WikiDer > HomoloGene - Википедия

Эта статья в значительной степени или полностью полагается на один источник. Соответствующее обсуждение можно найти на страница обсуждения. Пожалуйста помоги улучшить эту статью путем введения цитаты к дополнительным источникам. Найдите источники: "HomoloGene" – Новости · газеты · книги · ученый · JSTOR (Октябрь 2020)

HomoloGene, инструмент США Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), представляет собой систему автоматического обнаружения гомологи (сходство, связанное с происхождением от общего предка) среди аннотированных генов нескольких полностью секвенированных геномов эукариот.^[1]

Обработка HomoloGene состоит из анализа белков поступающих организмов. Последовательности сравниваются с помощью blastp, затем сопоставляются и объединяются в группы с использованием таксономического дерева, построенного на основе сходства последовательностей, где сначала сопоставляются более близкие родственные организмы, а затем в дерево добавляются другие организмы. Выравнивания белков сопоставляются с соответствующими последовательностями ДНК, а затем метрики расстояния в виде молекулярных расстояний. Джакс и Кантор (1969), Отношение Ka / Ks можно рассчитать.

Последовательности сопоставляются с помощью эвристический алгоритм для максимизации оценки глобально, а не локально, при двудольном сопоставлении (см. полный двудольный граф). Затем он вычисляет статистическую значимость каждого совпадения. Отсечки выполняются для каждой позиции, а значения Ks устанавливаются для предотвращения ложных "ортологи" от группировки. «Паралоги» идентифицируются путем нахождения последовательностей, которые внутри вида ближе, чем у других видов.

Входные организмы

Metazoa

Позвоночные

Homo sapiens, Пан троглодиты, Mus musculus, Раттус норвегикус, Обыкновенная волчанка, Bos taurus, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Данио Рерио"

Беспозвоночные

"Drosophila melanogaster, Anopheles gambiae, Caenorhabditis elegans"

Грибы

"Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Kluyveromyces lactis, Eremothecium gossypii, Magnaporthe grisea, Neurospora crassa"

Растения

Двудольные

"Arabidopsis thaliana"

Однодольные

"Oryza sativa"

Протиста

"Плазмодий falciparum.

Интерфейс

HomoloGene связан со всеми базами данных Entrez и основан на информации о гомологии и фенотипе этих ссылок:

• Информатика генома мыши (MGI),
• Информационная сеть по рыбкам данио (ZFIN),
• База данных генома Saccharomyces (SGD),
• Кластеры ортологических групп (COG),
• FlyBase,
• Онлайн-менделевское наследование в человеке (OMIM)

В результате HomoloGene отображает информацию о генах, белках, фенотипах и консервативных доменах.

Рекомендации

внешняя ссылка

Викиданные имеет свойство: HomoloGene ID (P593) (видеть использует)