WikiDer > Список секвенированных геномов архей

List of sequenced archaeal genomes

Этот список секвенированных геномов архей содержит все археи известно как общедоступный полный последовательности генома которые были собраны, аннотированы и депонированы в общедоступных базах данных. Methanococcus jannaschii был первым археоном, чей геном был секвенирован в 1996 году.[1]

В настоящее время в этом списке 39 геномов, принадлежащих видам Crenarchaeota, 105 принадлежащих Euryarchaeota, 1 геном, принадлежащий Korarchaeota и Nanoarchaeota, 3, принадлежащих Thaumarchaeota и 1 геном, принадлежащий неклассифицированной архее, всего 150 геномов архей.

Crenarchaeota

Acidilobales

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Ацидилобус сахароворанс345-151,496,0001,547[2]CP0017422010

Desulforococcales

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Aeropyrum перниксK11,669,6952,694[3]NC_000854 (Эталонная последовательность NCBI)1999
Десульфурококк камчатский1221н1,365,0001,521[4]CP0011402009
Гипертермус ButylicusDSM 54561,667,0001,669[5]CP0004932007
Игникокк госпитальКИН4 / И, DSM 183861,297,0001,496[6]CP0008162008
Игнисфаэра агрегатыAQ1.S1, DSM 172301,875,0002,042[7]CP0020982010
Пиролобус фумарии1А, DSM 112041,843,0002,038[8]CP0028382011
Стафилотермус HellenicusP8, DSM 127101,580,0001,716[9]CP0020512011
Стафилотермус МаринусF1, DSM 36391,570,0001,659[10]CP0005752011
Термосфера агрегатыM11TL, DSM 114861,316,0001,457[11]CP0019392010

Sulfolobales

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Ацидиан госпитальW12,137,0002,424[12]CP0025352011
Металлосферы купринаАр-41,840,0002,077[13]CP0026562011
Металлосферы соблазнениеDSM 53482,191,0002,347[14]CP0006822008
Сульфолобус ацидокальдарийDSM 6392,225,9592,223[15]CP0000772005
Сульфолобус IslandicusHVE10 / 42,655,000[16]CP0024262011
Сульфолобус IslandicusL.D.8.52,722,0002,996[17]Хромосома CP001731

Плазмида pLD8501 CP001732

2009
Сульфолобус IslandicusL.S.2.152,736,0003,068[17]CP0013992009
Сульфолобус IslandicusM.14.252,608,0002,900[17]CP0014002009
Сульфолобус IslandicusM.16.272,692,0002,956[17]CP0014012009
Сульфолобус IslandicusM.16.42,586,0002,869[17]CP0014022009
Сульфолобус IslandicusREY15A2,522,000[16]CP0024252011
Сульфолобус IslandicusY.G.57.142,702,0003,079[17]CP0014032009
Сульфолобус IslandicusY.N.15.512,812,0003,318[17]Хромосома CP001404

Плазмида pYN01 CP001405

2009
Сульфолобус IslandicusLAL14 / 12,465,1772,601[18]CP0039282013
Сульфолобус SolfataricusP22,992,2452,995[19]AE0066412001
Сульфолобус Solfataricus98/22,668,0002,728Объединенный институт генома DOECP0018002009
Сульфолобус токодаи72,694,7652,826[20]BA0000232001

Thermoproteales

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Caldivirga maquilingensisIC-1672,077,0002,011Объединенный институт генома DOECP0008522007
Pyrobaculum аэрофилIM22,222,4302,605[21]AE0094412002
Pyrobaculum arsenaticumPZ6, DSM 135142,121,0002,410Объединенный институт генома DOECP0006602007
Pyrobaculum CalidifontisJCM 115482,009,0002,213Объединенный институт генома DOECP0005612007
Pyrobaculum IslandicumDSM 41841,826,0002,063Объединенный институт генома DOECP0005042006
Pyrobaculum sp. 1860 г.Не опубликовано[22]CP0030982011
Термопленка Pendens5 грн.1,781,0001,930[23]Хромосома CP000505

Плазмида pTPEN01 CP000506

2008
Термопротеус нейтрофильныйV24Sta1,769,0002,053Объединенный институт генома DOECP0010142008
Термопротеус TenaxKra11,841,0002,100[24]FN8698592011
Термопротеус uzoniensis768-201,936,0002,229[25]CP0025902011
Вулканисаета дистрибьюторDSM 144292,374,0002,592[26]CP0021002010
Вулканисета Мутновская768-282,298,0002,393[27]CP0025292011

Euryarchaeota

Археоглоби

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Археоглобус фульгидусDSM43042,178,4002,407[28]AE0007821997
Археоглобус veneficusСНП6, DSM 111951,901,0002,194Объединенный институт генома DOECP0025882011
Археоглобус глубокийAv18, DSM 56311,563,0001,911[29]Хромосома CP001857

Плазмида pArcpr01 CP001858

2010
Ферроглобус PlacidusAEDII12DO, DSM 106422,196,0002,622[30]CP0018992011

Галобактерии

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Халалкаликокк JeotgaliB3, DSM 187963,690,0003925[31]Хромосома I CP002062

Плазмида 1 CP002063
Плазмида 2 CP002064
Плазмида 3 CP002065
Плазмида 4 CP002066
Плазмида 5 CP002067
Плазмида 6 CP002068

2010
Haloarcula HispanicaCGMCC 1.20493,484,0003,561[32]Хромосома I CP002921

Хромосома II CP002922
Плазмида pHH400 CP002923

2011
Haloarcula MarismortuiATCC 430493,131,7243,131[33]Хромосома I AY596297

Хромосома II AY596298
Плазмида pNG100 AY596290
Плазмида pNG200 AY596291
Плазмида pNG300 AY596292
Плазмида pNG400 AY596293
Плазмида pNG500 AY596294
Плазмида pNG600 AY596295
Плазмида pNG700 AY596296

2004
Halobacterium salinarumR1, DSM 6712,000,0002,801[34]Хромосома NC_010364

Плазмида PHS1 NC_010366
Плазмида PHS2 NC_010369
Плазмида PHS3 NC_010368
Плазмида PHS4 NC_010367

2008
Галобактерии разновидностьNRC-12,014,2392,058[35]Хромосома NC_002607

Плазмида pNRC100 NC_002607
Плазмида pNRC200 NC_002608

2000
Halobiforma LacisalsiAJ5, JCM 129834,320,0004,682[36]AGFZ000000002011
Галоферакс вулканыDS2[37]Хромосома CP001956

Плазмида pHV1 CP001957
Плазмида pHV2 CP001954
Плазмида pHV3 CP001953
Плазмида pHV4 CP001955

2010
Галогеометрический BorinquensePR3, DSM 115513,920,0004,059[38]Хромосома CP001690

Плазмида pHBOR01 CP001691
Плазмида pHBOR02 CP001692
Плазмида pHBOR03 CP001693
Плазмида pHBOR04 CP001694
Плазмида pHBOR05 CP001695

2009
Галомикробий Mukohataeiarg-2, DSM 122863,332,0003,475[39]Хромосома CP001688

Плазмида pHmuk01 CP001689

2009
Halopiger xanaduensisSH-63,668,0003,685Объединенный институт генома DOEХромосома CP002839

Плазмида pHALXA01 CP002840
Плазмида pHALXA02 CP002841
Плазмида pHALXA03 CP002842

2011 (Хромосома)
Haloquadratum WalsbyiC23, DSM 168543,148,000[40]Хромосома FR746099

Плазмида PL6A FR746101
Плазмида PL6B FR746102
Плазмида PL100 FR746100

2011
Haloquadratum WalsbyiHBSQ001, DSM 167903,132,0002,914[41]Хромосома AM180088

Плазмида PL47 AM180089

2006
Halorhabdus тиаматеаSARL4B3,840,0004,034[42]AFNT000000002011
Halorhabdus utahensisAX-2, DSM 129403116 Кб3076[43]CP0016872009
Halorubrum LacusprofundiATCC 492394,300,0003,725Объединенный институт генома DOEХромосома 1 CP001365

Хромосома 2 CP001366
Плазмида pHLAC01 CP001367

2009 (Хромосомы 1 и 2)
Haloterrigena туркменикаВКМ Б-1734, ДСМ 55115,440,0005,351[44]Хромосома CP001860

Плазмида pHTUR01 CP001861
Плазмида pHTUR02 CP001862
Плазмида pHTUR03 CP001863
Плазмида pHTUR04 CP001864
Плазмида pHTUR05 CP001865
Плазмида pHTUR06 CP001866

2010
Натриальба азиатскаяATCC 700177[45]Опрос2004
Натриальба МагадииATCC 430993,751,0004,364Объединенный институт генома DOECP0019322010
Натрономонады фараонDSM21602,595,2212,675[46]Хромосома CR936257

Плазмида PL131 CR936258
Плазмида PL23 CR936259

2005

Метанобактерии

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Метанобактерии sp. АЛ-212,583,000Объединенный институт генома DOE,
Университет Иллинойса в Урбана-Шампейн		CP0025512011
Метанобактерии sp. ЛЕБЕДЬ-12,546,0002,500Объединенный институт генома DOE,
Univ Illinois в Урбана-Шампейн		CP0027722011
Метанобактерии термоавтотрофикумдельта-Н1,751,3771,869[47]AE0006661997
Метанобревибактер жвачкаM12,937,0002,283[48]CP0017192010
Метанобревибактер кузнецDSM 23751,704,0001,748Вашингтонский университетABYW000000002008
Метанобревибактер кузнецF1, DSM 23741,707,0001,749Вашингтонский университетABYV000000002010
Метанобревибактер кузнецPS, ATCC 350611,853,0001,841[49]CP0006782007
Метанобревибактер кузнецTS94A1,889,0001,808[50]AELU000000002011
Метанобревибактер кузнецTS94B1,886,0001,856[50]AELV000000002011
Метанобревибактер кузнецTS94C1,910,0001,812[50]AELW000000002011
Метанобревибактер кузнецTS95A1,992,0001,961[50]AELX000000002011
Метанобревибактер кузнецTS95B1,972,0001,895[50]AELY000000002011
Метанобревибактер кузнецTS95C1,978,0001,874[50]AELZ000000002011
Метанобревибактер кузнецTS95D2,011,0001,860[50]AEMA000000002011
Метанобревибактер кузнецTS96A1,975,0001,852[50]AEMB000000002011
Метанобревибактер кузнецTS96B1,869,0001,742[50]AEMC000000002011
Метанобревибактер кузнецTS96C1,818,0001,764[50]AEMD000000002011
Метанобревибактер кузнецTS145A1,782,0001,786[50]AEKU000000002011
Метанобревибактер кузнецTS145B1,797,0001,880[50]AELL000000002011
Метанобревибактер кузнецTS146A1,792,0001,823[50]AELM000000002011
Метанобревибактер кузнецTS146B1,794,0001,814[50]AELN000000002011
Метанобревибактер кузнецTS146C1,947,0002,355[50]AELO000000002011
Метанобревибактер кузнецTS146D1,713,0001,693[50]AELP000000002011
Метанобревибактер кузнецTS146E1,952,0001,887[50]AELQ000000002011
Метанобревибактер кузнецTS147A2,008,0001,969[50]AELR000000002011
Метанобревибактер кузнецTS147B1,965,0001,911[50]AELS000000002011
Метанобревибактер кузнецTS147C1,973,0002,014[50]AELT000000002011
Methanosphaera StadtmanaeDSM 30911,767,4031,534[51]CP0001022005
Метанотермобактер marburgensisМарбург DSM 21331,634,0001,806[52]CP0017102010
Метанотермус FervidusV24S, DSM 20881,243,0001,361[53]CP0022782010

Метанококки

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Метанокалдококк пылкиеAG861,485,0001,663Объединенный институт генома DOEХромосома CP001696

Плазмида pMEFER01 CP001697

2009 (Хромосома)
Метанокалдококк инфернусМНЕ1,328,0001,513Объединенный институт генома DOECP0020092010
Метанокалдококк ЯннащийDSM 26611,664,9701,715[54]Хромосома: L77117

Большая плазмида: L77118
Маленькая плазмида: L77119

1996
Метанокалдококк вулканическийM7, DSM 120941,746,0001,808Объединенный институт генома DOEХромосома CP001787

Плазмида pMETVU01 CP001788
Плазмида pMETVU02 CP001789

2009
Метанокалдококк sp. FS406-221,760,0001,893Объединенный институт генома DOEХромосома CP001901

Плазмида pFS01 CP001902

2010 (Хромосома)
Метанококк эоликНанкай-31,569,0001,554Объединенный институт генома DOECP0007432007
Метанококк MaripaludisC51,780,0001,896Объединенный институт генома DOECP0006092007
Метанококк MaripaludisC61,744,0001,874Объединенный институт генома DOECP0008672007
Метанококк MaripaludisC71,772,0001,858Объединенный институт генома DOECP0007452007
Метанококк MaripaludisS21,661,1371,722[55]NC_005791 (Эталонная последовательность NCBI)2004
Метанококк MaripaludisX11,746,0001,892[56]CP0029132011
Метанококк VannieliiSB1,720,0001,755Объединенный институт генома DOECP0007422007
Метанококк вольтыA31,936,0001,768Объединенный институт генома DOECP0020572010
Метанотермококк окинавскийIH11,662,0001,662Объединенный институт генома DOEХромосома CP002792

Плазмида pMETOK01 CP002793

2011 (Хромосома)
Метаноторрис ИгнейКол5, ДСМ 56661,854,0001,843Объединенный институт генома DOECP0027372011

Метаномикробия

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Candidatus Methanoregula boonei6A82,542,0002,518Объединенный институт генома DOE[57]CP0007802007
Метаноцелла sp. Кластер риса I (RC-I)MRE503,179,9163103Последовательность генома,[58] затем таксономическое размещение[59]AM1141932005
Метаноцелла PaludicolaSANAE2,957,6353004[60]AP0115322011
Метаноцелла ConradiiHZ2541,316,3802512[61]CP0032432012
Methanococcoides BurtoniiDSM62422,575,0322,273[62]CP0003002009
Methanocorpusculum labreanumZ1,804,0001,830[63]CP0005592009
Метанокуллеус МариснигриJR1, DSM 14982,478,0002,560[64]CP0005622009
Метаногалобий evestigatumZ-73032,406,2322,254Объединенный институт генома DOE[65]Хромосома: CP002069

Плазмида pMETEV01: CP002070

2010 (Хромосома)
Methanohalophilus махииSLP, DSM 52192,012,0002,095[66]CP0019942010
Метанопланус петролеарийSEBR 4847, DSM 115712,843,0002,881[67]CP0021172011
Methanosalsum ЖилиныWeN5, DSM 40172,138,0002,086CP0021012010
Methanosaeta conciliiГП-63,008,000[68]CP0025652010
Methanosaeta харундинацея6Ac2,559,000[22]CP0031172011
Methanosaeta термофилаPT1,879,0001,785Объединенный институт генома DOECP0004772006
Methanosarcina acetivoransC2A5,751,4924,540[69]AE0102992002
Methanosarcina баркериФусаро, DSM 8044,837,4083,607[70]Хромосома CP000099

Плазмида 1 CP000098

2006 (Хромосома)
Methanosarcina лабиринтGo14,096,3453,371[71]AE0083842002
Methanosphaerula PalustrisE1-9c, DSM 199582,922,0002,859Объединенный институт генома DOECP0013382008
Метаноспириллы HungateiJF-13,544,7383,139Объединенный институт генома DOECP0002542006

Метанопири

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Methanopyrus kandleriAV191,694,9691,691[72]AE0094392002

Термококки

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Пирококк абиссиGE51,765,1181,784[73]NC_000868 (Эталонная последовательность NCBI)2000
Пирококк фуриозDSM 36381,908,2562,065[74]AE0099501999
Пирококк HorikoshiiOT31,738,5052,061[75]NC_000961 (Эталонная последовательность NCBI)1998
Пирококк sp. NA21,861,0001,984[22]CP0026702011
Пирококк ЯносииCH11,716,0001,952[76]CP0027792011
Термококк барофилМП, DSM 118362,010,0002,196[77]CP0023722011
Термококк гамматолераныEJ32,045,0002,206[78]CP0013982009
Термококк kodakaraensisKOD12,088,7372,306[79]AP0068782005
Термококк onnurineusNA11,847,0002,027[80]NC_011529 (Эталонная последовательность NCBI)2008
Термококк сибирскийММ 7391,845,0002,085[81]CP0014632009
Термококк sp. 45572,011,0002,181[82]CP0029202011
Термококк sp. AM42,086,0002,279[83]CP0029522011

Термоплазмы

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Ферроплазма AcidarmanusFer11,865,0001,742[84]AABC000000002007
Пикрофил торридусDSM 97901,545,8951,535[85]AE0172612004
Термоплазма ацидофилDSM 17281,564,9061,478[86]NC_002578 (Эталонная последовательность NCBI)2000
Термоплазма вулканийGSS11,584,8041,526[87]NC_002689 (Эталонная последовательность NCBI)2000

Неклассифицированная эвриархеота

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Ацидулипрофунд BooneiT4691,486,0001,587Объединенный институт генома DOECP0019412010

Корархеота

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Candidatus Korarchaeum cryptofilumOPF81,590,0001,661[88]CP0009682008

Наноархей

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Nanoarchaeum equitansКин4-М490,885536[89]AE0171992003

Таумархеота

Cenarchaeales

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Кенархей симбиозА2,045,0002,066[90]DP0002382006

Nitrosopumilales

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
Candidatus Nitrosoarchaeum limniaSFB11,769,0002,171[91]AEGP000000002011
Nitrosopumilus maritimusSCM11,645,0001,842[92]CP0008662010

Неклассифицированные археи

РазновидностьНапряжениеПар основанийГеныСсылкаGenBank идентификаторГод публикации
галофильный археон sp. DL31Не опубликовано[22]CP0029882011

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Bult CJ, White O, Olsen GJ, Zhou L, Fleischmann RD, Sutton GG, et al. (Август 1996 г.). «Полная последовательность генома метаногенного архея, Methanococcus jannaschii». Наука. 273 (5278): 1058–73. Bibcode:1996Научный ... 273.1058B. Дои:10.1126 / science.273.5278.1058. PMID 8688087. S2CID 41481616.
  2. ^ Марданов А.В., Светличный В.А., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (август 2010). «Последовательность генома кренархея Acidilobus saccharovorans поддерживает новый отряд, Acidilobales, и предполагает важную экологическую роль наземных кислых горячих источников». Прикладная и экологическая микробиология. 76 (16): 5652–7. Дои:10.1128 / AEM.00599-10. ЧВК 2918975. PMID 20581186.
  3. ^ Каварабаяси Ю., Хино Ю., Хорикава Х., Ямадзаки С., Хайкава Ю., Джин-но К. и др. (Апрель 1999 г.). «Полная последовательность генома аэробного гипертермофильного кренархея, Aeropyrum pernix K1». ДНК исследования. 6 (2): 83–101, 145–52. Дои:10.1093 / днарес / 6.2.83. PMID 10382966.
  4. ^ Равин Н.В., Марданов А.В., Белецкий А.В., Кубланов И.В., Колганова Т.В., Лебединский А.В. и др. (Апрель 2009 г.). «Полная последовательность генома анаэробного гипертермофильного кренархея Desulfurococcus kamchatkensis, разлагающего белок». Журнал бактериологии. 191 (7): 2371–9. Дои:10.1128 / JB.01525-08. ЧВК 2655497. PMID 19114480.
  5. ^ Брюггер К., Чен Л., Старк М., Зибат А., Реддер П., Рюпп А. и др. (Май 2007 г.). «Геном Hyperthermus butylicus: серосодержащий, пептидный ферментирующий нейтрофильный Crenarchaeote, растущий до 108 градусов по Цельсию». Археи. 2 (2): 127–35. Дои:10.1155/2007/745987. ЧВК 2686385. PMID 17350933.
  6. ^ Подар М., Андерсон И., Макарова К.С., Элкинс Ю.Г., Иванова Н., Валла М.А. и др. (2008). «Геномный анализ архейной системы Ignicoccus hospitalis-Nanoarchaeum equitans». Геномная биология. 9 (11): R158. Дои:10.1186 / gb-2008-9-11-r158. ЧВК 2614490. PMID 19000309.
  7. ^ Гёкер М., Хельд Б., Лапидус А., Нолан М., Спринг С., Ясавонг М. и др. (Август 2010 г.). «Полная последовательность генома типового штамма Ignisphaera aggregans (AQ1.S1)». Стандарты геномных наук. 3 (1): 66–75. Дои:10.4056 / sigs.1072907. ЧВК 3035270. PMID 21304693.
  8. ^ Андерсон И., Гёкер М., Нолан М., Лукас С., Хэммон Н., Дешпанде С. и др. (Июль 2011 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного штамма хемолитоавтотрофа Pyrolobus fumarii (1A)». Стандарты геномных наук. 4 (3): 381–92. Дои:10.4056 / sigs.2014648. ЧВК 3156397. PMID 21886865.
  9. ^ Андерсон И., Вирт Р., Лукас С., Коупленд А., Лапидус А., Ченг Дж. Ф. и др. (Октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Staphylothermus hellenicus P8». Стандарты геномных наук. 5 (1): 12–20. Дои:10.4056 / sigs.2054696. ЧВК 3236042. PMID 22180806.
  10. ^ Андерсон И. Дж., Дхармараджан Л., Родригес Дж., Хупер С., Порат И., Ульрих Л. Е. и др. (Апрель 2009 г.). «Полная последовательность генома Staphylothermus marinus показывает различия в метаболизме серы среди гетеротрофных Crenarchaeota». BMC Genomics. 10: 145. Дои:10.1186/1471-2164-10-145. ЧВК 2678158. PMID 19341479.
  11. ^ Спринг С., Рэйчел Р., Лапидус А., Давенпорт К., Тайс Н., Коупленд А. и др. (Июнь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Thermosphaera aggregans (M11TL)». Стандарты геномных наук. 2 (3): 245–59. Дои:10.4056 / sigs.821804. ЧВК 3035292. PMID 21304709.
  12. ^ Ю XY, Лю Ц., Ван С.Ю., Цзян Ц.И., Шах С.А., Прангишвили Д. и др. (Июль 2011 г.). «Геномный анализ Acidianus hospitalis W1 хозяина для изучения кренархейного вируса и жизненных циклов плазмид». Экстремофилов. 15 (4): 487–97. Дои:10.1007 / s00792-011-0379-y. ЧВК 3119797. PMID 21607549.
  13. ^ Лю LJ, You XY, Zheng H, Wang S, Jiang CY, Liu SJ (июль 2011 г.). «Полная последовательность генома Metallosphaera cuprina, археона, окисляющего сульфиды металлов, из горячего источника». Журнал бактериологии. 193 (13): 3387–8. Дои:10.1128 / JB.05038-11. ЧВК 3133273. PMID 21551305.
  14. ^ Ауэрник К.С., Маезато Ю., Блюм П.Х., Келли Р.М. (февраль 2008 г.). «Последовательность генома мобилизующей металлы чрезвычайно термоацидофильной археи Metallosphaera sedula дает представление о метаболизме, связанном с биовыщелачиванием». Прикладная и экологическая микробиология. 74 (3): 682–92. Дои:10.1128 / AEM.02019-07. ЧВК 2227735. PMID 18083856.
  15. ^ Чен Л., Брюггер К., Сковгаард М., Реддер П., Ше К., Тораринссон Э. и др. (Июль 2005 г.). «Геном Sulfolobus acidocaldarius, модельного организма Crenarchaeota». Журнал бактериологии. 187 (14): 4992–9. Дои:10.1128 / JB.187.14.4992-4999.2005. ЧВК 1169522. PMID 15995215.
  16. ^ а б Guo L, Brügger K, Liu C, Shah SA, Zheng H, Zhu Y и др. (Апрель 2011 г.). «Анализ генома исландских штаммов Sulfolobus islandicus, модельных организмов для генетических исследований и исследований взаимодействия вируса и хозяина». Журнал бактериологии. 193 (7): 1672–80. Дои:10.1128 / JB.01487-10. ЧВК 3067641. PMID 21278296.
  17. ^ а б c d е ж грамм Рено М.Л., Хелд Н.Л., Филдс С.Дж., Берк П.В., Уитакер Р.Дж. (май 2009 г.). «Биогеография пангенома Sulfolobus islandicus». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 106 (21): 8605–10. Bibcode:2009ПНАС..106.8605Р. Дои:10.1073 / pnas.0808945106. ЧВК 2689034. PMID 19435847.
  18. ^ Jaubert C, Danioux C, Oberto J, Cortez D, Bize A, Krupovic M и др. (Апрель 2013). «Геномика и генетика Sulfolobus islandicus LAL14 / 1, модельного гипертермофильного архея». Открытая биология. 3 (4): 130010. Дои:10.1098 / rsob.130010. ЧВК 3718332. PMID 23594878.
  19. ^ Ше Кью, Сингх Р.К., Конфалониери Ф., Живанович Й., Аллард Дж., Авайез М.Дж. и др. (Июль 2001 г.). «Полный геном кренархея Sulfolobus solfataricus P2». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (14): 7835–40. Bibcode:2001PNAS ... 98.7835S. Дои:10.1073 / pnas.141222098. ЧВК 35428. PMID 11427726.
  20. ^ Каварабаяси Ю., Хино Ю., Хорикава Х., Джин-но К., Такахаши М., Секин М. и др. (Август 2001 г.). «Полная последовательность генома аэробного термоацидофильного кренархея, штамм Sulfolobus tokodaii7». ДНК исследования. 8 (4): 123–40. Дои:10.1093 / днарес / 8.4.123. PMID 11572479.
  21. ^ Фитц-Гиббон ​​С.Т., Ладнер Х., Ким У.Дж., Стеттер К.О., Саймон М.И., Миллер Дж.Х. (январь 2002 г.). «Последовательность генома гипертермофильной кренархеи Pyrobaculum aerophilum». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 99 (2): 984–9. Bibcode:2002ПНАС ... 99..984Ф. Дои:10.1073 / pnas.241636498. ЧВК 117417. PMID 11792869.
  22. ^ а б c d "ЗОЛОТО".
  23. ^ Андерсон I, Родригес Дж., Сусанти Д., Порат I, Райх С., Ульрих Л. Е. и др. (Апрель 2008 г.). «Последовательность генома Thermofilum pendens показывает исключительную потерю биосинтетических путей без редукции генома». Журнал бактериологии. 190 (8): 2957–65. Дои:10.1128 / JB.01949-07. ЧВК 2293246. PMID 18263724.
  24. ^ Зиберс Б., Запарти М., Раддац Г., Тьяден Б., Альберс С.В., Белл С.Д. и др. (2011). «Полная последовательность генома Thermoproteus tenax: физиологически универсального представителя Crenarchaeota». PLOS ONE. 6 (10): e24222. Bibcode:2011PLoSO ... 624222S. Дои:10.1371 / journal.pone.0024222. ЧВК 3189178. PMID 22003381.
  25. ^ Марданов А.В., Гумеров В.М., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (июнь 2011 г.). «Полная последовательность генома термоацидофильной кренархеи Thermoproteus uzoniensis 768-20». Журнал бактериологии. 193 (12): 3156–7. Дои:10.1128 / JB.00409-11. ЧВК 3133184. PMID 21478349.
  26. ^ Мавроматис К., Сикорски Дж., Пабст Э., Тешима Х., Лапидус А., Лукас С. и др. (Сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Vulcanisaeta distributiona (IC-017)». Стандарты геномных наук. 3 (2): 117–25. Дои:10.4056 / sigs.1113067. ЧВК 3035369. PMID 21304741.
  27. ^ Гумеров В.М., Марданов А.В., Белецкий А.В., Прокофьева М.И., Бонч-Осмоловская Е.А., Равин Н.В., Скрябин К.Г. (май 2011 г.). «Полная последовательность генома штамма" Vulcanisaeta moutnovskia "768-28, нового представителя гипертермофильного кренархейного рода Vulcanisaeta». Журнал бактериологии. 193 (9): 2355–6. Дои:10.1128 / JB.00237-11. ЧВК 3133093. PMID 21398550.
  28. ^ Klenk HP, Clayton RA, Tomb JF, White O, Nelson KE, Ketchum KA и др. (Ноябрь 1997 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильной, сульфатредуцирующей археи Archaeoglobus fulgidus». Природа. 390 (6658): 364–70. Bibcode:1997Натура.390..364K. Дои:10.1038/37052. PMID 9389475.
  29. ^ фон Ян М., Лапидус А., Дель Рио Т.Г., Коупленд А., Тайс Н., Ченг Дж. Ф. и др. (Июнь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Archaeoglobus profundus (AV18)». Стандарты геномных наук. 2 (3): 327–46. Дои:10.4056 / сиг.942153. ЧВК 3035285. PMID 21304717.
  30. ^ Андерсон И., Риссо С., Холмс Д., Лукас С., Коупленд А., Лапидус А. и др. (Октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Ferroglobus placidus AEDII12DO». Стандарты геномных наук. 5 (1): 50–60. Дои:10.4056 / sigs.2225018. ЧВК 3236036. PMID 22180810.
  31. ^ Roh SW, Nam YD, Nam SH, Choi SH, Park HS, Bae JW (сентябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома Halalkalicoccus jeotgali B3 (T), чрезвычайно галофильного архея». Журнал бактериологии. 192 (17): 4528–9. Дои:10.1128 / JB.00663-10. ЧВК 2937367. PMID 20601480.
  32. ^ Лю Х., Ву З., Ли М., Чжан Ф., Чжэн Х., Хань Дж. И др. (Ноябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Haloarcula hispanica, модели Haloarchaeon для изучения генетики, метаболизма и взаимодействия вируса с хозяином». Журнал бактериологии. 193 (21): 6086–7. Дои:10.1128 / JB.05953-11. ЧВК 3194904. PMID 21994921.
  33. ^ Балига Н.С., Бонно Р., Фаччиотти М.Т., Пан М., Глусман Г., Дойч Э.В. и др. (Ноябрь 2004 г.). «Последовательность генома Haloarcula marismortui: галофильный археон из Мертвого моря». Геномные исследования. 14 (11): 2221–34. Дои:10.1101 / гр.2700304. ЧВК 525680. PMID 15520287.
  34. ^ Пфайфер Ф., Шустер С.К., Бройхер А., Фалб М., Палм П., Родевальд К. и др. (Апрель 2008 г.). «Эволюция в лаборатории: геном штамма Halobacterium salinarum R1 по сравнению с геномом штамма NRC-1». Геномика. 91 (4): 335–46. Дои:10.1016 / j.ygeno.2008.01.001. PMID 18313895.
  35. ^ Ng WV, Kennedy SP, Mahairas GG, Berquist B, Pan M, Shukla HD, et al. (Октябрь 2000 г.). «Последовательность генома вида Halobacterium NRC-1». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (22): 12176–81. Bibcode:2000ПНАС ... 9712176Н. Дои:10.1073 / пнас.190337797. ЧВК 17314. PMID 11016950.
  36. ^ Цзян Х, Ван С., Ченг Х, Хо И, Чжан Х, Чжу Х и др. (Декабрь 2011 г.). «Последовательность генома Halobiforma lacisalsi AJ5, чрезвычайно галофильной археи, несущей ген bop». Журнал бактериологии. 193 (24): 7023–4. Дои:10.1128 / JB.06282-11. ЧВК 3232858. PMID 22123770.
  37. ^ Хартман А.Л., Нораис С., Барсук Дж. Х., Дельмас С., Халденби С., Мадупу Р. и др. (Март 2010 г.). Фридберг I (ред.). «Полная последовательность генома Haloferax volcanii DS2, модельного архея». PLOS ONE. 5 (3): e9605. Bibcode:2010PLoSO ... 5.9605H. Дои:10.1371 / journal.pone.0009605. ЧВК 2841640. PMID 20333302.
  38. ^ Малфатти С., Тиндалл Б.Дж., Шнайдер С., Фенрих Р., Лапидус А., Лабутти К. и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halogeometricum borinquense (PR3)». Стандарты геномных наук. 1 (2): 150–9. Дои:10.4056 / sigs.23264. ЧВК 3035229. PMID 21304651.
  39. ^ Тиндалл Б.Дж., Шнайдер С., Лапидус А., Коупленд А., Глава Дель Рио Т, ​​Нолан М. и др. (Ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halomicrobium mukohataei (arg-2)». Стандарты геномных наук. 1 (3): 270–7. Дои:10.4056 / сиг.42644. ЧВК 3035239. PMID 21304667.
  40. ^ Дайалл-Смит М.Л., Пфайффер Ф., Клее К., Палм П., Гросс К., Шустер С.К. и др. (2011). «Haloquadratum walsbyi: ограниченное разнообразие в глобальном пруду». PLOS ONE. 6 (6): e20968. Bibcode:2011PLoSO ... 620968D. Дои:10.1371 / journal.pone.0020968. ЧВК 3119063. PMID 21701686.
  41. ^ Bolhuis H, Palm P, Wende A, Falb M, Rampp M, Rodriguez-Valera F и др. (Июль 2006 г.). «Геном квадратного архея Haloquadratum walsbyi: жизнь на пределе активности воды». BMC Genomics. 7: 169. Дои:10.1186/1471-2164-7-169. ЧВК 1544339. PMID 16820047.
  42. ^ Антунес А., Алам I, Баджик В.Б., Стингл У. (сентябрь 2011 г.). «Последовательность генома Halorhabdus tiamatea, первого архея, изолированного из глубоководного бескислородного соляного озера». Журнал бактериологии. 193 (17): 4553–4. Дои:10.1128 / JB.05462-11. ЧВК 3165509. PMID 21705593.
  43. ^ Андерсон И., Тиндалл Б.Дж., Помренке Х., Гёкер М., Лапидус А., Нолан М. и др. (Ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Halorhabdus utahensis (AX-2)». Стандарты геномных наук. 1 (3): 218–25. Дои:10.4056 / sigs.31864. ЧВК 3035240. PMID 21304660.
  44. ^ Сондерс Э., Тиндалл Б.Дж., Фенрих Р., Лапидус А., Коупленд А., Дель Рио Т.Г. и др. (Февраль 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Haloterrigena turkmenica (4k)». Стандарты геномных наук. 2 (1): 107–16. Дои:10.4056 / сиг.681272. ЧВК 3035258. PMID 21304683.
  45. ^ Гу Я.А., Роуч Дж., Глусман Дж., Балига Н.С., Дойч К., Пан М. и др. (Январь 2004 г.). «Низкопроходное секвенирование для сравнительной геномики микробов». BMC Genomics. 5 (1): 3. Дои:10.1186/1471-2164-5-3. ЧВК 331400. PMID 14718067.
  46. ^ Фальб М., Пфайфер Ф., Палм П., Родевальд К., Хикманн В., Титтор Дж., Эстерхельт Д. (октябрь 2005 г.). «Жизнь с двумя крайностями: выводы из последовательности генома Natronomonas pharaonis». Геномные исследования. 15 (10): 1336–43. Дои:10.1101 / гр.3952905. ЧВК 1240075. PMID 16169924.
  47. ^ Smith DR, Doucette-Stamm LA, Deloughery C, Lee H, Dubois J, Aldredge T. и др. (Ноябрь 1997 г.). «Полная последовательность генома Methanobacterium thermoautotrophicum deltaH: функциональный анализ и сравнительная геномика». Журнал бактериологии. 179 (22): 7135–55. Дои:10.1128 / jb.179.22.7135-7155.1997. ЧВК 179657. PMID 9371463.
  48. ^ Лихи С.К., Келли В.Дж., Альтерманн Э., Ронимус Р.С., Йоман С.Дж., Пачеко Д.М. и др. (Январь 2010 г.). «Последовательность генома метаногена Methanobrevibacter ruminantium в рубце открывает новые возможности для контроля выбросов метана от жвачных животных». PLOS ONE. 5 (1): e8926. Bibcode:2010PLoSO ... 5.8926L. Дои:10.1371 / journal.pone.0008926. ЧВК 2812497. PMID 20126622.
  49. ^ Самуэль Б.С., Хансен Е.Е., Манчестер Дж. К., Коутиньо П. М., Хенриссат Б., Фултон Р. и др. (Июнь 2007 г.). «Геномная и метаболическая адаптация Methanobrevibacter smithii к кишечнику человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (25): 10643–8. Bibcode:2007ПНАС..10410643С. Дои:10.1073 / pnas.0704189104. ЧВК 1890564. PMID 17563350.
  50. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т Hansen EE, Lozupone CA, Rey FE, Wu M, Guruge JL, Narra A, et al. (Март 2011 г.). «Пангеном доминирующего кишечно-ассоциированного архея человека, Methanobrevibacter smithii, изучен на близнецах». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 Дополнение 1 (Дополнение 1): 4599–606. Bibcode:2011PNAS..108.4599H. Дои:10.1073 / pnas.1000071108. ЧВК 3063581. PMID 21317366.
  51. ^ Фрике В.Ф., Зеедорф Х., Хенне А., Крюер М., Лизеганг Х., Хеддерих Р. и др. (Январь 2006 г.). «Последовательность генома Methanosphaera stadtmanae показывает, почему кишечная архея человека ограничена метанолом и H2 для образования метана и синтеза АТФ». Журнал бактериологии. 188 (2): 642–58. Дои:10.1128 / JB.188.2.642-658.2006. ЧВК 1347301. PMID 16385054.
  52. ^ Лизеганг Х., Кастер А.К., Визер А., Гёнрих М., Воллхерр А., Зеедорф Х. и др. (Ноябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома Methanothermobacter marburgensis, модельного организма метаноархей». Журнал бактериологии. 192 (21): 5850–1. Дои:10.1128 / JB.00844-10. ЧВК 2953689. PMID 20802048.
  53. ^ Андерсон И., Джао О.Д., Мисра М., Чертков О., Нолан М., Лукас С. и др. (Ноябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Methanothermus fervidus (V24S)». Стандарты геномных наук. 3 (3): 315–24. Дои:10.4056 / sigs.1283367. ЧВК 3035299. PMID 21304736.
  54. ^ Bult CJ, White O, Olsen GJ, Zhou L, Fleischmann RD, Sutton GG, et al. (Август 1996 г.). «Полная последовательность генома метаногенного архея, Methanococcus jannaschii». Наука. 273 (5278): 1058–73. Bibcode:1996Научный ... 273.1058B. Дои:10.1126 / science.273.5278.1058. PMID 8688087. S2CID 41481616.
  55. ^ Хендриксон Э.Л., Каул Р., Чжоу Й., Бови Д., Чапман П., Чанг Дж. И др. (Октябрь 2004 г.). «Полная последовательность генома генетически поддающегося гидрогенотрофу метаногена Methanococcus maripaludis». Журнал бактериологии. 186 (20): 6956–69. Дои:10.1128 / JB.186.20.6956-6969.2004. ЧВК 522202. PMID 15466049.
  56. ^ Ван X, Гринфилд П., Ли Д., Хендри П., Фольк Х., Сазерленд Т. Д. (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома некультивируемого штамма Methanococcus maripaludis, извлеченного при метагеномном исследовании флюидов нефтяных пластов». Журнал бактериологии. 193 (19): 5595. Дои:10.1128 / JB.05835-11. ЧВК 3187424. PMID 21914896.
  57. ^ "Candidatus Methanoregula boonei 6A8". http://genome.jgi-psf.org/metbo/metbo.info.html
  58. ^ Эркель С., Кубе М., Рейнхардт Р., Лизак В. (июль 2006 г.). «Геном архей кластера I риса - основных продуцентов метана в ризосфере риса». Наука. 313 (5785): 370–2. Bibcode:2006Научный ... 313..370E. Дои:10.1126 / science.1127062. PMID 16857943. S2CID 42808519.
  59. ^ Сакаи С., Имачи Х., Ханада С., Охаши А., Харада Х., Камагата Ю. (апрель 2008 г.). "Methanocella paludicola gen. Nov., Sp. Nov., Метан-продуцирующий археон, первый изолят линии передачи 'Rice Cluster I' и предложение нового архейского отряда Methanocellales ord. Nov.". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 58 (Pt 4): 929–36. Дои:10.1099 / ijs.0.65571-0. PMID 18398197.
  60. ^ Сакаи С., Такаки Ю., Шимамура С., Секин М., Таджима Т., Косуги Х. и др. (2011). «Последовательность генома мезофильного гидрогенотрофного метаногена Methanocella paludicola, первого культурного представителя отряда Methanocellales». PLOS ONE. 6 (7): e22898. Bibcode:2011PLoSO ... 622898S. Дои:10.1371 / journal.pone.0022898. ЧВК 3146512. PMID 21829548.
  61. ^ Лю З., Лу И (май 2012 г.). «Полная последовательность генома термофильного метаногена Methanocella conradii HZ254, выделенного из китайской рисовой почвы». Журнал бактериологии. 194 (9): 2398–9. Дои:10.1128 / JB.00207-12. ЧВК 3347084. PMID 22493204.
  62. ^ Аллен М.А., Лауро Ф.М., Уильямс Т.Дж., Бург Д., Сиддики К.С., Де Франциски Д. и др. (Сентябрь 2009 г.). «Последовательность генома психрофильного архея Methanococcoides burtonii: роль эволюции генома в адаптации к холоду». Журнал ISME. 3 (9): 1012–35. Дои:10.1038 / ismej.2009.45. PMID 19404327.
  63. ^ Андерсон И.Дж., Сиеправска-Лупа М., Гольцман Э., Лапидус А, Коупленд А, Глава Дель Рио Т и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома штамма Z Methanocorpusculum labreanum». Стандарты геномных наук. 1 (2): 197–203. Дои:10.4056 / sigs.35575. ЧВК 3035222. PMID 21304657.
  64. ^ Андерсон И.Дж., Сиеправска-Лупа М., Лапидус А., Нолан М., Коупленд А., Главина Дель Рио Т. и др. (Сентябрь 2009 г.). «Полная последовательность генома Methanoculleus marisnigri Romesser et al. 1981, тип штамма JR1». Стандарты геномных наук. 1 (2): 189–96. Дои:10.4056 / sigs.32535. ЧВК 3035220. PMID 21304656.
  65. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2015-06-30. Получено 2012-03-08.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  66. ^ Spring S, Scheuner C, Lapidus A, Lucas S, Glavina Del Rio T, Tice H и др. (Декабрь 2010 г.). «Последовательность генома Methanohalophilus mahii SLP (T) выявляет различия в энергетическом метаболизме среди представителей Methanosarcinaceae, населяющих пресноводную и соленую среду». Археи. 2010: 690737. Дои:10.1155/2010/690737. ЧВК 3017947. PMID 21234345.
  67. ^ Барбер Р.Д., Чжан Л., Харнак М., Олсон М.В., Каул Р., Ингрэм-Смит К., Смит К.С. (июль 2011 г.). «Полная последовательность генома Methanosaeta concilii, специалиста по уксусно-пластическому метаногенезу». Журнал бактериологии. 193 (14): 3668–9. Дои:10.1128 / JB.05031-11. ЧВК 3133334. PMID 21571998.
  68. ^ Brambilla E, Djao OD, Daligault H, Lapidus A, Lucas S, Hammon N, et al. (Октябрь 2010 г.). «Полная последовательность генома штамма типа Methanoplanus petrolearius (SEBR 4847)». Стандарты геномных наук. 3 (2): 203–11. Дои:10.4056 / sigs.1183143 (неактивно 01.09.2020). ЧВК 3035365. PMID 21304750.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на сентябрь 2020 г. (связь)
  69. ^ Галаган Дж. Э., Нусбаум С., Рой А., Эндриззи М. Г., Макдональд П., ФицХью В. и др. (Апрель 2002 г.). «Геном M. acetivorans демонстрирует большое метаболическое и физиологическое разнообразие». Геномные исследования. 12 (4): 532–42. Дои:10.1101 / гр 223902. ЧВК 187521. PMID 11932238.
  70. ^ Мэдер Д.Л., Андерсон И., Бреттин Т.С., Брюс Д.К., Гилна П., Хан С.С. и др. (Ноябрь 2006 г.). «Геном Methanosarcina barkeri: сравнительный анализ с Methanosarcina acetivorans и Methanosarcina mazei показывает обширную перестройку в геномах метаносарцина». Журнал бактериологии. 188 (22): 7922–31. Дои:10.1128 / JB.00810-06. ЧВК 1636319. PMID 16980466.
  71. ^ Деппенмайер У., Иоганн А., Хартч Т., Меркл Р., Шмитц Р.А., Мартинес-Ариас Р. и др. (Июль 2002 г.). «Геном Methanosarcina mazei: доказательства латерального переноса генов между бактериями и археями». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии. 4 (4): 453–61. PMID 12125824.
  72. ^ Слесарев А.И., Межевая К.В., Макарова К.С., Полушин Н.Н., Щербинина О.В., Шахова В.В. и др. (Апрель 2002 г.). «Полный геном гипертермофила Methanopyrus kandleri AV19 и монофилия архейных метаногенов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 99 (7): 4644–9. Bibcode:2002PNAS ... 99.4644S. Дои:10.1073 / pnas.032671499. ЧВК 123701. PMID 11930014.
  73. ^ Гаспин С., Кавай Дж., Эраузо Дж., Bachellerie JP (апрель 2000 г.). «Архейские гомологи метилирования эукариот направляют малые ядрышковые РНК: уроки геномов Pyrococcus». Журнал молекулярной биологии. 297 (4): 895–906. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3593. PMID 10736225.
  74. ^ Мэдер Д.Л., Вайс Р.Б., Данн Д.М., Черри Д.Л., Гонсалес Дж.М., ДиРуджеро Дж., Робб Ф.Т. (август 1999 г.). «Расхождение гипертермофильных архей Pyrococcus furiosus и P. horikoshii, выведенное из полных геномных последовательностей». Генетика. 152 (4): 1299–305. ЧВК 1460691. PMID 10430560.
  75. ^ Каварабаяси Ю., Савада М., Хорикава Х., Хайкава Ю., Хино Ю., Ямамото С. и др. (Апрель 1998 г.). «Полная последовательность и генная организация генома гипертермофильной архебактерии Pyrococcus horikoshii OT3». ДНК исследования. 5 (2): 55–76. Дои:10.1093 / днарес / 5.2.55. PMID 9679194.
  76. ^ Джун X, Люпенг Л., Миньцзюань Х, Огер П., Фэнпин В., Джеббар М., Сян Х (август 2011 г.). «Полная последовательность генома облигатного пьезофильного гипертермофильного архея Pyrococcus yayanosii CH1». Журнал бактериологии. 193 (16): 4297–8. Дои:10.1128 / JB.05345-11. ЧВК 3147706. PMID 21705594.
  77. ^ Ванниер П., Мартейнссон В.Т., Фридйонссон О.Н., Огер П., Джеббар М. (март 2011 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного, пьезофильного, гетеротрофного и карбоксидотрофного архея Thermococcus barophilus MP». Журнал бактериологии. 193 (6): 1481–2. Дои:10.1128 / JB.01490-10. ЧВК 3067617. PMID 21217005.
  78. ^ Zivanovic Y, Armengaud J, Lagorce A, Leplat C, Guérin P, Dutertre M, et al. (2009). «Геномный анализ и полногеномная протеомика Thermococcus gammatolerans, самого радиоустойчивого организма, известного среди архей». Геномная биология. 10 (6): R70. Дои:10.1186 / gb-2009-10-6-r70. ЧВК 2718504. PMID 19558674.
  79. ^ Фукуи Т., Атоми Х., Канаи Т., Мацуми Р., Фудзивара С., Иманака Т. (март 2005 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного архея Thermococcus kodakaraensis KOD1 и сравнение с геномами Pyrococcus». Геномные исследования. 15 (3): 352–63. Дои:10.1101 / гр.3003105. ЧВК 551561. PMID 15710748.
  80. ^ Ли Х.С., Кан С.Г., Бэ С.С., Лим Дж. К., Чо Й., Ким Й. Дж. И др. (Ноябрь 2008 г.). «Полная последовательность генома Thermococcus onnurineus NA1 показывает смешанный гетеротрофный и карбоксидотрофный метаболизм». Журнал бактериологии. 190 (22): 7491–9. Дои:10.1128 / JB.00746-08. ЧВК 2576655. PMID 18790866.
  81. ^ Марданов А.В., Равин Н.В., Светличный В.А., Белецкий А.В., Мирошниченко М.Л., Бонч-Осмоловская Е.А., Скрябин К.Г. (июль 2009 г.). «Метаболическая разносторонность и местное происхождение архея Thermococcus sibiricus, выделенного из сибирского нефтяного резервуара, как показал анализ генома». Прикладная и экологическая микробиология. 75 (13): 4580–8. Дои:10.1128 / AEM.00718-09. ЧВК 2704819. PMID 19447963.
  82. ^ Ван Х, Гао З., Сюй Х, Жуань Л. (октябрь 2011 г.). «Полная последовательность генома Thermococcus sp. Штамма 4557, гипертермофильного архея, выделенного из глубоководного гидротермального источника». Журнал бактериологии. 193 (19): 5544–5. Дои:10.1128 / JB.05851-11. ЧВК 3187469. PMID 21914870.
  83. ^ Огер П., Соколова Т.Г., Кожевникова Д.А., Черных Н.А., Бартлетт Д.Х., Бонч-Осмоловская Е.А., Лебединский А.В. (декабрь 2011 г.). «Полная последовательность генома гипертермофильного штамма AM4 архей Thermococcus sp., Способного к органотрофному росту и росту за счет гидрогеногенного или сульфидогенного окисления монооксида углерода». Журнал бактериологии. 193 (24): 7019–20. Дои:10.1128 / JB.06259-11. ЧВК 3232831. PMID 22123768.
  84. ^ Аллен Э. Э., Тайсон Г. В., Уитакер Р. Дж., Деттер Дж. К., Ричардсон П. М., Банфилд Дж. Ф. (февраль 2007 г.). «Динамика генома в естественной популяции архей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (6): 1883–8. Bibcode:2007ПНАС..104.1883А. Дои:10.1073 / pnas.0604851104. ЧВК 1794283. PMID 17267615.
  85. ^ Фюттерер О., Ангелов А., Лизеганг Х., Готтшалк Г., Шлепер С., Шеперс Б. и др. (Июнь 2004 г.). «Последовательность генома Picrophilus torridus и ее значение для жизни при pH около 0». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (24): 9091–6. Bibcode:2004PNAS..101.9091F. Дои:10.1073 / pnas.0401356101. ЧВК 428478. PMID 15184674.
  86. ^ Ruepp A, Graml W., Santos-Martinez ML, Koretke KK, Volker C, Mewes HW и др. (Сентябрь 2000 г.). «Последовательность генома термоацидофильного скавенджера Thermoplasma acidophilum». Природа. 407 (6803): 508–13. Bibcode:2000Натура.407..508р. Дои:10.1038/35035069. PMID 11029001.
  87. ^ Кавасима Т., Амано Н., Коике Х, Макино С., Хигучи С., Кавасима-Охя Й и др. (Декабрь 2000 г.). «Адаптация архей к более высоким температурам, выявленная геномной последовательностью вулкана Thermoplasma». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (26): 14257–62. Bibcode:2000PNAS ... 9714257K. Дои:10.1073 / pnas.97.26.14257. ЧВК 18905. PMID 11121031.
  88. ^ Элкинс Дж. Г., Подар М., Грэм Д. Е., Макарова К. С., Вольф Ю., Рандау Л. и др. (Июнь 2008 г.). «Геном корархей раскрывает понимание эволюции архей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 105 (23): 8102–7. Bibcode:2008PNAS..105.8102E. Дои:10.1073 / pnas.0801980105. ЧВК 2430366. PMID 18535141.
  89. ^ Waters E, Hohn MJ, Ahel I., Graham DE, Adams MD, Barnstead M, et al. (Октябрь 2003 г.). «Геном Nanoarchaeum equitans: понимание ранней эволюции архей и производного паразитизма». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 100 (22): 12984–8. Bibcode:2003PNAS..10012984W. Дои:10.1073 / pnas.1735403100. ЧВК 240731. PMID 14566062.
  90. ^ Hallam SJ, Konstantinidis KT, Putnam N, Schleper C, Watanabe Y, Sugahara J, et al. (Ноябрь 2006 г.). «Геномный анализ некультивируемых морских кренархеотов Cenarchaeum symbiosum». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (48): 18296–301. Bibcode:2006PNAS..10318296H. Дои:10.1073 / pnas.0608549103. ЧВК 1643844. PMID 17114289.
  91. ^ Blainey PC, Mosier AC, Potanina A, Francis CA, Quake SR (февраль 2011 г.). «Геном низкосоленого архея, окисляющего аммиак, определенный одноклеточным и метагеномным анализом». PLOS ONE. 6 (2): e16626. Bibcode:2011PLoSO ... 616626B. Дои:10.1371 / journal.pone.0016626. ЧВК 3043068. PMID 21364937.
  92. ^ Уокер CB, де ла Торре JR, Klotz MG, Urakawa H, Pinel N, Arp DJ и др. (Май 2010 г.). «Геном Nitrosopumilus maritimus раскрывает уникальные механизмы нитрификации и аутотрофии в глобально распространенных морских кренархиях». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 107 (19): 8818–23. Bibcode:2010PNAS..107.8818W. Дои:10.1073 / pnas.0913533107. ЧВК 2889351. PMID 20421470.

внешняя ссылка