WikiDer > Теория решений Кирквуда – Баффа

Kirkwood–Buff solution theory

В Теория решений Кирквуда – Баффа (КБ), из-за Джон Г. Кирквуд и Фрэнк П. Бафф, связывает макроскопические (объемные) свойства с микроскопическими (молекулярными) деталями. С помощью статистическая механика, теория KB выводит термодинамические величины из парные корреляционные функции между всеми молекулами в многокомпонентном растворе.^[1] Теория КБ оказывается ценным инструментом для проверки молекулярного моделирования, а также для выяснения с молекулярным разрешением механизмов, лежащих в основе различных физических процессов.^[2]^[3]^[4] Например, он имеет множество применений в биологически значимых системах.^[5]

Возможен и обратный процесс; так называемая обратная теория Кирквуда – Баффа (обратная КБ), обусловленная Арье Бен-Наим, выводит молекулярные детали из термодинамических (объемных) измерений. Этот прогресс позволяет использовать формализм KB для формулирования прогнозов относительно микроскопических свойств на основе макроскопической информации.^[6]^[7]

Функция радиального распределения

В функция радиального распределения (RDF), также называемая парной функцией распределения или парной корреляционной функцией, является мерой локального структурирования смеси. RDF между компонентами ${ displaystyle i}$ и ${ displaystyle j}$ расположен на ${ displaystyle { boldsymbol {r}} _ {i}}$ и ${ displaystyle { boldsymbol {r}} _ {j}}$ соответственно определяется как:

{ displaystyle g_ {ij} ({ boldsymbol {R}}) = { frac { rho _ {ij} ({ boldsymbol {R}})} { rho _ {ij} ^ { text {bulk }}}}}

куда ${ displaystyle rho _ {ij} ({ boldsymbol {R}})}$ - локальная плотность компонента ${ displaystyle j}$ относительно компонента ${ displaystyle i}$ , количество ${ displaystyle rho _ {ij} ^ { text {bulk}}}$ плотность компонента ${ displaystyle j}$ в массе, и ${ displaystyle { boldsymbol {R}} = | { boldsymbol {r}} _ {i} - { boldsymbol {r}} _ {j} |}$ - межчастичный радиус-вектор. Обязательно также следует, что:

{ displaystyle g_ {ij} ({ boldsymbol {R}}) = g_ {ji} ({ boldsymbol {R}})}

Предполагая сферическая симметрия, RDF сводится к:

{ displaystyle g_ {ij} (r) = { frac { rho _ {ij} (r)} { rho _ {ij} ^ { text {bulk}}}}}

куда ${ displaystyle r = | { boldsymbol {R}} |}$ - расстояние между частицами.

В некоторых случаях полезно количественно оценить межмолекулярные корреляции с точки зрения свободной энергии. В частности, RDF относится к потенциал средней силы (PMF) между двумя компонентами:

{ Displaystyle PMF_ {ij} (r) = - kT ln (g_ {ij})}

где PMF по существу является мерой эффективного взаимодействия между двумя компонентами раствора.

Интегралы Кирквуда – Баффа.

Интеграл Кирквуда – Баффа (KBI) между компонентами ${ displaystyle i}$ и ${ displaystyle j}$ определяется как пространственный интеграл по парной корреляционной функции:

{ displaystyle G_ {ij} = int limits _ {V} [g_ {ij} ({ boldsymbol {R}}) - 1] , d { boldsymbol {R}}}

что в случае сферической симметрии сводится к:

${ Displaystyle G_ {ij} = 4 pi int _ {r = 0} ^ { infty} [g_ {ij} (r) -1] r ^ {2} , dr}$

KBI, имеющий единицы объема на молекулу, количественно определяет избыток (или недостаток) частицы. ${ displaystyle j}$ вокруг частицы ${ displaystyle i}$ .

Вывод термодинамических величин

Двухкомпонентная система

Можно получить различные термодинамические соотношения для двухкомпонентной смеси в терминах соответствующего KBI ( ${ displaystyle G_ {11}}$ , ${ displaystyle G_ {22}}$ , и ${ displaystyle G_ {12}}$ ).

В частичный молярный объем компонента 1:

{ displaystyle { bar {V}} _ {1} = { frac {1 + c_ {2} (G_ {22} -G_ {12})} {c_ {1} + c_ {2} + c_ { 1} c_ {2} (G_ {11} + G_ {22} -2G_ {12})}}}

куда ${ displaystyle c}$ это молярная концентрация и естественно ${ displaystyle c_ {1} { bar {V}} _ {1} + c_ {2} { bar {V}} _ {2} = 1}$

Сжимаемость, ${ displaystyle kappa}$ , удовлетворяет:

{ displaystyle kappa kT = { frac {1 + c_ {1} G_ {11} + c_ {2} G_ {22} + c_ {1} c_ {2} (G_ {11} G_ {22} -G_ {12} ^ {2})} {c_ {1} + c_ {2} + c_ {1} c_ {2} (G_ {11} + G_ {22} -2G_ {12})}}}

куда ${ displaystyle k}$ это Постоянная Больцмана и ${ displaystyle T}$ это температура.

Производная от осмотическое давление, ${ displaystyle Pi}$ , по концентрации компонента 2:

{ displaystyle left ({ frac { partial Pi} { partial c_ {2}}} right) _ {T, mu _ {1}} = { frac {kT} {1 + c_ { 2} G_ {22}}}}

куда ${ displaystyle mu _ {1}}$ - химический потенциал компонента 1.

Производные химических потенциалов по концентрациям при постоянной температуре ( ${ displaystyle T}$ ) и давление ( ${ displaystyle P}$ ) находятся:

{ displaystyle { frac {1} {kT}} left ({ frac { partial mu _ {1}} { partial c_ {1}}} right) _ {T, P} = { гидроразрыв {1} {c_ {1}}} + { frac {G_ {12} -G_ {11}} {1 + c_ {1} (G_ {11} -G_ {12})}}}

{ displaystyle { frac {1} {kT}} left ({ frac { partial mu _ {2}} { partial c_ {2}}} right) _ {T, P} = { гидроразрыв {1} {c_ {2}}} + { frac {G_ {12} -G_ {22}} {1 + c_ {2} (G_ {22} -G_ {12})}}}

или, альтернативно, относительно мольной доли:

{ displaystyle { frac {1} {kT}} left ({ frac { partial mu _ {2}} { partial chi _ {2}}} right) _ {T, P} = { frac {1} { chi _ {2}}} + { frac {c_ {1} (2G_ {12} -G_ {11} -G_ {22})} {1 + c_ {1} chi _ {2} (G_ {11} + G_ {22} -2G_ {12})}}}

Коэффициент преимущественного взаимодействия

Относительное предпочтение молекулярных частиц сольватироваться (взаимодействовать) с другими молекулярными частицами количественно оценивается с использованием коэффициента предпочтительного взаимодействия, ${ displaystyle Gamma}$ .^[8] Давайте рассмотрим раствор, который состоит из растворителя (воды), растворенного вещества и соколута. Относительное (эффективное) взаимодействие воды с растворенным веществом связано с предпочтительным коэффициентом гидратации, ${ displaystyle Gamma _ {W}}$ , что положительно, если растворенное вещество «предпочтительно гидратировано». В рамках теории Кирквуда-Баффа и в режиме низких концентраций соколутов предпочтительный коэффициент гидратации равен:^[9]

{ displaystyle Gamma _ {W} = M_ {W} left (G_ {WS} -G_ {CS} right)}

куда ${ displaystyle M_ {W}}$ - молярность воды, а W, S и C соответствуют воде, растворенному веществу и абсолютному значению соответственно.

В наиболее общем случае предпочтительная гидратация является функцией KBI растворенного вещества как с растворителем, так и с абсолютом. Однако при очень простых предположениях^[10] и во многих практических примерах^[11] это сводится к:

{ displaystyle Gamma _ {W} = - M_ {W} G_ {CS}}

Итак, единственная функция релевантности - это ${ displaystyle G_ {CS}}$ .

внешняя ссылка

Бен-Наим, А. (2009). Молекулярная теория воды и водных растворов, часть I: понимание воды. World Scientific. п. 629. ISBN 9789812837608.
Ruckenstein, E .; Шульгин, ИЛ. (2009). Термодинамика растворов: от газов до фармацевтики и белков. Springer. п. 346. ISBN 9781441904393.
Linert, W. (2002). Основные моменты взаимодействия растворенного вещества и растворителя. Springer. п. 222. ISBN 978-3-7091-6151-7.

[KirkwoodBuff1951-1] Кирквуд, JG; Бафф, FP. (1951). «Статистическая механическая теория решений. I». J. Chem. Phys. 19 (6): 774–777. Bibcode:1951ЖЧФ..19..774К. Дои:10.1063/1.1748352.

[Newman1994-2] Ньюман, KE (1994). "Теория решений Кирквуда – Баффа: вывод и приложения". Chem. Soc. Rev. 23: 31–40. Дои:10.1039 / CS9942300031.

[Harries2008-3] Харрис, Д; Рёсген, Дж. (2008). «Практическое руководство о том, как осмолиты изменяют макромолекулярные свойства». Биофизические инструменты для биологов: Том 1, методы in vitro. Методы клеточной биологии. 84. Elsevier Academic Press Inc., стр. 679–735. Дои:10.1016 / S0091-679X (07) 84022-2. ISBN 9780123725202. PMID 17964947.

[Weerasinghe2010-4] Weerasinghe, S .; Bae Gee, M .; Канг, М .; Bentenitis, N .; Смит, П. (2010). «Развитие силовых полей из микроскопической структуры растворов: подход Кирквуда-Баффа». Моделирование среды с растворителями: приложения для моделирования биомолекул. Wiley-VCH. С. 55–76. Дои:10.1002 / 9783527629251.ch3. ISBN 9783527629251.

[Pierce2008-5] Pierce, V .; Канг, М .; Aburi, M .; Weerasinghe, S .; Смит, П. (2008). «Недавние применения теории Кирквуда – Баффа к биологическим системам». Cell Biochem Biophys. 50: 1–22. Дои:10.1007 / s12013-007-9005-0. ЧВК 2566781. PMID 18043873.

[BenNaim1977-6] Бен-Наим, А (1977). "Обращение теории растворов Кирквуда-Баффа: приложение к системе вода-этанол". J. Chem. Phys. 67 (11): 4884–4890. Bibcode:1977ЖЧФ..67.4884Б. Дои:10.1063/1.434669.

[Smith2008-7] Смит, П. (2008). «О процедуре обращения Кирквуда – Баффа». J. Chem. Phys. 129 (12): 124509. Bibcode:2008ЖЧФ.129л4509С. Дои:10.1063/1.2982171. ЧВК 2671658. PMID 19045038.

[Parsegian2002-8] Парсегян, В.А. (2002). Взаимодействие белка с водой. Int. Преподобный Цитол. Международный обзор цитологии. 215. С. 1–31. Дои:10.1016 / S0074-7696 (02) 15003-0. ISBN 9780123646194. PMID 11952225.

[Shulgin2005-9] Шульгин, я; Рукенштейн, Э. (2005). "Белковая молекула в водном смешанном растворителе: взгляд теории флуктуации". J. Chem. Phys. 123 (21): 054909. Дои:10.1063/1.2011388.

[COCIS2015-10] Сапир, L; Харрис, Д. (2015). «Является ли сила истощения энтропийной? Молекулярное скопление за пределами стерических взаимодействий». Curr. Мнение. Коллоидный интерфейс Sci. 20: 3–10. Дои:10.1016 / j.cocis.2014.12.003.

[Shimizu2014-11] Симидзу, S; Матубаяси, Н. (2014). «Преимущественное решение: разделяющая поверхность против лишних чисел». J. Phys. Chem. B. 118 (14): 3922–3930. Дои:10.1021 / jp410567c. PMID 24689966.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

Navigation