WikiDer > Онтология для биомедицинских исследований

Ontology for Biomedical Investigations

В Онтология для биомедицинских исследований (ОБИ) является открытый доступ, интегрированный онтология для описания биологических и клинических исследований.[1] OBI предоставляет модель для планирования расследования, протоколы и приборы использованный, материалы использованные, сгенерированные данные и тип анализ исполняется на нем. Проект разрабатывается в рамках OBO Foundry и, как таковой, придерживается всех содержащихся в нем принципов, таких как ортогональный охват (то есть четкое разграничение от других онтологий-членов) и использование общего формального языка. В OBI используется общий формальный язык: Язык веб-онтологий (СОВА). По состоянию на март 2008 г. предварительная версия онтологии была доступна на сайте проекта. SVN репозиторий.[2]

Объем

Онтология биомедицинских исследований (OBI) обращается к потребности в контролируемых словарях для поддержки интеграции и совместного («кросс-омического») анализа экспериментальных данных, потребности, первоначально обозначенной в области транскриптомики Общество FGED, который разработал MGED Ontology как ресурс аннотаций для данных микрочипов.Смит Б., Эшбернер М., Росс С., Бард Дж., Баг В., Цеустерс В. и др. (Ноябрь 2007 г.). «The OBO Foundry: скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных». Природа Биотехнологии. 25 (11): 1251–5. Дои:10.1038 / nbt1346. ЧВК 2814061. PMID 17989687. OBI использует базовая формальная онтология[3] онтология верхнего уровня как средство описания общих сущностей, не принадлежащих к конкретной проблемной области. Таким образом, все классы OBI являются подклассом некоторого класса BFO.

Онтология предназначена для моделирования всех биомедицинских исследований и, как таковая, содержит термины онтологии для таких аспектов, как:

Менее `` конкретные '' аспекты, такие как роль, которую данный объект может играть в конкретном сценарии (например, роль химического соединения в эксперименте) и функция объекта (например, пищеварительная функция желудка для питания организма) ) также включены в онтологию.

ОБИ Консорциум

Онтология MGED была первоначально определена в транскриптомика домен Общество FGED и был разработан для удовлетворения потребностей интеграции данных. После обоюдного решения о сотрудничестве эти усилия позже превратились в более широкое сотрудничество между такими группами, как FGED, PSI и MSI, в ответ на потребности таких областей, как транскриптомика, протеомика и метаболомика и FuGO (Онтология исследования функциональной геномики)[4] был создан. Позже он стал ИОБ, охватывающим более широкий спектр всех биомедицинских исследований.

В качестве международной междисциплинарной инициативы консорциум OBI привлекает экспертов из различных областей, не ограничиваясь биологией. Текущий список членов консорциума OBI доступен на веб-сайте консорциума OBI. Консорциум состоит из координационного комитета, который представляет собой комбинацию двух подгрупп: представителя сообщества (представляющих конкретное биомедицинское сообщество) и основных разработчиков (разработчиков онтологий, которые могут быть или не быть членами какого-либо отдельного сообщества). Отдельно от координационного комитета существует Рабочая группа разработчиков, которая состоит из разработчиков внутри сообществ, сотрудничающих в разработке OBI по усмотрению текущих членов Консорциума OBI.

Статьи по ОБИ

Рекомендации

  1. ^ Bandrowski A, Brinkman R, Brochhausen M, Brush MH, Bug B, Chibucos MC и др. (29 апреля 2016 г.). Сюэ И (ред.). «Онтология для биомедицинских исследований». PLOS ONE. 11 (4): e0154556. Bibcode:2016PLoSO..1154556B. Дои:10.1371 / journal.pone.0154556. ЧВК 4851331. PMID 27128319.
  2. ^ Онтология для биомедицинских исследований (OBI) | Дома
  3. ^ «Базовая формальная онтология (BFO)». Институт формальной онтологии и медицинской информатики. Universität des Saarlandes.
  4. ^ Whetzel, PL et al. Разработка FuGO: онтология для исследований функциональной геномики. ОМИКС 10, 199–204

внешняя ссылка