WikiDer > PRR23C

PRR23C

Протеин, богатый пролином 23C, представляет собой белок что у людей кодируется богатый пролином 23C (PRR23C) ген.

Ген

PRR23C Homo sapiens расположен на длинной руке хромосома 3, (3q23) на антисмысловой цепи.[1] Что касается мРНК PRR23C Homo sapiens, его длина составляет 2791 п.н.[2] PRR23C Homo sapiens есть один экзон покрывающая всю длину мРНК (1-2 791 п.н.).[3]PRR23C Homo sapiens имеет имя клона FLJ46210.[4]

Выражение

PRR23C Homo sapiens выражается в яичках.[5] Оттолини и др. (2014) обсуждали семейство PRR23, для которого они показали, что с помощью данных секвенирования РНК, что PRR23A, PRR23B и PRR23C являются генами, специфичными для семенников.[6] Оттолини и др. (2014) полагают, что эта семья может быть важной частью мужской репродуктивной системы, учитывая полученные ими данные по РНК-секвенированию.[7]

Протеин

Протеин, богатый пролином 23C Homo sapiens состоит из 262 аминокислот[8] с расчетом молекулярный вес 27 674 Да.[9] Протеин, богатый пролином 23C Homo sapiens имеет домен с неизвестной функцией (DUF2476), который охватывает большую часть белка (1-259 аминокислотных остатков), который является консервативным доменом.[10] DUF2476 принадлежит к pfam10630, которое входит в суперсемейство c | 11241.[11] DUF2476 - это семейство белков, которые богаты остатками пролина и имеют неизвестную функцию.[12] Богатый пролином белок 23C является предпочтительным названием, но другие псевдонимы включают богатый пролином протеин 23A.[13]

Белковый состав

Пролин прогнозируется, что это будет самый распространенный аминокислота в протеине, богатом пролином 23C Homo sapiens.[14] По сравнению с преобладанием аминокислот в других белках человека предполагается, что богатый пролином белок 23C Homo sapiens имеет более высокое содержание пролина наряду с очень низким содержанием аспарагин, треонин, и лизин.[15] Предполагается, что ортологи этого белка также будут иметь большое количество пролина.[16]

Изоэлектрическая точка

Базальный изоэлектрическая точка для PRR23C Homo sapiens составлял 4,48 (pH) согласно phoshosite.org.[17]

Субклеточная локализация

Прогнозируется, что богатый пролином протеин 23C локализуется в ядро для человеческого белка и его ортологов.[18] Прогнозируется сигналы ядерной локализации наблюдается как в человеческом протеине 23C, богатом пролином, так и в его ортологах.[19]

Гомология

Ортологи

PRR23C Homo sapiens строго сохраняется у млекопитающих.[20]В таблице ниже перечислены млекопитающие ортологи для PRR23C Homo sapiens .[21]

Род и видыРаспространенное имяРегистрационный номер[22]Seq. Длина[23]Seq. Личность[24]Seq. Сходство[25]
Homo sapiensЧеловекNP_001128129.1262 аа100%100%
Пан троглодитыОбыкновенный шимпанзеXP_003310067.1263 аа98.50%98%
Горилла горилла гориллаЗападная низменная гориллаXP_004037787.1263 аа96.60%98%
Pongo abeliiСуматранский орангутангXP_002814147.1263 аа94.70%95%
Nomascus leucogenysСеверный белощёкий гиббонXP_003265349.1262 аа94.70%95%
Chlorocebus sabaeusЗеленая обезьянаXP_008007123.1263 аа92%94%
Rhinopithecus roxellanaЗолотая курносая обезьянаXP_010365056.1263 аа91.60%93%
Папио анубисОливковый павианXP_003895087.1263 аа94.70%93%
Каллитрикс ЯхусОбыкновенная мартышкаXP_002759594.1248 лет назад72.90%77%
Отолемур гранаттийСеверный большой галагоXP_003789481.1267 лет назад66.50%71%
Ceratotherium simum simumБелый носорогXP_004419371.1263 аа63.70%75%
Pteropus alectoЧерная летучая лисицаXP_006907344.1268 лет назад50.90%68%
Myotis lucifugusМаленькая коричневая летучая мышьXP_006083994.1257 лет назад61.20%64%
Bubalus bubalisБуйволXP_006070045.1258 лет назад55.40%62%
Бизон бизон бизонАмериканский бизонXP_010856601.1258 лет назад51.90%61%
Bos mutusЯкXP_005909007.1258 лет назад51.50%61%
Липоты вексиллиферБайджиXP_007458979.1260 лет назад51.50%64%
Tursiops truncatusДельфин афалинаXP_004330081.1261 аа54.50%61%
Balaenoptera acutorostrata scammoniМалый полосатик китXP_007170446.1255 лет назад53.60%61%
Physeter catodonКашалотXP_007117538.1260 лет назад53.80%64%
Peromyscus maniculatus bairdiiМышь степного оленяXP_006975251.1266 лет назад50.90%60%

Паралоги

Было два паралоги найдено для PRR23C Homo sapiens: PRR23B и PRR23A. Оба имеют сходную идентичность последовательностей: PRR23B имеет 86% идентичности, а PRR23A - 85% идентичности.[26]

Рекомендации

  1. ^ «Пролин-богатый протеин 23C [Homo sapiens] - протеин - NCBI».
  2. ^ «Обогащенный пролином 23C (PRR23C), мРНК человека (Homo sapiens)». Май 2019. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  3. ^ «Обогащенный пролином 23C (PRR23C), мРНК человека (Homo sapiens)». Май 2019. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  4. ^ "PRR23C, богатый пролином 23C [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI".
  5. ^ "Профиль EST - Hs.531377".
  6. ^ Оттолини, Барбара; Хорнсби, Майкл Дж .; Абуджабер, Разан; MacArthur, Jacqueline A.L .; Значок, Ричард М .; Шварцахер, Трюде; Альбертсон, Донна Дж .; Bevins, Charles L .; Solnick, Jay V .; Холлокс, Эдвард Дж. (18 октября 2014 г.). «Доказательства конвергентной эволюции у людей и макак подтверждают адаптивную роль вариации числа копий гена b-дефенсина-2». Геномная биология и эволюция. 6 (11): 3025–3038. Дои:10.1093 / gbe / evu236. ЧВК 4255768. PMID 25349268.
  7. ^ Оттолини, Барбара; Хорнсби, Майкл Дж .; Абуджабер, Разан; MacArthur, Jacqueline A.L .; Значок, Ричард М .; Шварцахер, Трюде; Альбертсон, Донна Дж .; Bevins, Charles L .; Solnick, Jay V .; Холлокс, Эдвард Дж. (18 октября 2014 г.). «Доказательства конвергентной эволюции у людей и макак подтверждают адаптивную роль вариации числа копий гена b-дефенсина-2». Геномная биология и эволюция. 6 (11): 3025–3038. Дои:10.1093 / gbe / evu236. ЧВК 4255768. PMID 25349268.
  8. ^ «Пролин-богатый протеин 23C [Homo sapiens] - протеин - NCBI».
  9. ^ «Пролин-богатый протеин 23C [Homo sapiens] - протеин - NCBI».
  10. ^ «Пролин-богатый протеин 23C [Homo sapiens] - протеин - NCBI».
  11. ^ "Семейство консервативных белковых доменов CDD: DUF2476".
  12. ^ "Семейство консервативных белковых доменов CDD: DUF2476".
  13. ^ "PRR23C, богатый пролином 23C [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI".
  14. ^ Protein Tools SAPS (инструмент для биологии) http://workbench.sdsc.edu Волкер Брендель, факультет математики Стэнфордского университета, Стэнфорд, Калифорния 94305, США, с изменениями; любые ошибки связаны с модификацией.
  15. ^ Protein Tools SAPS (Инструмент для биологии) http://workbench.sdsc.edu Фолькер Брендель, Факультет математики Стэнфордского университета, Стэнфорд Калифорния 94305, США, с изменениями; любые ошибки связаны с модификацией.
  16. ^ Protein Tools SAPS (инструмент для биологии) http://workbench.sdsc.edu Волкер Брендель, факультет математики Стэнфордского университета, Стэнфорд, Калифорния 94305, США, с изменениями; любые ошибки связаны с модификацией.
  17. ^ «ФосфоСайтПлюс». Архивировано из оригинал на 2019-04-03. Получено 2020-04-28.
  18. ^ PSORTII http://www.genscript.com/psort/psort2.html
  19. ^ PSORTII http://www.genscript.com/psort/psort2.html
  20. ^ "Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью запроса белков".
  21. ^ "Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью запроса белков".
  22. ^ «Хоум - Белок - NCBI».
  23. ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса».
  24. ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса».
  25. ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса».
  26. ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса».