WikiDer > OmrA-B РНК
| OmrA-B РНК | |
|---|---|
 Представление бактериального OmrA-B вторичная структура включая цветовую схему, указывающую на степень сохранения последовательности. | |
| Идентификаторы | |
| Символ | ОмрА-Б |
| Альт. Символы | OmrA, OmrB, SraE, RygA, RygB |
| Рфам | RF00079 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Ген |
| Домен (ы) | Бактерии; Энтеробактерии |
| PDB структуры | PDBe |
В OmrA-B РНК семейство генов (также известное как SraE РНК, RygA и RygB и Омра и ОмрБ) - пара гомологичный OmpR-регулируемый малый некодирующая РНК что было обнаружено в Кишечная палочка во время двух масштабных экранов.[1][2] OmrA-B очень распространен в стационарной фазе, но низкие уровни также могут быть обнаружены в экспоненциально растущих клетках. RygB находится рядом с RygA, близкородственной РНК. Эти РНК связываются с Белок Hfq и регулировать экспрессия гена путем антисмыслового связывания. Они негативно регулируют экспрессию нескольких генов, кодирующих внешняя мембрана белки, в том числе CirA, CsgD, fecA, fepA и ompT путем связывания в непосредственной близости от Последовательность Шайна-Далгарно, предполагая, что контроль над этими целями зависит от Белок Hfq и РНКаза E. Взятые вместе, эти данные предполагают, что OmrA-B участвует в регуляции состава внешней мембраны, реагируя на условия окружающей среды.[3][4][5]
Вместе с шапероном РНК Hfq, OmrA-B положительно контролирует подвижность бактерий и отрицательно контролирует выработку кислого экзополисахарида амиловорана в патогенах растений. Эрвиния амиловора.[6]
Рекомендации
- ^ Аргаман, Л; Hershberg R; Vogel J; Bejerano G; Вагнер Э.Г .; Маргалит Н; Altuvia S (2001). «Новые гены, кодирующие малую РНК, в межгенных областях Escherichia coli». Curr Biol. 11 (12): 941–950. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID 11448770.
- ^ Wassarman, KM; Repoila F; Rosenow C; Storz G; Готтесман С (2001). «Идентификация новых малых РНК с использованием сравнительной геномики и микрочипов». Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. Дои:10.1101 / gad.901001. ЧВК 312727. PMID 11445539.
- ^ Гийе М, Готтесман С (2006). «Ремоделирование внешней мембраны Escherichia coli двумя небольшими регуляторными РНК». Мол Микробиол. 59 (1): 231–247. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2005.04929.x. PMID 16359331.
- ^ Гийе М, Готтесман С (2008). «5'-конец двух избыточных мРНК участвует в регуляции множества мишеней, включая их собственный регулятор». Нуклеиновые кислоты Res. 36 (21): 6781–6794. Дои:10.1093 / nar / gkn742. ЧВК 2588501. PMID 18953042.
- ^ Holmqvist E, Reimegård J, Sterk M, Grantcharova N, Römling U, Wagner EG (2010). «Две антисмысловые РНК нацелены на регулятор транскрипции CsgD, чтобы ингибировать синтез curli». EMBO J. 29 (11): 1840–1850. Дои:10.1038 / emboj.2010.73. ЧВК 2885931. PMID 20407422.
- ^ Цзэн, Цюань; Сундин, Джордж У. (01.01.2014). «Полногеномная идентификация Hfq-регулируемых малых РНК в возбудителе бактериального ожога Erwinia amylovora обнаружила малые РНК с регуляторной функцией вирулентности». BMC Genomics. 15: 414. Дои:10.1186/1471-2164-15-414. ISSN 1471-2164. ЧВК 4070566. PMID 24885615.