WikiDer > Выравнивание обобщенного дерева - Википедия

В вычислительной филогенетика, обобщенное выравнивание дерева проблема создания множественное выравнивание последовательностей и филогенетическое дерево на наборе последовательностей одновременно, а не по отдельности.^[1]

Формально, Обобщенное выравнивание дерева это следующая оптимизационная задача.

Вход: Множество ${ displaystyle S}$ и функция редактирования расстояния ${ displaystyle d}$ между последовательностями,

Выход: Дерево ${ displaystyle T}$ с надписью на листе ${ displaystyle S}$ и помечены последовательностями на внутренних узлах, так что ${ Displaystyle Sigma _ {е in T} d (е)}$ минимизируется, где ${ displaystyle d (e)}$ расстояние редактирования между конечными точками ${ displaystyle e}$.^[2]

Обратите внимание, что это отличается от выравнивание деревьев, где дерево предоставляется в качестве входных данных.

Рекомендации

Эта статья по биоинформатике заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. v т е