WikiDer > Человеческая протеинпедия
Человеческая протеинпедия портал для обмена и интеграции протеомных данных человека.[1][2] Это позволяет исследовательским лабораториям вносить и поддерживать аннотации белков. Справочная база данных белков человека (HPRD) объединяет данные, которые хранятся в Human Proteinpedia вместе с существующей литературной информацией в контексте отдельного белка.[3][4] По сути, исследователи могут добавлять новые данные в HPRD, регистрируясь в Human Proteinpedia. Данные, размещенные в Human Proteinpedia, доступны для бесплатного скачивания. Подчеркивая важность протеомика размещение данных в публичных репозиториях, Методы природы рекомендует Human Proteinpedia в своей редакционной статье.[5] В этой работе принимают участие более 70 лабораторий.
Типы данных
Данные, относящиеся к посттрансляционные модификации, белок-белковые взаимодействия, экспрессия ткани, экспрессия в Сотовые линии, субклеточная локализация и фермент отношения субстрата могут быть представлены в Human Proteinpedia.
Экспериментальные платформы
Аннотации белков, представленные в Human Proteinpedia, получены из ряда платформ, таких как
- Коиммунопреципитация и масс-спектрометриибелок-белковое взаимодействие на основе
- Коиммунопреципитация белок-белковое взаимодействие на основе вестерн-блоттинга
- Флуоресценция основанные на экспериментах
- Иммуногистохимия
- Масс-спектрометрический анализ
- Протеин и пептидные микрочипы
- Вестерн-блоттинг
- Дрожжи двугибридные на основе белок-белкового взаимодействия
Этот портал, который позволяет добавлять информацию о белках, был разработан совместно лабораторией доктора Ахилеша Панди в Университет Джона Хопкинса и Институт биоинформатики
FAQs
* Каковы критерии для предоставления данных?
Любой исследователь, отвечающий следующим критериям, может предоставить данные:
i) предоставляет экспериментально полученные данные, и
ii) готов поделиться данными, и,
iii) желает быть указанным в качестве «автора» данных
* Могу ли я передавать данные анонимно?
Анонимные взносы не разрешены. При предоставлении данных сведения об авторах должны быть четко представлены.
* Могут ли биоинформатически предсказанные данные быть переданы через Human Proteinpedia?
Предсказания любого типа не допускаются. Предоставленные данные должны быть получены экспериментальным путем и должны сопровождаться экспериментальными данными.
* Подвергаются ли предоставленные данные экспертной оценке?
Данные не подлежат экспертной оценке, и должны быть предоставлены фактические экспериментальные данные (необработанные или обработанные).
* Что произойдет с противоречивыми результатами из разных лабораторий?
В случаях, когда данная запись задокументирована как ошибочная, мы проконсультируемся с участвующей группой (группами) по поводу удаления записи.
внешняя ссылка
Рекомендации
- ^ Kandasamy et al. Human Proteinpedia: единый ресурс для исследований протеомики. Исследования нуклеиновых кислот. Расширенный доступ, опубликованный 23 октября 2008 г., DOI 10.1093 / nar / gkn701.
- ^ Mathivanan et al. Human Proteinpedia позволяет обмениваться данными о человеческих белках. Nat Biotechnology. Февраль 2008; 26: 164-7
- ^ Mishra et al. Справочная база данных белков человека - обновление 2006 г. Nucleic Acids Res. 2006 Янв; 34 (выпуск базы данных): D411-4
- ^ Peri et al. Разработка справочной базы данных белков человека в качестве начальной платформы для подхода к системной биологии человека. Genome Res. 2003 Октябрь; 13: 2363-71.
- ^ От редакции. Вы должны поделиться своими данными. Нат методы. Март 2008; 5: 209