WikiDer > Киммен Шёландер

Киммен Шёландер (урожденная Варнов) - почетный профессор Калифорнийский университет в Беркли в отделе биоинженерии. Она хорошо известна своей работой над анализ последовательности белков.

биография

Сьёландер училась и в бакалавриате, и в аспирантуре. Калифорнийский университет в Санта-Крус на факультете компьютерных наук, получив степень бакалавра в 1993 году и докторскую степень в 1997 году под руководством Дэвид Хаусслер.^[1] В 1997-1999 годах она была главным научным сотрудником группы молекулярных приложений (компания, соучредителем которой является Майкл Левитт), а затем главным научным сотрудником в области белковой информатики в Celera Genomics с 1999-2001 гг., где была членом коллектива (вместе с Дж. Крейг Вентер и Джин Майерс), который собрал и аннотировал геном человека.^[2] Она поступила на факультет биоинженерии Калифорнийского университета в Беркли в 2001 году в качестве доцента. Она заняла должность в 2006 году, а в 2012 году стала профессором.^[1]

Награды

Шёландер получил награду NSF CAREER Award^[1] и Президентская премия за раннюю карьеру для ученых и инженеров в 2003 г.^[3]

Исследование

Шёландер наиболее известна своей работой в области филогеномных методов анализа последовательности белков, включая методы машинного обучения для предсказания функциональных сайтов и идентификации ортологов, а также методы скрытой марковской модели (HMM) для предсказания структуры белков, классификации функциональных подсемейств и ортологов, удаленного определения гомологии. , множественное выравнивание последовательностей и оценка филогенетического дерева. Ее алгоритмы были использованы при функциональной аннотации генома человека на Celera Genomics, в базах данных и порталах биоинформатики PhyloFacts, а также внес свой вклад в ModBase база данных.

Избранные публикации

• Вентер, Дж. Крейг; и другие. (2001), «Последовательность генома человека», Наука, 291 (5507): 1304–1351, Bibcode:2001Научный ... 291.1304V, Дои:10.1126 / science.1058040, PMID 11181995.

• Крог, Андерс; Браун, Майкл; Миан, Сайра; Sjölander, Kimmen; Хаусслер, Дэвид (1994), "Скрытые марковские модели в вычислительной биологии: приложения к моделированию белков", Журнал молекулярной биологии, 235 (5): 1501–1531, Дои:10.1006 / jmbi.1994.1104, PMID 8107089.

• Шоландер, Киммен; Карплюс, Кевин; Браун, Майкл; Хьюи, Ричард; Крог, Андерс; Миан, Сайра; Хаусслер, Дэвид (1996), «Смеси Дирихле: метод улучшенного обнаружения слабой, но значительной гомологии белковых последовательностей», Биоинформатика, 12 (4): 327–345, Дои:10.1093 / биоинформатика / 12.4.327, PMID 8902360.

Рекомендации