WikiDer > Игорь Горянин - Википедия
Игорь Горянин системный биолог, заведующий кафедрой Хенрика Качера в области вычислительной системной биологии в Эдинбургский университет, и возглавляет группу вычислительной системной биологии и биоинформатики Школы информатики. Он возглавляет отдел биологических систем Окинавского института науки и технологий, Япония.
биография
Горянин окончил магистратуру в 1985 году по специальности «прикладная математика» факультета компьютерных наук Московского инженерно-физического института (МИФИ), где он разрабатывал численные методы и алгоритмы для анализа жестких дифференциальных уравнений. Горянин проработал более двенадцати лет в Институте биофизики Российской академии наук и защитил кандидатскую диссертацию в 1995 году в том же институте. За это время он разработал DBSolve, программу для математической стимуляции и анализа клеточного метаболизма и регуляции (Горянин является автором DBSolve). С 1989 по 1995 год он также был генеральным директором и соучредителем Biobank Inc., Россия.
В 1995–1997 годах Горянин работал приглашенным компьютерным ученым в отделе математики и информатики Аргоннской национальной лаборатории.
Он присоединился GlaxoSmithKline (ранее известный как GlaxoWellcome) в 1997 году. Игорь работал над применением методов моделирования и информатики в фармацевтических исследованиях и разработках, а также в производстве лекарств. Подход цельноклеточного моделирования организмов, разработанный Игорем, успешно использовался для улучшения исследований и разработок лекарств и производственных процессов на производственных предприятиях. то есть разработка антимикробных анализов и идентификация мишеней противомикробных лекарственных средств, рациональный дизайн организма, рациональный дизайн биомаркеров и определение приоритетов мишеней, реконструкция клеточных сетей для рака, метаболических и липидных нарушений.
В 2005 году Горянин переехал в Эдинбург, где занял должность заведующего кафедрой компьютерной системной биологии имени Генрика Каксера. В 2006 году Горянин разработал один из первых магистерских курсов по компьютерной системной биологии в Великобритании, который в настоящее время преподается в Эдинбургском университете. Он стал соучредителем Центра системной биологии в Эдинбурге, где он был одним из директоров (2006–2010). , и Эдинбургский центр биоинформатики, где он был директором (2005–2010).
Научные интересы и проекты
- Системная биология: реконструкция, моделирование и анализ биологических сетей на основе данных функциональной геномики и литературы.
- Системная биология, информатика, развитие инфраструктуры
- Информатика наук о жизни: интеллектуальный анализ данных и интеграция данных из биологических и фармацевтических баз данных.
- Программное обеспечение и алгоритмы для моделирования и стимуляции, визуализации и оптимизации сложных систем
- Исследования в области биоэнергетики и биоремедиации: оптимизация микробных устройств, в которой используется способность некоторых микроорганизмов и ферментов напрямую преобразовывать органические вещества в электричество. (MFC)
- Системная онкология: применение моделирования и анализа путей в тканях человека для прогнозирования ответа на противораковое лечение и для разработки индивидуализированных методов лечения, дистанционного обучения и диагностики рака. (системная онкология).
Сотрудничество
Игорь является соучредителем Международного альянса по кишечной палочке (IECA). Горянин и его группа в настоящее время участвуют в нескольких крупных международных проектах:
- SBML - Язык разметки системной биологии (SBML) - это машиночитаемый формат для представления моделей сетей биохимических реакций. SBML применим к метаболическим сетям, путям передачи сигналов клеток, регуляторным сетям и многим другим.
- SBGN Графическая нотация системной биологии призвана помочь стандартизировать графическую нотацию для вычислительных моделей в системной биологии.
- BioSim, Сеть передового опыта, созданная Европейской комиссией в рамках ее 6-й рамочной программы. Основная цель Сети - продемонстрировать, как использование современных методов моделирования может привести к более рациональному процессу разработки лекарств, улучшенным процедурам лечения и уменьшению потребности в экспериментах на животных.
- RiboSYS[постоянная мертвая ссылка] Проект, финансируемый в рамках FP6, использует подходы системной биологии для моделирования пре-мессенджера РНК и метаболизма пре-рибосомной РНК в Saccharomyces cerevisiae и, таким образом, помогает понять эти сложные клеточные пути.
- ЭК-СТОН, проект, финансируемый в рамках FP6, направлен на разработку интегрированной модели системы стресс-ответа E. coli, включая ключевые метаболические, генетические и сигнальные модули.
- Международный консорциум РТК - Консорциум Receptor Tyrosine Kinase (RTK) Networks Consortium - это организация, призванная содействовать и координировать международные усилия по постоянному пониманию путей передачи сигналов RTK и их связи с человеческими патологиями.
- Центр геномных исследований Рикен (Япония) - сотрудничество в области рака груди и крупномасштабного секвенирования
- Институт системной биологии в Токио[постоянная мертвая ссылка] - разработка стандартов в исследованиях системной биологии.
- Институт системной биологии СПБ (Россия) - кинетическое моделирование сложных биологических систем (с приложениями для открытия лекарств).
Публикации
Книги и главы книг
- Горянин И, Демин О Кинетическое моделирование в системной биологии Чепмен и Холл / CRC, 2008 г.
- Моделирование биологических путей: фармацевтические приложения, Редакторы Мартин Форд, Дэвид Ливингстон, Джон Дирден, Ha Van de Waterbbemd, Blackwell Publishing, 2003.
- Применение математических моделей целых клеток и больших путей в фармацевтической промышленности Метаболическая инженерия в постгеномную эру, редакторы
- Б. Холоденко и Х. Вестерхофф, Horizon Bioscience, Великобритания, 2003.