WikiDer > Палец PHD
 | Эта статья включает Список ссылок, связанное чтение или внешняя ссылка, но его источники остаются неясными, потому что в нем отсутствует встроенные цитаты. (Июнь 2018 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
| PHD-палец | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Цинковый палец PHD. Атомы цинка показаны серым цветом | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | КАНДИДАТ НАУК | ||||||||
| Pfam | PF00628 | ||||||||
| Pfam клан | CL0390 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR019787 | ||||||||
| PROSITE | PS50016 | ||||||||
| SCOP2 | 1f62 / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| OPM суперсемейство | 59 | ||||||||
| Белок OPM | 1vfy | ||||||||
| |||||||||
В Палец PHD был открыт в 1993 г. как Cys4-His-Cys3 мотив в гомеодомене растения (отсюда PHD) белки HAT3.1 дюйм Arabidopsis thaliana и кукуруза ZmHox1a.[1] Рисунок пальца PHD напоминает металлический переплет. RING домен (Cys3-His-Cys4) и FYVE домен. Он встречается как один палец, но часто группами по два или три, а также встречается вместе с другими доменами, такими как хромодомен и бромодомен.
Роль в эпигенетике
Палец PHD длиной примерно 50-80 аминокислот содержится в более чем 100 белках человека. Некоторые из белков, в которых он содержится, находятся в ядре и участвуют в хроматин-опосредованный генная регуляция. Палец PHD встречается в белках, таких как коактиваторы транскрипции. p300 и CBP, Поликомб-подобный белок (Pcl), Белки группы триторакса подобно ASH1L, ASH2L и MLL, то аутоиммунный регулятор (AIRE), Ми-2 комплекс (часть гистон-деацетилазного комплекса), корепрессор TIF1, семейство деметилаз JARID1 и многие другие.
Структура
ЯМР-структура пальца PHD человека WSTF (Синдром Вильямса Transcription Factor) показывает, что консервативная цистеины и гистидин координировать два Zn2+ ионы. В общем, палец PHD имеет шаровидную складку, состоящую из двухцепочечной бета-лист и альфа-спираль. Регион, состоящий из этих второстепенные конструкции и остатки, участвующие в координации цинк-ионы очень консервативны среди видов. Области петли I и II вариабельны и могут вносить функциональную специфичность в разные пальцы PHD.
Функция
Пальцы PHD некоторых белков, в том числе ING2, YNG1 и NURF, как сообщается, связываются с гистон H3 три-метилированный на лизин 4 (H3K4me3), в то время как другие пальцы PHD дали отрицательный результат в таких анализах. Белок под названием KDM5C имеет палец PHD, который, как сообщалось, связывает триметилированный лизин 9 гистона H3 (H3K9me3).[2] Исходя из этих публикаций, связывание с триметилированными лизинами на гистонах может быть свойством, широко распространенным среди пальцев PHD. Домены, которые связываются с модифицированными гистонами, называются эпигенетический читатели поскольку они специально распознают модифицированную версию остатка и связываются с ней. Модификация H3K4me3 связана с сайтом начала транскрипции активных генов, а H3K9me3 - с неактивными генами. Модификации лизинов гистонов являются динамическими, так как есть метилазы которые добавляют метильные группы к лизинам, и есть деметилазы которые удаляют метильные группы. KDM5C представляет собой деметилазу лизина 4 гистона H3, что означает, что это фермент, который может удалять метильные группы лизина 4 на гистоне 3 (делая его H3K4me2 или H3K4me1). Можно только предполагать, обеспечивает ли связывание H3K9me3 домена KDM5C PHD перекрестные помехи между триметилированием H3K9 и деметилированием H3K4me3. Такие перекрестные помехи были предложены ранее с др. Доменами, участвующими в регуляции хроматина, и могут обеспечивать строго скоординированную регуляцию.
Другой пример - палец PHD BHC80 /PHF21A белок, входящий в состав LSD1 сложный. В этом комплексе LSD1 специфически деметилирует H3K4me2 в H3K4me0, а BHC80 связывает H3K4me0 через свой PHD-палец для стабилизации комплекса на его промоторах-мишенях, предположительно для предотвращения дальнейшего повторного метилирования. Это первый пример пальца PHD, распознающего статус метил-ноль лизина.
Рекомендации
- ^ Шиндлер У., Бекманн Х., Кэшмор А.Р. (июль 1993 г.). «HAT3.1, новый гомеодоменный белок Arabidopsis, содержащий консервативную богатую цистеином область». Журнал растений. 4 (1): 137–50. Дои:10.1046 / j.1365-313x.1993.04010137.x. PMID 8106082.
- ^ Ивасе С., Лан Ф., Бейлисс П., де ла Торре-Убьета Л., Уарте М., Ци Х. Х. и др. (Март 2007 г.). «Х-сцепленный ген умственной отсталости SMCX / JARID1C определяет семейство лизин-4 деметилаз гистона H3». Клетка. 128 (6): 1077–88. Дои:10.1016 / j.cell.2007.02.017. PMID 17320160. S2CID 14729302.
дальнейшее чтение
- Осланд Р., Гибсон Т.Дж., Стюарт А.Ф. (февраль 1995 г.). «Палец PHD: значение для регуляции транскрипции, опосредованной хроматином». Тенденции в биохимических науках. 20 (2): 56–9. Дои:10.1016 / s0968-0004 (00) 88957-4. PMID 7701562.
- Паскуаль Дж., Мартинес-Ямут М., Дайсон HJ, Wright PE (декабрь 2000 г.). «Структура цинкового пальца PHD из фактора транскрипции синдрома Вильямса-Бёрена человека». Журнал молекулярной биологии. 304 (5): 723–9. Дои:10.1006 / jmbi.2000.4308. PMID 11124022.
- Пенья П.В., Давразоу Ф., Ши Х, Вальтер К.Л., Верхуша В.В., Гозани О, Чжао Р., Кутателадзе Т.Г. (июль 2006 г.). «Молекулярный механизм узнавания гистона H3K4me3 растительным гомеодоменом ING2». Природа. 442 (7098): 100–3. Дои:10.1038 / природа04814. ЧВК 3190580. PMID 16728977.
- Li H, Ilin S, Wang W, Duncan EM, Wysocka J, Allis CD, Patel DJ (июль 2006 г.). «Молекулярная основа для сайт-специфического считывания гистона H3K4me3 пальцем BPTF PHD NURF». Природа. 442 (7098): 91–5. Дои:10.1038 / природа04802. ЧВК 4690523. PMID 16728978.
- Ивасе С., Лан Ф., Бейлисс П., де ла Торре-Убьета Л., Уарте М., Ци Х. Х., Ветстайн Дж. Р., Бонни А., Робертс TM, Ши Y (март 2007 г.). «Х-сцепленный ген умственной отсталости SMCX / JARID1C определяет семейство лизин-4 деметилаз гистона H3». Клетка. 128 (6): 1077–88. Дои:10.1016 / j.cell.2007.02.017. PMID 17320160. S2CID 14729302.
- Лан Ф., Коллинз Р. Э., Де Чегли Р., Алпатов Р., Хортон Дж. Р., Ши Икс, Гозани О., Ченг Х, Ши И (август 2007 г.). «Распознавание неметилированного гистона H3 лизина 4 связывает BHC80 с LSD1-опосредованной репрессией гена». Природа. 448 (7154): 718–22. Дои:10.1038 / природа06034. ЧВК 2702779. PMID 17687328.