеспечение) Logo.svg
Разработчики)Йоханнес Шинделин, Альберт Кардона, Марк Лонгэр, Бенджамин Шмид и другие
Стабильный выпуск
Madison / 7 марта 2011 г. (официальный выпуск, плагины постоянно обновляются)
Операционная системаЛюбой (Ява-основан)
ТипОбработка изображений и Анализ изображений
ЛицензияGPL v2 (интерфейс плагина исключен из этой лицензии; у некоторых плагинов разные лицензии)
Интернет сайтФиджи.sc

Фиджи (Фиджи - это просто имиджJ)[1][2] это пакет обработки изображений с открытым исходным кодом, основанный на ImageJ.

Основная цель Фиджи - обеспечить распространение ImageJ со многими связанными плагины. На Фиджи имеется интегрированная система обновления, цель которой - предоставить пользователям согласованную структуру меню, обширную документацию в виде подробных описаний алгоритмов и руководств, а также возможность избежать необходимости установки нескольких компонентов из разных источников.

Фиджи также ориентирована на разработчиков за счет использования система контроля версий, средство отслеживания проблем, выделенные каналы разработки и инфраструктура быстрого прототипирования в виде редактора сценариев, который поддерживает BeanShell, Jython, JRuby, и другие языки сценариев, а также вовремя Разработка на Java.

Плагины

Для ImageJ существует множество плагинов, которые имеют широкий спектр приложений, но также и широкий диапазон качества.[3]

Кроме того, для некоторых плагинов требуются определенные версии ImageJ, определенные версии сторонних библиотек или дополнительные компоненты Java, такие как компилятор Java или Java3D.

Одна из основных целей Фиджи - установить ImageJ, Java, Java3D, плагины и другие удобные компоненты, насколько это возможно. Как следствие, Фиджи привлекает все больше и больше активных пользователей.[4]

Аудитория

Хотя Фиджи изначально предназначались для нейробиологов (и остаются такими[5]), он накопил достаточно функциональных возможностей, чтобы привлечь ученых из самых разных областей, таких как клеточная биология,[6] паразитология,[7] генетика, науки о жизни в целом, материаловедение и т. д. Как указано на официальном веб-сайте, основное внимание уделяется «наукам о жизни», хотя Фиджи предоставляет множество инструментов, помогающих с научным анализом изображений в целом.[8]

Фиджи наиболее популярны в Науки о жизни сообщество, где 3D Viewer[9] помогает визуализировать данные, полученные с помощью световая микроскопия, и для которых Фиджи предоставляет постановка на учет,[10] сегментацияи другие передовые алгоритмы обработки изображений.

Компонент Фиджи TrakEM2 был успешно использован и улучшен для анализа нейрональные линии в личинке Дрозофила мозги.[11]

Фиджи было заметно показано в обзоре Nature Methods, посвященном визуализации. [12]

Разработка

Фиджи полностью открыт. Его источники живут в Git репозиторий (подробности см. на домашней странице).

Фиджи была принята в качестве организации в Google Summer of Code 2009 г., завершено два проекта.

Фреймворк сценариев, который поддерживает JavaScript, Jython, JRuby, Clojure, BeanShell, и другие языки, является неотъемлемой частью развития Фиджи; многие разработчики прототипируют свои плагины на одном из упомянутых языков сценариев и постепенно превращают прототипы в правильные Ява код. С этой целью в рамках одного из вышеупомянутых проектов Google Summer of Code был добавлен редактор сценариев с подсветка синтаксиса и выполнение кода на месте.

Среда создания сценариев включена в выпуски Фиджи, поэтому опытные пользователи могут использовать такие сценарии в своем обычном рабочем процессе.

Развитие выигрывает от случайных хакатоны, где ученые-биологи с компьютерным опытом встречаются и улучшают свои соответствующие подключаемые модули.

Редактор скриптов

Редактор сценариев на Фиджи поддерживает быстрое создание прототипов сценариев и подключаемых модулей ImageJ, что делает Фиджи мощным инструментом для разработки новых алгоритмов обработки изображений и изучения новых методов обработки изображений с помощью ImageJ.[13][14]

Поддерживаемые платформы

Fiji работает на Windows, Linux и Mac OSX, 32-разрядной или 64-разрядной версии Intel с ограниченной поддержкой MacOSX / PPC.

Рекомендации

  1. ^ Первичная ссылка: Йоханнес Шинделин; Игнасио Арганда-Каррерас; Эрвин Фризе; Верена Кайниг; Марк Лонгэр; Тобиас Пицш; Стефан Прейбиш; Кертис Рюден; Стефан Заальфельд; Бенджамин Шмид; Жан-Ив Тиневез; Дэниел Джеймс Уайт; Фолькер Хартенштейн; Кевин Элисири; Павел Томанчак; Альберт Кардона (2012). «Фиджи: платформа с открытым исходным кодом для анализа биологических изображений». Методы природы. 9 (7): 676–682. Дои:10.1038 / мес.2019. ЧВК 3855844. PMID 22743772.
  2. ^ Впервые Фиджи была публично представлена ​​на конференции пользователей и разработчиков ImageJ в ноябре 2008 года.
  3. ^ Сравните презентации на 2-я конференция пользователей и разработчиков ImageJ в ноябре 2008 г. и 3-я конференция разработчиков ImageJ и пользователей в октябре 2010 г.
  4. ^ Сравните с Карта использования Фиджи
  5. ^ Лонгэр Марк; Бейкер Д.А.; Армстронг JD. (2011). «Simple Neurite Tracer: программное обеспечение с открытым исходным кодом для реконструкции, визуализации и анализа нейронных процессов». Биоинформатика. 27 (17): 2453–4. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr390. PMID 21727141.
  6. ^ Прейбиш С., Заальфельд С., Томанчак П. (апрель 2009 г.). "Глобально оптимальное сшивание мозаичных трехмерных полученных микроскопических изображений". Биоинформатика. 25 (11): 1463–5. Дои:10.1093 / биоинформатика / btp184. ЧВК 2682522. PMID 19346324.
  7. ^ Hegge S, Kudryashev M, Smith A, Frischknecht F (май 2009 г.). «Автоматизированная классификация Плазмодий паттерны движения спорозоитов показывают сдвиг в сторону продуктивной моторики во время инфекции слюнных желез ». Биотехнологический журнал. 4 (6): 903–13. Дои:10.1002 / biot.200900007. PMID 19455538. Архивировано из оригинал 1 августа 2009 г.
  8. ^ В Фиджи Вики, дата обращения 01.11.2012.
  9. ^ Бенджамин Шмид; Йоханнес Шинделин; Альберт Кардона; Марк Лонгэр; Мартин Гейзенберг (2010). «API высокоуровневой 3D-визуализации для Java и ImageJ». BMC Bioinformatics. 11: 274. Дои:10.1186/1471-2105-11-274. ЧВК 2896381. PMID 20492697.
  10. ^ Стефан Прейбиш; Стефан Заальфельд; Йоханнес Шинделин; Павел Томанчак (2010). «Программное обеспечение для регистрации данных микроскопии селективного плоского освещения». Методы природы. 7 (6): 418–419. Дои:10.1038 / nmeth0610-418. PMID 20508634.
  11. ^ Альберт Кардона; Стефан Заальфельд; Игнасио Арганда; Уэйн Переану; Йоханнес Шинделин; Фолькер Хартенштейн (2010). «Идентификация нейронных линий дрозофилы с помощью анализа последовательностей аксонных трактов». Журнал неврологии. 30 (22): 7538–7553. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.0186-10.2010. ЧВК 2905806. PMID 20519528.
  12. ^ Томас Уолтер; Дэвид Шаттак; Ричард Бэлдок; Марк Э. Бастин; Энн Э Карпентер; Сюзанна Дуче; Ян Элленберг; Адам Фрейзер; Николас Гамильтон; Стив Пайпер; Марк Раган; Юрген Э. Шнайдер; Павел Томанчак; Жан-Карим Эрике (2010). «Визуализация данных изображения от клеток к организмам». Методы природы. 7 (3с): S26 – S41. Дои:10.1038 / nmeth.1431. ЧВК 3650473. PMID 20195255.
  13. ^ Создание сценариев на Фиджи (Fiji Is Just ImageJ) в 3-я конференция пользователей и разработчиков в октябре 2010 г.
  14. ^ Ускоренный курс Альберта Кардоны Написание сценариев Jython на Фиджи.

внешняя ссылка