WikiDer > База данных микроРНК и микроРНК-мишеней

MicroRNA and microRNA target database

Этот микроРНК базы данных и базы данных мишеней микроРНК представляет собой сборник баз данных, веб-порталов и серверов, используемых для микроРНК и их цели. МикроРНК (miRNA) представляют собой важный класс малых некодирующих РНК (ncRNAs), которые регулируют экспрессию генов, воздействуя на информационные РНК.[1]

базы данных генов-мишеней микроРНК

ИмяОписаниетипСвязьРекомендации
StarBasestarBase предназначен для декодирования miRNA-днРНК, миРНК-мРНК, миРНК-circRNA, miRNA-псевдоген, miRNA-sncRNA, белок-днРНК, взаимодействия белок-sncRNA, белок-мРНК и белок-псевдоген и цРНК сети из 108 наборов данных CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH). Он также предоставляет Пан-рак анализ для микроРНК, днРНК, циркуРНК и генов, кодирующих белок из 6000 образцов опухолей.база данныхинтернет сайт[2][3]
StarScanStarScan разработан для сканирования событий расщепления РНК, опосредованных малой РНК (miRNA, piRNA, siRNA), в lncRNA, circRNA, мРНК и псевдогенах на основе данных секвенирования деградома.веб-программное обеспечениеинтернет сайт[4]
АмурАмур - это способ одновременное предсказание взаимодействий miRNA-мишень и их опосредованных взаимодействий конкурирующих эндогенных РНК (ceRNA). Это интегративный подход, который значительно улучшает точность прогнозирования мишени миРНК, что оценивается с помощью измерений уровня мРНК и белка в линиях клеток рака молочной железы. Cupid реализуется в 3 этапа: Этап 1: переоценить сайты связывания кандидатов miRNA в 3 'UTR. Шаг 2: взаимодействия прогнозируются путем интеграции информации о выбранных сайтах и ​​статистической зависимости между профилями экспрессии miRNA и предполагаемыми мишенями. Шаг 3: Купидон оценивает, конкурируют ли предполагаемые мишени за предсказанные регуляторы miRNA. * Предоставляется только исходный код для шага 3.программное обеспечение (MATLAB)интернет сайт[5]
TargetScanПредсказывает биологические мишени miRNA путем поиска сайтов, которые соответствуют затравочной области каждой miRNA. Для мух и нематод прогнозы ранжируются на основе вероятности их эволюционного сохранения. У рыбок данио прогнозы ранжируются на основе номера сайта, типа сайта и контекста сайта, который включает факторы, влияющие на доступность целевого сайта. Что касается млекопитающих, пользователь может выбрать, следует ли ранжировать прогнозы на основе вероятности их сохранения или на основе номера, типа и контекста участка. Для млекопитающих и нематод пользователь может расширить прогнозы за пределы сохраняемых участков и рассмотреть все участки.база данных, веб-серверинтернет сайт[6][7][8][9][10][11]
TarBaseПолная база данных экспериментально подтвержденных мишеней микроРНК животныхбаза данныхинтернет сайт[12]
Диана-МикроТDIANA-microT 3.0 - это алгоритм, основанный на нескольких параметрах, рассчитываемых индивидуально для каждой микроРНК, и он объединяет консервативные и неконсервативные элементы распознавания микроРНК в окончательную оценку прогноза.веб сервервеб сервер[13]
miRecordsинтегрированный ресурс для взаимодействий микроРНК-мишени.база данныхинтернет сайт[14]
PicTarPicTar - это комбинаторные прогнозы мишеней микроРНК.база данных, веб-сервер, прогнозыинтернет сайт[15]
PITAPITA включает в себя роль доступности сайта-мишени, определяемую взаимодействиями спаривания оснований внутри мРНК, в распознавании мишени микроРНК.веб-сервер, прогнозыпредсказания[16]
RepTarБаза данных предсказаний обратных мишеней miRNA, основанная на алгоритме RepTar, который не зависит от эволюционных соображений сохранения и не ограничивается сайтами спаривания семян.база данныхинтернет сайт[17]
РНК22Первая ссылка (предсказания) обеспечивает предсказания RNA22 для всех транскриптов, кодирующих белок, у человека, мыши, аскариды и плодовой мухи. Это позволяет вам визуализировать прогнозы на карте кДНК, а также находить транскрипты, в которых нацелены несколько представляющих интерес miR. Вторая ссылка на веб-сайт (настраиваемая) сначала находит предполагаемые сайты связывания микроРНК в интересующей последовательности, а затем идентифицирует целевую микроРНК.веб-сервер, прогнозыпредсказания обычай[18]
miRTarBaseЭкспериментально подтвержденная база данных взаимодействий микроРНК-мишень. В качестве базы данных miRTarBase накопила более трехсот шестидесяти тысяч взаимодействий миРНК-мишени (MTI), которые собираются путем ручного обзора соответствующей литературы после НЛП текста систематически для фильтрации исследовательских статей, связанных с функциональными исследованиями миРНК. Обычно собранные MTI подтверждаются экспериментально с помощью репортерного анализа, вестерн-блоттинга, микрочипов и экспериментов по секвенированию следующего поколения. Несмотря на то, что miRTarBase содержит наибольшее количество проверенных MTI, она обеспечивает самую обновленную коллекцию по сравнению с другими подобными ранее разработанными базами данных.база данныхинтернет сайт[19][20][21][22]
miRwalkОбобщает и сравнивает результаты из других баз данных miRNA-to-mRNAбаза данных, веб-сервер[1][23]
MBSTARПодход с множеством экземпляров для определения истинных или функциональных сайтов связывания микроРНК.веб-сервер, прогнозыпредсказания[24]
.

базы данных микроРНК

ИмяОписаниетипСвязьРекомендации
deepBasedeepBase - это база данных для аннотирования и обнаружения малых и длинных нкРНК (микроРНК, миРНК, пиРНК ...) с высокой пропускной способностью. глубокое секвенирование данные.база данныхинтернет сайт[25]
miRBaseБаза данных miRBase - это база данных с возможностью поиска опубликованных последовательностей и аннотаций miRNA.база данныхинтернет сайт[26]
microRNA.orgmicroRNA.org - это база данных экспериментально наблюдаемых паттернов экспрессии микроРНК и прогнозируемых целей микроРНК и показателей их подавления.база данныхинтернет сайт[27]
miRGen 2.0miRGen 2.0: база данных геномной информации и регуляции микроРНКбаза данныхинтернет сайт[28]
miRNAMapmiRNAMap: геномные карты генов микроРНК и их генов-мишеней в геномах млекопитающихбаза данныхинтернет сайт[29]
PMRDPMRD: база данных микроРНК растенийбаза данныхинтернет сайт[30]
TargetScanTargetScan7.0 классифицирует микроРНК в соответствии с их уровнем консервации (то есть видоспецифичными, консервативными у млекопитающих или широко консервативными у позвоночных) и объединяет их в семейства на основе их семенной последовательности. Он также аннотирует сохраненные изомиры с использованием небольших наборов данных секвенирования РНК.[10]база данныхинтернет сайт[10]
ВИРмиРНКВИРмиРНК это первый специализированный ресурс по экспериментальным вирусная миРНК и их цели. Этот ресурс также предоставляет исчерпывающие знания об антивирусных miRNA, которые, как известно, играют роль в противовирусном иммунитете хозяина.База данныхинтернет сайт[31]

Рекомендации

  1. ^ Бартель, Д. П. (2009). «МикроРНК: распознавание мишеней и регуляторные функции». Клетка. 136 (2): 215–233. Дои:10.1016 / j.cell.2009.01.002. ЧВК 3794896. PMID 19167326.
  2. ^ Yang, J. -H .; Li, J. -H .; Shao, P .; Чжоу, H .; Chen, Y. -Q .; Qu, L. -H. (2010). «StarBase: база данных для изучения карт взаимодействия микроРНК-мРНК из данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Проблема с базой данных): D202 – D209. Дои:10.1093 / nar / gkq1056. ЧВК 3013664. PMID 21037263.
  3. ^ Ли, JH; Лю, S; Чжоу, H; Qu, LH; Ян, Дж. Х. (1 января 2014 г.). «starBase v2.0: расшифровка сетей взаимодействия miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA и белок-РНК из крупномасштабных данных CLIP-Seq». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (1): D92-7. Дои:10.1093 / nar / gkt1248. ЧВК 3964941. PMID 24297251.
  4. ^ Лю, S; Ли, JH; Ву, Дж; Чжоу, КР; Чжоу, H; Ян, JH; Ку, LH (18 мая 2015 г.). «StarScan: веб-сервер для сканирования малых РНК-мишеней по данным секвенирования деградома». Исследования нуклеиновых кислот. 43: W480-6. Дои:10.1093 / нар / gkv524. ЧВК 4489260. PMID 25990732.
  5. ^ Чиу, Хуа-Шэн; Льобет-Навас, Давид; Ян, Сюэруй; Чунг, Вей-Джен; Амбези-Импиомбато, Альберто; Айер, Арчана; Ким, Хёнджэ «Райан»; Севиур, Елена Г .; Ло, Цзыцзюнь; Сегал, Васудха; Мосс, Тайлер; Лу, Илин; Рам, Прахлад; Сильва, Хосе; Миллс, Гордон Б .; Калифано, Андреа; Сумазин, Павел (февраль 2015). «Амур: одновременная реконструкция сетей микроРНК-мишень и цеРНК». Геномные исследования. 25 (2): 257–67. Дои:10.1101 / гр.178194.114. ЧВК 4315299. PMID 25378249.
  6. ^ Льюис, ВР; Burge CB; Бартель Д.П. (14 января 2005 г.). «Консервативное спаривание семян, часто фланкированное аденозинами, указывает на то, что тысячи человеческих генов являются мишенями для микроРНК». Клетка. 120 (1): 15–20. Дои:10.1016 / j.cell.2004.12.035. PMID 15652477.
  7. ^ Гримсон, А; Фарх, К.К .; Johnston, WK; Гаррет-Энджеле, П; Lim, LP; Бартель, Д.П. (6 июля 2007 г.). «Специфичность нацеливания микроРНК у млекопитающих: детерминанты, выходящие за рамки спаривания семян». Молекулярная клетка. 27 (1): 91–105. Дои:10.1016 / j.molcel.2007.06.017. ЧВК 3800283. PMID 17612493.
  8. ^ Фридман, Р. К.; Фарх, К.К .; Бердж, CB; Бартель, Д.П. (январь 2009 г.). «Большинство мРНК млекопитающих являются консервативными мишенями для микроРНК». Геномные исследования. 19 (1): 92–105. Дои:10.1101 / гр.082701.108. ЧВК 2612969. PMID 18955434.
  9. ^ Гарсия, DM; Baek, D; Шин, C; Белл, GW; Гримсон, А; Бартель, Д.П. (11 сентября 2011 г.). «Слабая стабильность спаривания семян и высокое изобилие сайтов-мишеней снижают эффективность lsy-6 и других микроРНК» (PDF). Структурная и молекулярная биология природы. 18 (10): 1139–46. Дои:10.1038 / nsmb.2115. ЧВК 3190056. PMID 21909094.
  10. ^ а б c Агарвал, Викрам; Белл, Джордж В .; Нам, Джин-Ву; Бартель, Дэвид П. (2015-08-12). «Предсказание эффективных сайтов-мишеней микроРНК в мРНК млекопитающих». eLife. 4: e05005. Дои:10.7554 / eLife.05005. ISSN 2050-084X. ЧВК 4532895. PMID 26267216. Архивировано из оригинал на 2015-08-27.
  11. ^ Agarwal, V; Субтельный, АО; Thiru, P; Улицкий, я; Бартель, Д.П. (4 октября 2018 г.). «Прогнозирование эффективности нацеливания на микроРНК у дрозофилы». Биология генома. 19 (1): 152. Дои:10.1186 / s13059-018-1504-3. ЧВК 6172730. PMID 30286781.
  12. ^ Сетупати П., Корда Б., Хатцигеоргиу А.Г. (2006). «TarBase: обширная база данных экспериментально подтвержденных мишеней микроРНК животных». РНК. 12 (2): 192–197. Дои:10.1261 / rna.2239606. ЧВК 1370898. PMID 16373484.
  13. ^ Maragkakis M, Alexiou P, Papadopoulos GL, Reczko M, Dalamagas T, Giannopoulos G, Goumas G, Koukis E, Kourtis K, Simossis VA, Sethupathy P, Vergoulis T, Koziris N, Sellis AG, Tsanakas P, Hatzorgi, 2009) . «Точное предсказание цели микроРНК коррелирует с уровнями репрессии белка». BMC Bioinformatics. 10: 295. Дои:10.1186/1471-2105-10-295. ЧВК 2752464. PMID 19765283.
  14. ^ Сяо Ф, Цзо З, Цай Г, Кан С., Гао Х, Ли Т. (2009). «miRecords: интегрированный ресурс для взаимодействий микроРНК-мишень». Нуклеиновые кислоты Res. 37 (Проблема с базой данных): D105-110. Дои:10.1093 / nar / gkn851. ЧВК 2686554. PMID 18996891.
  15. ^ Крек А., Грюн Д., Пой М.Н., Вольф Р., Розенберг Л., Эпштейн Е.Дж., МакМенамин П., да Пьедаде И., Гунсалус К.С., Стоффель М., Раевский Н. (2005). «Комбинаторные прогнозы мишеней микроРНК». Нат Жене. 37 (5): 495–500. Дои:10,1038 / ng1536. PMID 15806104.
  16. ^ Кертес М., Иовино Н., Аннерстолл U, Галла U, Сигал Э (2007). «Роль доступности сайта в распознавании мишени микроРНК». Нат Жене. 39 (10): 1278–84. Дои:10,1038 / ng2135. PMID 17893677.
  17. ^ Элефант, Наама; Бергер Амнон; Шеин Харель; Хофри Матан; Маргалит Хана; Алтувия Яэль (январь 2011 г.). «RepTar: база данных прогнозируемых клеточных мишеней миРНК хозяина и вирусов». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 39 (Выпуск базы данных): D188-94. Дои:10.1093 / nar / gkq1233. ЧВК 3013742. PMID 21149264.
  18. ^ Miranda KC, Huynh T., Tay Y, Ang YS, Tam WL, Thomson AM, Lim B, Rigoutsos I (2006). «Метод на основе шаблонов для идентификации сайтов связывания MicroRNA и их соответствующих гетеродуплексов» (PDF). Клетка. 126 (6): 1203–17. Дои:10.1016 / j.cell.2006.07.031. PMID 16990141.
  19. ^ Хсу С.Д., Линь FM, Ву Вайоминг, Лян Ц., Хуанг В.Л., Чан У.Л., Цай У.Т., Чен ГЗ, Ли СиДжей, Чиу С.М., Чиен Ч., Ву МС, Хуанг Ц.Й., Цзоу А.П., Хуанг HD (2011). «miRTarBase: база данных курирует экспериментально подтвержденные взаимодействия микроРНК-мишень». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Проблема с базой данных): D163-9. Дои:10.1093 / nar / gkq1107. ЧВК 3013699. PMID 21071411.
  20. ^ Hsu SD, Tseng YT, Shrestha S, Lin YL, Khaleel A, Chou CH, Chu CF, Huang HY, Lin CM, Ho SY, Jian TY, Lin FM, Chang TH, Weng SL, Liao KW, Liao IE, Liu CC , Хуанг HD (2014). «Обновление miRTarBase 2014: информационный ресурс для экспериментально подтвержденных взаимодействий miRNA-мишень». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D78-85. Дои:10.1093 / нар / gkt1266. ЧВК 3965058. PMID 24304892.
  21. ^ Chou CH, Chang NW, Shrestha S, Hsu SD, Lin YL, Lee WH, Yang CD, Hong HC, Wei TY, Tu SJ, Tsai TR, Ho SY, Jian TY, Wu HY, Chen PR, Lin NC, Huang HT , Ян Т.Л., Пай CY, Тай С.С., Чен В.Л., Хуан С.Й., Лю С.К., Вен С.Л., Ляо К.В., Сюй В.Л., Хуанг HD (2016). «miRTarBase 2016: обновления экспериментально подтвержденной базы данных взаимодействий miRNA-мишень». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (Выпуск базы данных): D239-47. Дои:10.1093 / нар / gkv1258. ЧВК 4702890. PMID 26590260.
  22. ^ Chou CH, Shrestha S, Yang CD, Chang NW, Lin YL, Liao KW, Huang WC, Sun TH, Tu SJ, Lee WH, Chiew MY, Tai CS, Wei TY, Tsai TR, Huang HT, Wang CY, Wu HY , Хо С.Ю., Чен П.Р., Чжуан С.Х., Се П.Дж., Ву Й.С., Чен В.Л., Ли М.Дж., Ву Ю.К., Хуан С.Ю., Нг Флорида, Буддакосай В. Huang PC, Лан К.С., Хуанг С.Й., Вен С.Л., Ченг Ю.Н., Лян Ц., Сюй В.Л., Хуанг HD (2018). «Обновление miRTarBase 2018: ресурс для экспериментально подтвержденных взаимодействий микроРНК-мишень». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (Проблема с базой данных): D296-302. Дои:10.1093 / nar / gkt1266. ЧВК 5753222. PMID 29126174.
  23. ^ Двип Х., Стихт С., Панди П., Гретц Н. (2011). «База данных miRWalk: прогноз возможных сайтов связывания miRNA путем« прогулок »по генам трех геномов». JBI. 44 (5): 839–47. Дои:10.1016 / j.jbi.2011.05.002. PMID 21605702.
  24. ^ Bandyopadhyay S, Ghosh D, Mitra R, Zhao Z (2015). «MBSTAR: множественное обучение для предсказания конкретных функциональных сайтов связывания в мишенях микроРНК». Sci. Представитель. 5: 8004. Bibcode:2015НатСР ... 5Э8004Б. Дои:10.1038 / srep08004. ЧВК 4648438. PMID 25614300.
  25. ^ Ян Дж.Х., Шао П., Чжоу Х., Чен Ю.К., Цюй Л.Х. (2010). "deepBase: база данных для глубокого аннотирования и анализа данных глубокого секвенирования". Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D123-130. Дои:10.1093 / nar / gkp943. ЧВК 2808990. PMID 19966272.
  26. ^ Гриффитс-Джонс С., Сайни Х. К., ван Донген С., Энрайт А. Дж. (2008). «miRBase: инструменты для геномики микроРНК». Нуклеиновые кислоты Res. 36: D154 – D158. Дои:10.1093 / нар / гкм952. ЧВК 2238936. PMID 17991681.
  27. ^ Бетель Д., Уилсон М., Габоу А., Маркс Д. С., Сандер С. (2007). «Ресурс microRNA.org: цели и выражение». Нуклеиновые кислоты Res. 36 (Выпуск базы данных): D149-153. Дои:10.1093 / нар / гкм995. ЧВК 2238905. PMID 18158296.
  28. ^ Алексиу П., Вергулис Т., Гледицш М., Прекас Г., Даламагас Т., Мегроу М., Гросс И., Селлис Т., Хатцигеоргиу А.Г. (2010). «miRGen 2.0: база данных геномной информации и регуляции микроРНК». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D137-41. Дои:10.1093 / nar / gkp888. ЧВК 2808909. PMID 19850714.
  29. ^ Hsu PW, Huang HD, Hsu SD, Lin LZ, Tsou AP, Tseng CP, Stadler PF, Washietl S, Hofacker IL (2006). «miRNAMap: геномные карты генов микроРНК и их генов-мишеней в геномах млекопитающих». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D135-139. Дои:10.1093 / нар / gkj135. ЧВК 1347497. PMID 16381831.
  30. ^ Чжан З, Ю Дж, Ли Д, Чжан З, Лю Ф, Чжоу Х, Ван Т, Лин Ю, Су З (2010). «PMRD: база данных микроРНК растений». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Проблема с базой данных): D806-813. Дои:10.1093 / нар / gkp818. ЧВК 2808885. PMID 19808935.
  31. ^ Куреши, Абид; Тхакур, Нишант; Монга, Иша; Тхакур, Анамика; Кумар, Манодж (01.01.2014). «VIRmiRNA: исчерпывающий ресурс для экспериментально подтвержденных вирусных miRNA и их мишеней». База данных: журнал биологических баз данных и курирования. 2014: bau103. Дои:10.1093 / база данных / bau103. ISSN 1758-0463. ЧВК 4224276. PMID 25380780.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка