WikiDer > Geworkbench

Geworkbench
geWorkbench
Разработчики)Колумбийский университет,
Первое генетическое доверие
Национальный институт рака
изначальный выпуск2004; 16 лет назад (2004)
Стабильный выпуск
2.6.0.3 / 21 декабря 2016 г.; 3 года назад (2016-12-21)
Операционная системаWindows, Linux, Mac OS X
Платформаx86
Доступно ванглийский
ТипГеном анализ данных
ЛицензияBSD-подобный[1]
Интернет сайтwww.geworkbench.org

geWorkbench[2] (Genomics Workbench) - это программное обеспечение с открытым исходным кодом платформа для интегрированных геномный анализ данных. Это настольное приложение, написанное на языке программирования. Ява. geWorkbench использует компонентную архитектуру. По состоянию на 2016 год, существует более 70 плагинов[3] доступны, обеспечивая визуализацию и анализ экспрессия гена, последовательность и структура данных.

geWorkbench - это биоинформатическая платформа MAGNet,[4] Национальный центр многомасштабного анализа геномных и сотовых сетей, один из 8 Национальные центры биомедицинских вычислений[5] финансируется через Дорожную карту NIH (Общий фонд NIH[6]). Многие системы и инструменты структурной биологии, разработанные исследователями MAGNet, доступны в виде плагинов geWorkbench.

Функции

  • Инструменты вычислительного анализа, такие как t-тест, иерархическая кластеризация, самоорганизующиеся карты, реконструкция регуляторной сети, поиск BLAST, обнаружение паттернов и мотивов, прогнозирование структуры белков, аннотации белков на основе структуры и т. Д.
  • Визуализация экспрессии генов (тепловые карты, график вулкана), сетей молекулярного взаимодействия (через Cytoscape), последовательности белка и данных структуры белка (например, MarkUs).
  • Интеграция аннотации информации о генах и путях из тщательно отобранных источников, а также посредством анализа обогащения онтологии генов.
  • Интеграция компонентов через платформенное управление входами и выходами. К данным, которые могут совместно использоваться компонентами, относятся наборы данных экспрессии, сети взаимодействия, наборы и последовательности образцов и маркеров (генов).
  • Отслеживание истории набора данных - полная запись использованных наборов данных и настроек ввода.
  • Интеграция со сторонними инструментами, такими как Генпаттерн, Cytoscape, и Genomespace.

Демонстрации каждой описанной функции можно найти на http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Tutorials.

Версии

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ лицензия geWorkbench
  2. ^ Floratos, A .; Smith, K .; Ji, Z .; Watkinson, J .; Калифано, А. (2010). «GeWorkbench: платформа с открытым исходным кодом для интегративной геномики». Биоинформатика. 26 (14): 1779–1780. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq282. ЧВК 2894520. PMID 20511363.
  3. ^ http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Plugins
  4. ^ Магнит
  5. ^ http://www.ncbcs.org
  6. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2013-06-21. Получено 2013-07-16.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  7. ^ http://wiki.c2b2.columbia.edu/workbench/index.php/Download_and_Installation

внешняя ссылка