WikiDer > GenePattern

GenePattern
GenePattern
GPlogo 08.gif
Разработчики)Broad Institute, Калифорнийский университет в Сан-Диего
Стабильный выпуск
3.9.11 rc4 b216 / май 2019 г.
Операционная система
Типгеномный анализ
ЛицензияBSD
Интернет сайтwww.genepattern.org

GenePattern свободно доступный вычислительная биология программное обеспечение с открытым исходным кодом пакет, изначально созданный и разработанный в Broad Institute для анализа геномный данные. Разработанный для того, чтобы позволить исследователям разрабатывать, фиксировать и воспроизводить методологии геномного анализа, GenePattern был впервые выпущен в 2004 году. GenePattern в настоящее время разрабатывается в Калифорнийский университет в Сан-Диего.

Функциональность

GenePattern - мощный система научного документооборота который обеспечивает доступ к сотням инструментов геномного анализа. Используйте эти инструменты анализа в качестве строительных блоков для разработки сложных конвейеров анализа, которые фиксируют методы, параметры и данные, используемые для получения результатов анализа. Конвейеры могут использоваться для создания, редактирования и обмена воспроизводимыми результатами in silico.

Цели проекта

  1. Доступность: Запускайте более 200 регулярно обновляемых инструментов анализа и визуализации (которые поддерживают предварительную обработку данных, экспрессия гена анализ, протеомика, Однонуклеотидный полиморфизм (SNP) анализ, проточной цитометрии, и секвенирование следующего поколения) и создавать аналитические рабочие процессы без какого-либо программирования с помощью пользовательского интерфейса «наведи и щелкни».
  2. Воспроизводимость: Автоматическое отслеживание истории и происхождения с управлением версиями, чтобы любой пользователь мог поделиться, повторить и понять полный вычислительный анализ
  3. Расширяемость: Вычислительные пользователи могут импортировать свои методы и код для совместного использования с помощью инструментов, поддерживающих простое создание и интеграцию.
  4. Несколько интерфейсов: Веб-браузер, приложения и программные интерфейсы делают модули и конвейеры анализа доступными широкому кругу пользователей; публичный размещенный сервер

Функции

  • Регулярно обновляемый репозиторий сотен модулей вычислительного анализа, поддерживающих предварительную обработку данных, экспрессия гена анализ, протеомика, однонуклеотидный полиморфизм (SNP) анализ, проточной цитометрии, и короткое чтение последовательности.
  • Программный интерфейс, который делает модули анализа доступными для вычислительных биологов и разработчиков из Python, Java, MATLAB и R.
  • Среда записной книжки GenePattern: Построен на Блокнот Jupyter Среда GenePattern Notebook позволяет исследователям выполнять анализ GenePattern в записных книжках, чередуя текст, графику и исполняемый код, создавая единый «исследовательский рассказ».
  • GParc: Репозиторий и сообщество для пользователей GenePattern, чтобы делиться и обсуждать свои собственные модули GenePattern

Доступность

GenePattern доступен:

  1. Как бесплатное общедоступное веб-приложение,[1] размещены на Amazon Web Services. Пользователи могут создавать учетные записи, выполнять анализ и создавать конвейеры на сервере.
  2. В качестве программное обеспечение с открытым исходным кодом которые можно загрузить и установить локально.[2]
  3. Общедоступные веб-серверы, размещенные другими организациями.[3]

Примечания

  1. ^ "GenePattern". cloud.genepattern.org. Получено 2012-05-07.
  2. ^ «GenePattern: Загрузить GenePattern». Broadinstitute.org. Архивировано из оригинал на 2012-05-09. Получено 2012-05-07.
  3. ^ "Использовать GenePattern". genepattern.org. 2006-10-07. Архивировано из оригинал на 2012-06-07. Получено 2012-05-07.

Рекомендации

внешняя ссылка

Связанное программное обеспечение: