WikiDer > ГНРНПК

HNRNPK
ГНРНПК
Белок HNRPK PDB 1j5k.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыГНРНПК, CSBP, HNRPK, TUNP, AUKS, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин K
Внешние идентификаторыOMIM: 600712 MGI: 99894 ГомолоГен: 81909 Генные карты: ГНРНПК
Расположение гена (человек)
Хромосома 9 (человек)
Chr.Хромосома 9 (человек)[1]
Хромосома 9 (человек)
Геномное расположение HNRNPK
Геномное расположение HNRNPK
Группа9q21.32Начинать83,968,083 бп[1]
Конец83,980,616 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE HNRPK 200775 s at fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (белок)
Расположение (UCSC)Chr 9: 83.97 - 83.98 МбChr 13: 58.39 - 58.4 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К (также белок К) это белок что у людей кодируется ГНРНПК ген.[5] Он находится в ядро клетки это связано с предварительныминформационная РНК (мРНК) как компонент гетерогенные рибонуклеопротеиновые частицы. В обезьяна гомолог известен как белок H16. Оба белка связываются с одноцепочечными ДНК а также РНК и может стимулировать активность РНК-полимераза II, белок, ответственный за большинство транскрипция гена. Относительное сродство белков к ДНК и РНК варьируется в зависимости от условий раствора и обратно коррелирует, так что условия, способствующие сильному связыванию ДНК, приводят к слабому связыванию РНК.[6]

Домены связывающего РНК белка в других белках, которые подобны домену связывания РНК белка K, называются K-гомологии или же KH домены.

Белок К был предметом исследования, связанного с колоректальный рак, в котором Редактирование РНК событие, вызывающее выражение из изоформа содержащий точечная мутация было обнаружено, что он специфичен для раковых клеток.[7]

Функция

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно выраженных гетерогенные ядерные рибонуклеопротеиды (hnRNPs). HnRNPs являются РНК-связывающие белки, и они комплексуются с гетерогенная ядерная РНК (гнРНК). Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты мРНК метаболизм и транспорт. В то время как все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, кажется, перемещаются между ядром и цитоплазмой.

Белки hnRNP обладают отчетливыми свойствами связывания нуклеиновых кислот. Белок, кодируемый этим геном, находится в нуклеоплазма и имеет три повтора KH домены который связывается с РНК. Он отличается от других белков hnRNP своим предпочтением связывания; он прочно связывается с поли (С). Считается, что этот белок также играет роль в развитии клеточного цикла. Для этого гена описано множество альтернативно сплайсированных вариантов транскриптов, но полностью описаны только три варианта.[8]

Мутации в обеих копиях ГНРНПК смертельны для эмбрионов у мышей. Мыши с обеими нокаутированными копиями гена погибают до 14-го дня. эмбриональное развитие.[9]

Клиническое значение

Синдром Окамото

Мутации в ГНРНПК причина Синдром Окамото, также известный как синдром Ау – Клайна.[10]

Рак крови

Делеции в регионе, охватывающем ГНРНПК были найдены в камерах острый миелоидный лейкоз примерно в 2% случаев. Кроме того, большинство мышей, у которых была одна из ГНРНПК гены искусственно выбит развитый миелоидный рак, с третьей развивающейся лимфоидный рак и 4% развивающихся гепатоцеллюлярные карциномы. Мыши также были меньше по размеру, имели менее развитые органы и имели более высокую постнатальную смертность (30%). Средняя продолжительность жизни выживших мышей была менее 50% от продолжительности жизни мышей дикого типа. Дефицит HNRNPK, по-видимому, снижает уровень p42. изоформа из CEBPA, что является фактор транскрипции участвует в дифференциации определенных кровяные клетки, а также стр.21 (ингибитор циклинзависимой киназы 1), который участвует в приостановке клеточного развития для Ремонт ДНК.[11]

ГНРНПК сверхэкспрессия также, по-видимому, способствует развитию рака через другой механизм, включающий перевод скорее, чем транскрипция.[11]

Взаимодействия

ХНРПК было показано взаимодействовать с:

Белки человека, содержащие домен KH

AKAP1; АНХД1; ANKRD17; ASCC1; BICC1; DDX43; DDX53; DPPA5;FMR1; FUBP1; FUBP3; FXR1; FXR2; HDLBP; ГНРПК; IGF2BP1;IGF2BP2; IGF2BP3; KHDRBS1; KHDRBS2; KHDRBS3; ХСРП; KRR1; MEX3A;MEX3B; MEX3C; MEX3D; НОВА1; НОВА2; PCBP1; PCBP2; PCBP3;PCBP4; PNO1; PNPT1; QKI; SF1; ТДРХ;

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000165119 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021546 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Дейгаард К., Лефферс Х., Расмуссен Х. Х., Мадсен П., Круз Т.А., Гессер Б. и др. (Февраль 1994). «Идентификация, молекулярное клонирование, экспрессия и картирование хромосом семейства трансформационных белков hnRNP-K, полученных с помощью альтернативного сплайсинга». Журнал молекулярной биологии. 236 (1): 33–48. Дои:10.1006 / jmbi.1994.1116. PMID 8107114.
  6. ^ Гайяр С, Кабанн Э, Штраус Ф (октябрь 1994 г.). «Идентичность РНК-связывающего белка K частиц hnRNP с белком H16, специфическим для последовательности одноцепочечным ДНК-связывающим белком». Исследования нуклеиновых кислот. 22 (20): 4183–6. Дои:10.1093 / nar / 22.20.4183. ЧВК 331915. PMID 7524036.
  7. ^ Klimek-Tomczak K, Mikula M, Dzwonek A, Paziewska A, Karczmarski J, Hennig E, et al. (Февраль 2006 г.). «Редактирование мРНК белка hnRNP K при колоректальной аденокарциноме и окружающей слизистой оболочке». Британский журнал рака. 94 (4): 586–92. Дои:10.1038 / sj.bjc.6602938. ЧВК 2361188. PMID 16404425.
  8. ^ «Ген Entrez: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К HNRPK».
  9. ^ Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M, et al. (Октябрь 2015 г.). «hnRNP K является гаплонедостаточным опухолевым супрессором, который регулирует программы пролиферации и дифференцировки при гематологических злокачественных новообразованиях». Раковая клетка. 28 (4): 486–499. Дои:10.1016 / j.ccell.2015.09.001. ЧВК 4652598. PMID 26412324.
  10. ^ Справка, Дом генетики. «Синдром Ау-Клайна». Домашний справочник по генетике. Получено 2019-11-30.
  11. ^ а б Gallardo M, Lee HJ, Zhang X, Bueso-Ramos C, Pageon LR, McArthur M, et al. (Октябрь 2015 г.). «hnRNP K является гаплонедостаточным опухолевым супрессором, который регулирует программы пролиферации и дифференцировки при гематологических злокачественных новообразованиях». Раковая клетка. 28 (4): 486–499. Дои:10.1016 / j.ccell.2015.09.001. ЧВК 4652598. PMID 26412324.
  12. ^ Ostareck-Lederer A, Ostareck DH, Cans C, Neubauer G, Bomsztyk K, Superti-Furga G, Hentze MW (июль 2002 г.). «c-Src-опосредованное фосфорилирование hnRNP K управляет активацией трансляции специфически подавленных мРНК». Молекулярная и клеточная биология. 22 (13): 4535–43. Дои:10.1128 / mcb.22.13.4535-4543.2002. ЧВК 133888. PMID 12052863.
  13. ^ Чен ХК, Лин В.Ч., Цай Ю.Г., Ли СК, Чанг С.Дж. (октябрь 2002 г.). «РНК-геликаза DDX1, взаимодействующая с поли (A) РНК и гетерогенным ядерным рибонуклеопротеином K». Журнал биологической химии. 277 (43): 40403–9. Дои:10.1074 / jbc.M206981200. PMID 12183465.
  14. ^ а б c Ким Дж. Х., Хам Б., Ким Ю. К., Чой М., Чан С. К. (май 2000 г.). «Белок-белковое взаимодействие между hnRNPs, перемещающимися между ядром и цитоплазмой». Журнал молекулярной биологии. 298 (3): 395–405. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID 10772858.
  15. ^ Ян Дж. П., Редди Т. Р., Чыонг К. Т., Сухасини М., Вонг-Стаал Ф. (октябрь 2002 г.). «Функциональное взаимодействие Sam68 и гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина К». Онкоген. 21 (47): 7187–94. Дои:10.1038 / sj.onc.1205759. PMID 12370808.
  16. ^ Côté J, Boisvert FM, Boulanger MC, Bedford MT, Richard S (январь 2003 г.). «РНК-связывающий белок Sam68 является субстратом in vivo для белка аргинин-N-метилтрансферазы 1». Молекулярная биология клетки. 14 (1): 274–87. Дои:10.1091 / mbc.E02-08-0484. ЧВК 140244. PMID 12529443.
  17. ^ Вада К., Иноуэ К., Хагивара М. (август 2002 г.). «Идентификация метилированных белков с помощью протеина аргинин N-метилтрансферазы 1, PRMT1, с новой стратегией клонирования экспрессии». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1591 (1–3): 1–10. Дои:10.1016 / s0167-4889 (02) 00202-1. PMID 12183049.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка

  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: P61978 (Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К человека (HNRPK)) в PDBe-KB.