WikiDer > Список баз данных Drosophila

List of Drosophila databases

Исследования по модельный организм Drosophila melanogaster Этому способствовала разработка ряда онлайн-баз данных для хранения и обработки определенных биологических данных.

DroID

База данных взаимодействий дрозофил (DroID) - это онлайн-база данных Дрозофила генные и белковые взаимодействия.[1] Он был разработан Рассел Л. Финлилаборатория в Медицинский факультет государственного университета Уэйна в 2008 году и финансировалась Национальный институт исследования генома человека, Национальный центр исследовательских ресурсов Национальных институтов здравоохранения, Мичиганский протеомный консорциум и Государственный университет Уэйна.[2][3]

FlyBase

FlyBase это основная онлайн-база данных для ученых, которые работают над Дрозофила.[4] Он содержит данные генома для различных Дрозофила виды, аннотации генов, предсказания функций генов и различные экспериментальные данные, которые могут быть наложены на геном.[5] FlyBase была разработана в 1992 г. Майкл Эшбёрнер на Кембриджский университет, но теперь им управляет консорциум групп из Гарвардский университет, Кембриджский университет, Университет Индианы, а Университет Нью-Мексико.[6][5]

FlyFactorSurvey

FlyFactorSurvey - это база данных Дрозофила факторы транскрипции определяется с использованием бактериальная одногибридная система.[7] Разработан лабораториями Михаил Геннадьевич Бродский и Скот Вулф на Медицинская школа Массачусетского университета в 2011 году и финансировалась Национальный институт исследования генома человека[8]

FlyMine

FlyMine - это база данных транскрипции, экспрессии белков и других данных о белках для Дрозофила и Анофелес разновидность.[9] Первоначально он был разработан Гос Миклемгруппа в Кембриджский университет в 2007.[10] FlyMine в основном финансируется Wellcome Trust, с элементами базы данных, поддерживаемыми Национальный институт исследования генома человека и Совет по исследованиям биотехнологии и биологических наук.[11]

На лету

OnTheFly - это база данных D. melanogaster факторы транскрипции и последовательности ДНК, которые они связывают.[12][13] Разработан лабораторией Барри Хониг в Медицинская школа Колумбийского университета в 2013.[12]

REDfly

REDfly (Regulatory Element Database) - это база данных Дрозофила цис-регуляторные элементы.[14] Разработан лабораторией Марк С. Халфон на Университет Буффало в 2006 г. и финансировалась Национальный фонд науки и Национальный институт общих медицинских наук.[15]

Рекомендации

  1. ^ "DroID - База данных взаимодействий дрозофил". Получено 10 июля 2019.
  2. ^ Ю, Джингкай; Пасифико, Светлана; Лю, Гочжэнь; Финли-младший, Рассел Л. (2008). "DroID: База данных взаимодействий Drosophila, всеобъемлющий ресурс для аннотированных взаимодействий генов и белков". BMC Genomics. 9: 461. Дои:10.1186/1471-2164-9-461. ЧВК 2572628. PMID 18840285.
  3. ^ "О нас". DroID. Получено 10 июля 2019.
  4. ^ Сен-Пьер, Сьюзен; Маккуилтон, Питер (2009). "Внутри Fly Основание: Биологическая документация как карьера ». Летать. 3 (1): 112–114. Дои:10.4161 / fly.3.1.7769. ЧВК 2837272. PMID 19182544.
  5. ^ а б Турмонд, Джим; Goodman, Joshua L .; Стрелец, Виктор Б .; Аттрилл, Хелен; Gramates, L Sian; Мэриголд, Стивен Дж .; Мэтьюз, Беверли Б.; Миллберн, Джиллиан; Антонаццо, Джулия; Тровиско, Витор; Кауфман, Томас С .; Кальви, Брайан Р .; Перримон, Норберт; Гелбарт, Сьюзан Руссо; Агапите, Джули; Бролл, Крис; Кросби, Линн; Сантос, Жилберту дос; Эммерт, Дэвид; Граматес, Л. Сиан; Falls, Кэтлин; Дженкинс, Виктория; Мэтьюз, Беверли; Сазерленд, Кэрол; Табоне, Кристофер; Чжоу, Пинглей; Зыткович, Марк; Браун, Ник; Антонаццо, Джулия; и другие. (2019). "Летать Основание 2.0: Следующее поколение ». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (D1): D759 – D765. Дои:10.1093 / нар / gky1003. ЧВК 6323960. PMID 30364959.
  6. ^ "FlyBase: О нас". Получено 10 июля 2019.
  7. ^ Чжу, Лихуа Джули; Кристенсен Райан Джи; Каземиан Маджид; Халл Кристофер Дж; Энуаме Метево Селасе; Basciotta Matthew D; Брейсфилд Джесси А; Чжу Конг; Асриян Юна; Lapointe David S; Синха Саурабх; Вулф Скот А; Бродский Михаил Н (янв 2011). «FlyFactorSurvey: база данных специфичностей связывания факторов транскрипции дрозофилы, определенных с использованием бактериальной одногибридной системы». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D111-7. Дои:10.1093 / nar / gkq858. ЧВК 3013762. PMID 21097781.
  8. ^ "Домашняя страница FlyFactorSurvey". UMass. Получено 10 июля 2019.
  9. ^ «О FlyMine». 2014-11-17. Получено 10 июля 2019.
  10. ^ Лайн, Рэйчел; Смит, Ричард; Резерфорд, Ким; Уэйклинг, Мэтью; Варлей, Андрей; Гийе, Франсуа; Янссенс, Хильде; Цзи, Вэньян; Макларен, Питер; Север, Филипп; Рана, Дебашис; Райли, Том; Салливан, Джули; Уоткинс, Ксавьер; Вудбридж, Марк; Лилли, Кэтрин; Рассел, Стив; Эшбернер, Майкл; Мидзугути, Кендзи; Миклем, Гос (2007). "Летать Мой: Интегрированная база данных по геномике Drosophila и Anopheles ". Геномная биология. 8 (7): R129. Дои:10.1186 / gb-2007-8-7-r129. ЧВК 2323218. PMID 17615057.
  11. ^ "FlyMine". Получено 10 июля 2019.
  12. ^ а б Шазман, Шула; Ли, Хунджун; Сокол, Яков; Манн, Ричард С .; Хониг, Барри (2014). "На Летать: База данных Дрозофила факторы транскрипции melanogaster и их сайты связывания ". Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D167 – D171. Дои:10.1093 / нар / gkt1165. ЧВК 3965123. PMID 24271386.
  13. ^ "Домашняя страница OnTheFly". Honig Lab. Получено 10 июля 2019.
  14. ^ Ривера, Джон; Keränen, Soile V E; Галло, Стивен М .; Халфон, Марк С. (2019). "REDfly: База данных регуляторных элементов транскрипции для дрозофилы". Исследования нуклеиновых кислот. 47 (D1): D828 – D834. Дои:10.1093 / нар / gky957. ЧВК 6323911. PMID 30329093.
  15. ^ "REDfly о нас". REDfly. Получено 10 июля 2019.