WikiDer > IBIS (сервер)

IBIS (server)

Философия

Знание белок структуры могут облегчить и улучшить аннотацию функции белка и характеристику партнеров по связыванию белков и сайтов связывания. База данных и сервер IBIS (Предполагаемый сервер биомолекулярного взаимодействия, www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ibis/ibis.cgi)[1][2] разработан в NCBI, Национальные институты здоровья, сообщает, прогнозирует и интегрирует несколько типов консервативных взаимодействий для белков. Он предоставляет инструменты для анализа биомолекулярный взаимодействия, наблюдаемые в данной структуре белка, вместе со сложным набором взаимодействий, вытекающих из его близких гомологи. IBIS идентифицирует и прогнозирует партнеров по взаимодействию белков вместе с местоположением соответствующих сайтов связывания в запросе белка. Он предоставляет аннотации сайтов связывания для взаимодействий белок-белок, белок-небольшая молекула, белок-нуклеиновая кислота, белок-пептид и белок-ион.

IBIS также позволяет отображать сеть биомолекулярных взаимодействий для любого данного организма, взаимодействие человека, полученное из структурных комплексов, доступно по адресу ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/mmdb/humanIntNw/.

IBIS schema.png

Сосредоточиться на биологически значимых участок связывания, IBIS объединяет в кластеры сходные сайты связывания, обнаруженные в гомологичных белках, на основе консервативности сайтов последовательности и структуры. Сайтам связывания, которые кажутся эволюционно консервативными среди неизбыточных наборов гомологичных белков, отдается более высокий приоритет. После кластеризации сайтов связывания на основе соответствующих выравниваний сайтов связывания конструируются матрицы оценок положения (PSSM). Вместе с другими измерениями PSSM впоследствии используются для ранжирования сайтов связывания, чтобы оценить, насколько хорошо они соответствуют запросу, и для измерения биологической релевантности сайтов связывания по отношению к запросу.

Рекомендации

  1. ^ Сапожник, BA; Zhang, D; Тангуду, Р.Р .; Тяги, М; Фонг, JH; Марчлер-Бауэр, А; Брайант, SH; Madej, T; Панченко, А.Р. (2010). «Сервер предполагаемого биомолекулярного взаимодействия - веб-сервер для анализа и прогнозирования партнеров по взаимодействию с белками и сайтов связывания». Нуклеиновые кислоты Res. 38: D518–24. Дои:10.1093 / нар / gkp842. ЧВК 2808861. PMID 19843613.
  2. ^ Сапожник, BA; Zhang, D; Тяги, М; Тангуду, Р.Р .; Фонг, JH; Марчлер-Бауэр, А; Брайант, SH; Madej, T; Панченко, А.Р. (2012). «IBIS (Сервер предполагаемого биомолекулярного взаимодействия) сообщает, предсказывает и объединяет несколько типов консервативных взаимодействий для белков». Нуклеиновые кислоты Res. 40: D834–40. Дои:10.1093 / nar / gkr997. ЧВК 3245142. PMID 22102591.