WikiDer > Спектроскопия ядерного магнитного резонанса углеводов

Nuclear magnetic resonance spectroscopy of carbohydrates

Углеводная ЯМР-спектроскопия это применение ядерный магнитный резонанс (ЯМР) спектроскопия для структурного и конформационного анализа углеводы. Этот метод позволяет ученым выяснить структуру моносахариды, олигосахариды, полисахариды, гликоконъюгаты и другие производные углеводов из синтетических и природных источников. К структурным свойствам, которые можно определить с помощью ЯМР, относятся первичная структура (включая стереохимию), конформацию сахарида, стехиометрию заместителей и соотношение отдельных сахаридов в смеси. Современные приборы ЯМР с высоким полем, используемые для образцов углеводов, обычно 500 МГц или выше, могут проводить ряд одномерных, двухмерных и трехмерных экспериментов для определения структуры углеводных соединений.

Основная статья: Ядерный магнитный резонанс

Наблюдаемые углеродным ЯМР

Химический сдвиг

Основная статья: химический сдвиг

Общие диапазоны химического сдвига ядер в углеводных остатках:

  • Типичный 1Химические сдвиги H ЯМР протонов углеводного цикла составляют 3–6 м.д. (4,5–5,5 м.д. для аномерных протонов).
  • Типичный 13Химические сдвиги углеродных атомов углерода в цикле ЯМР 13С составляют 60–110 м.д.

В случае простых моно- и олигосахаридных молекул все сигналы протонов обычно отделены друг от друга (обычно на ЯМР 500 МГц или лучше) и могут быть отнесены только с использованием 1D ЯМР-спектра. Однако более крупные молекулы демонстрируют значительное перекрытие сигналов протонов, особенно в неаномерной области (3-4 ppm). ЯМР углерода-13 преодолевает этот недостаток за счет более широкого диапазона химических сдвигов и специальных методов, позволяющих блокировать спиновое взаимодействие углерод-протон, тем самым делая все сигналы углерода высокими и узкими синглетами, отличимыми друг от друга.

Типичные диапазоны химических сдвигов конкретных углеводных углеродов в незамещенных моносахаридах:

  • Аномерные атомы углерода: 90-100 частей на миллион
  • Углероды сахарного кольца, несущие гидроксильную функцию: 68-77
  • Сахарный углерод с открытой формой, несущий гидроксильную функцию: 71-75
  • Углероды сахарного кольца с аминогруппой: 50-56
  • Экзоциклические гидроксиметильные группы: 60-64
  • Экзоциклические карбоксильные группы: 172-176
  • Дезоксигенированные углеродные кольца сахара: 31-40
  • Углерод при замыкании пиранозного кольца: 71-73 (α-аномеры), 74-76 (β-аномеры)
  • Углерод при замыкании фуранозного кольца: 80-83 (α-аномеры), 83-86 (β-аномеры)

Константы связи

Основная статья: константа связи

Константы прямого углерод-протонного взаимодействия используются для изучения аномерной конфигурации сахара. Константы протон-протонного взаимодействия вицинала используются для изучения стереориентации протонов относительно других протонов внутри сахарного кольца, таким образом идентифицируя моносахарид. константы используются для изучения торсионных углов вдоль гликозидной связи между сахарами или вдоль экзоциклических фрагментов, что позволяет выявить конформацию молекулы.

Сахарные кольца представляют собой относительно жесткие молекулярные фрагменты, поэтому характерны вицинальные протон-протонные взаимодействия:

  • Экваториально-осевое: 1–4 Гц
  • Экваториальный к экваториальному: 0–2 Гц
  • Аксиально-осевой неаномерный: 9–11 Гц
  • Аксиально-аксиальный аномерный: 7–9 Гц
  • Аксиально к экзоциклическому гидроксиметилу: 5 Гц, 2 Гц
  • Геминаль между гидроксиметильными протонами: 12 Гц

Ядерные эффекты Оверхаузера (НЯ)

Основная статья: Ядерный эффект Оверхаузера

НЭ чувствительны к межатомным расстояниям, что позволяет использовать их в качестве конформационного зонда или доказательства образования гликозидной связи. Обычной практикой является сравнение рассчитанных с экспериментальными протон-протонными NOE в олигосахаридах для подтверждения теоретической конформационной карты. Расчет NOE предполагает оптимизацию геометрии молекулы.

Другие наблюдаемые ЯМР

Сообщалось о релаксации, скорости ядерной релаксации, форме линии и других параметрах, полезных для структурных исследований углеводов.[1]

Выяснение структуры углеводов методом ЯМР-спектроскопии.

Структурные параметры углеводов

Ниже приводится список структурных особенностей, которые можно выяснить с помощью ЯМР:

  • Химическая структура каждого углеводного остатка в молекуле, включая
    • размер углеродного скелета и тип сахара (альдоза / кетоза)
    • размер цикла (пираноза / фураноза / линейный)
    • стерео конфигурация всех атомов углерода (идентификация моносахаридов)
    • стерео конфигурация аномерного углерода (α / β)
    • абсолютная конфигурация (D / L)
    • расположение амино-, карбокси-, дезокси- и других функций
  • Химическая структура неуглеводных остатков в молекуле (аминокислот, жирных кислот, спиртов, органических агликонов и т. Д.)
  • Положения замещения в остатках
  • Последовательность остатков
  • Стехиометрия концевых остатков и боковых цепей
  • Расположение фосфатных и сульфатных диэфирных связей
  • Степень полимеризации и расположение рамки (для полисахаридов)

ЯМР-спектроскопия по сравнению с другими методами

Широко известные методы структурного исследования, такие как масс-спектрометрия и рентгеноструктурный анализ, лишь ограниченно применимы к углеводам.[1] Такие структурные исследования, как определение последовательности или идентификация новых моносахаридов, наиболее выигрывают от ЯМР-спектроскопии. Абсолютную конфигурацию и степень полимеризации не всегда можно определить с помощью только ЯМР, поэтому процесс структурного выяснения может потребовать дополнительных методов. Хотя мономерный состав может быть определен с помощью ЯМР, хроматографические и масс-спектроскопические методы иногда легче предоставляют эту информацию. Остальные структурные особенности, перечисленные выше, могут быть определены исключительно методами ЯМР-спектроскопии. Ограничение структурных исследований ЯМР углеводов состоит в том, что выяснение структуры трудно автоматизировать и требует, чтобы специалист-человек получил структуру из спектров ЯМР.

Применение различных методов ЯМР к углеводам

Сложные гликаны обладают множеством перекрывающихся сигналов, особенно в протонном спектре. Следовательно, для определения сигналов полезно использовать 2D-эксперименты. В таблице и на рисунках ниже перечислены наиболее распространенные методы ЯМР, используемые в исследованиях углеводов.

Гетероядерные методы ЯМР в исследованиях углеводов и типичные атомы внутри остатков (красный) и между остатками (синий), которые они связывают друг с другом.
Методы гомоядерного ЯМР в исследованиях углеводов и типичные атомы внутри остатков (красный) и между остатками (синий), которые они связывают друг с другом.
ЯМР экспериментОписаниеПолученная информация
1H 1D1D протонный спектризмерение муфт, общая информация, идентификация остатков, основа для присвоения углеродного спектра
13C BB1D-спектр углерода-13 с разделением на протоныподробная информация, идентификация остатков, положения замещения
31P BB, 15N BBПротонно-развязанные одномерные гетероядерные спектрыДополнительная информация
APT, 13C ОТДЕЛприкрепленный протонный тест, управляемая усиленная передача поляризации (отредактированный 1D спектр углерода-13)присвоение CH2 группы
13C закрытый, 31P закрытыйПротонно-связанные одномерные спектры углерода-13 и гетероядеризмерение гетероядерных связей, выяснение аномерной конфигурации, конформационные исследования
1ЧАС,1H J-разрешено2D-график ЯМР, показывающий J-соединения во втором измеренииточные значения J-связи и химического сдвига для переполненных спектральных областей
1H DOSYГрафик 2D ЯМР со спектрами протонов в зависимости от коэффициента молекулярной диффузииизмерение коэффициента диффузии, оценка размера / веса молекул, спектральное разделение различных молекул в смеси
1ЧАС,1H УЮТНЫЙКорреляция спина протонаотнесение спектра протонов с использованием вицинальных связей
УЮТНЫЙ RCT, УЮТНЫЙ RCT2Корреляция спинов протонов с одно- или двухступенчатой ​​ретрансляционной передачей когерентностираспределение протонного спектра, когда сигналы соседних вицинальных протонов перекрываются
DQF УЮТНЫЙСпиновая корреляция протонов с двойной квантовой фильтрациейВеличины J-связи и количество протонов, участвующих в J-связи
1H HD дифСелективная дифференциальная гоморазвязкаанализ формы линий перекрывающихся сигналов протонов
ТОКСИ (ХОХАХА)Полная корреляция всех протонов в спиновой системевыделение спиновых систем остатков
1D TOCSYTOCSY одиночного сигналаизвлечение из спиновой системы определенного остатка
НУСИ, РОЗИГомонуклеарная корреляция эффекта Оверхаузера (в космосе)выявление пространственно проксимальных пар протонов, определение последовательности остатков, определение усредненной конформации
1H NOE diffСелективное дифференциальное измерение NOEисследования протонных пространственных контактов
1ЧАС,13C HSQCГетероядерная одноквантовая когерентность, прямая корреляция между протонами и углеродом.присвоение спектра углерода
1ЧАС,31P HSQCГетероядерная одноквантовая когерентность, спиновая корреляция протон-фосфорлокализация остатков фосфорной кислоты в фосфогликанах
1ЧАС,13C HMBCГетероядерная корреляция кратных связей, вицинальная корреляция спина протона и углеродаопределение последовательности остатков, паттерна ацетилирования / амидирования, подтверждение позиций замещения
1H, X 1D HMBCHMBC для одиночного сигналаназначение протона вокруг определенного углерода или гетероатома
1ЧАС,13C Реле HSQCНеявная корреляция углерод-углерод через вицинальные связи прикрепленных протоновотнесение соседних атомов углерода
1ЧАС,13C HSQC-TOCSYКорреляция протонов со всеми атомами углерода в спиновой системе, и наоборотопределение C5 с использованием H6 и решение аналогичных задач, разделение спектра углерода на субспектры остатков
1H, X 1D NOEГетероядерное измерение NOEгетероядерные пространственные контакты, конформации

Схема исследования

ЯМР-спектроскопическое исследование включает следующие этапы:

  • Экстракция углеводного материала (для природных гликанов)
  • Химическое удаление фрагментов, маскирующих закономерность (для полимеров)
  • Разделение и очистка углеводного материала (для экспериментов 2D ЯМР рекомендуется 10 мг или более)
  • Подготовка проб (обычно в D2O)
  • Получение одномерных спектров
  • Планирование, сбор и обработка других экспериментов ЯМР (обычно требуется от 5 до 20 часов)
  • Отнесение и интерпретация спектров (см. Примерный рисунок)
  • Если структурная проблема не может быть решена: химическая модификация / разложение и анализ продуктов ЯМР
  • Получение спектров нативного (немаскированного) соединения и их интерпретация на основе модифицированной структуры
  • Представление результатов
Примерная схема ЯМР (синий) и других (зеленый) методов, применяемых для выяснения структуры углеводов, и полученная информация (в прямоугольниках)

Базы данных и инструменты для ЯМР углеводов

Были созданы многочисленные базы данных по химическому сдвигу и связанные с ними службы, чтобы помочь в структурном объяснении и экспертном анализе их спектров ЯМР. Из них несколько инструментов информатики посвящены исключительно углеводам:

  • GlycoSCIENCES.de
    • более 2000 спектров ЯМР гликанов млекопитающих[2]
    • поиск структуры по сигналам ЯМР и наоборот
  • CSDB (база данных структуры углеводов[3][4]) содержит:
    • более 4000 спектров ЯМР гликанов бактерий, растений и грибов,
    • поиск структуры по сигналам ЯМР и наоборот
    • программа моделирования эмпирических спектров, оптимизированная для углеводов,[5]
    • статистическая оценка химического сдвига на основе алгоритма HOSE, оптимизированного для углеводов,[6][7]
    • инструмент построения структуры и ранжирования на основе ЯМР.[8]
  • CASPER (компьютерная спектральная оценка обычных полисахаридов).[9][10] содержит:
    • база данных химического сдвига,
    • программа моделирования эмпирических спектров, оптимизированная для углеводов,
    • онлайн-интерфейс.
    • инструмент сопоставления структуры. Химические сдвиги C и H протонов и углерода можно использовать для доступа к структурной информации.

Моделирование наблюдаемых ЯМР

Сравнительное предсказание спектра ЯМР 13С сахарозы с использованием различных методов. Экспериментальный спектр находится посередине. Верхний спектр (черный) получен эмпирическим путем. Нижние спектры (красный и зеленый) были получены квантово-химическими расчетами в ПРИРОДА и ГАУССИАН соответственно. Включенная информация: используемый уровень теории / базисный набор / модель растворителя, точность прогноза (коэффициент линейной корреляции и среднеквадратичное отклонение), время расчета на персональном компьютере (синий).

Было рассмотрено несколько подходов к моделированию наблюдаемых ЯМР углеводов.[1] Они включают:

  • Универсальные подходы к базе статистических данных (ACDLabs, Modgraph и т. Д.)
  • Использование нейронных сетей для уточнения прогнозов
  • Методы, основанные на регрессии
  • ОБВИНЯТЬ
  • Эмпирические схемы, оптимизированные для углеводов (CSDB / BIOPSEL, CASPER).
  • Комбинированный расчет молекулярной механики / динамической геометрии и квантово-механическое моделирование / итерация наблюдаемых ЯМР (программное обеспечение PERCH NMR)
  • ОНИОМ подходы (оптимизация разных частей молекулы с разной точностью)
  • Ab initio расчеты.

Растущая вычислительная мощность позволяет использовать тщательные квантово-механические расчеты на высоких теоретических уровнях и большие базисные наборы для уточнения молекулярной геометрии углеводов и последующего предсказания наблюдаемых ЯМР с использованием GIAO и других методов с учетом или без учета эффекта растворителя. Среди комбинаций теоретического уровня и базисного набора, которые, как сообщается, достаточно для предсказания ЯМР, были B3LYP / 6-311G ++ (2d, 2p) и PBE / PBE (см. Обзор). Для сахаридов было показано, что эмпирические схемы, оптимизированные для углеводов, обеспечивают значительно лучшую точность (0,0-0,5 ppm на 13C-резонанс), чем квантово-химические методы (выше 2,0 ppm на резонанс), считаются лучшими для моделирования ЯМР и работают в тысячи раз быстрее. Однако эти методы могут предсказывать только химические сдвиги и плохо подходят для неуглеводных частей молекул. В качестве репрезентативного примера см. Рисунок справа.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Тукач Ф.В .; Анаников В.П. (2013). «Последние достижения в компьютерном прогнозировании параметров ЯМР для выяснения структуры углеводов: методы и ограничения». Обзоры химического общества. 42 (21): 8376–8415. Дои:10.1039 / C3CS60073D. PMID 23887200.
  2. ^ http://csdb.glycosciences.de
  3. ^ http://csdb.glycoscience.ru
  4. ^ Тукач Ф.В. (2011). "База данных бактериальных углеводов 3: принципы и реализация". Журнал химической информации и моделирования. 51 (1): 159–170. Дои:10.1021 / ci100150d. PMID 21155523.
  5. ^ http://csdb.glycoscience.ru/bacterial/index.html?help=nmr#empirical
  6. ^ http://csdb.glycoscience.ru/bacterial/index.html?help=nmr#statistical
  7. ^ Капаев Р.Р .; Егорова К.С .; Тукач Ф.В. (2014). «Схема обобщения структуры углеводов для моделирования экспериментальных наблюдаемых величин на основе базы данных, таких как химические сдвиги ЯМР». Журнал химической информации и моделирования. 54 (9): 2594–2611. Дои:10.1021 / ci500267u. PMID 25020143.
  8. ^ http://csdb.glycoscience.ru/bacterial/index.html?help=nmr#grass
  9. ^ http://www.casper.organ.su.se/casper/
  10. ^ П.-Э. Янссон; Р. Стенуц; Г. Видмальм (2006). «Определение последовательности олигосахаридов и обычных полисахаридов с использованием ЯМР-спектроскопии и новой веб-версии компьютерной программы CASPER». Исследование углеводов. 341 (8): 1003–1010. Дои:10.1016 / j.carres.2006.02.034. PMID 16564037.
  11. ^ http://toukach.ru/nmrglyco.htm
  12. ^ http://toukach.ru/glyco-db.htm

дальнейшее чтение

внешняя ссылка