WikiDer > ProbCons

ProbCons

ProbCons представляет собой вероятностную согласованность с открытым исходным кодом, основанную на множественном согласовании аминокислота последовательности. Это один из самых эффективных белков. множественное выравнивание последовательностей программ, поскольку он неоднократно демонстрировал статистически значимое преимущество в точности перед аналогичными инструментами, в том числе Clustal и MAFFT.[1][2]

Алгоритм

Ниже описана основная схема алгоритма ProbCons.[3]

Шаг 1. Надежность выравнивающей кромки

Для каждой пары последовательностей вычислите вероятность того, что буквы и в паре в выравнивание, которое создается моделью.

(Где равно 1, если и находятся в выравнивании и 0 в противном случае.)

Шаг 2: максимальная ожидаемая точность

Точность совмещения по отношению к другому раскладу определяется как количество общих выровненных пар, деленное на длину более короткой последовательности.

Рассчитайте ожидаемую точность каждой последовательности:

Это дает выравнивание с максимальной ожидаемой точностью (MEA):

Шаг 3: преобразование вероятностной согласованности

Все пары последовательностей x, y из множества всех последовательностей теперь переоцениваются с использованием всех промежуточных последовательностей z:

Этот шаг можно повторить.

Шаг 4: Расчет дерева направляющих

Постройте направляющее дерево путем иерархической кластеризации, используя оценку MEA в качестве оценки сходства последовательностей. Сходство кластера определяется с использованием средневзвешенного значения попарного сходства последовательностей.

Шаг 5: вычислить MSA

Наконец, вычислите MSA, используя прогрессивное или итеративное выравнивание.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Do CB, Mahabhashyam MS, Brudno M, Batzoglou S (2005). «PROBCONS: вероятностное согласование множественных последовательностей на основе согласованности». Геномные исследования. 15 (2): 330–340. Дои:10.1101 / гр.2821705. ЧВК 546535. PMID 15687296.
  2. ^ Рошан, Усман (01.01.2014). «Выравнивание множественных последовательностей с использованием Probcons и Probalign». В Рассел, Дэвид Дж (ред.). Методы совмещения нескольких последовательностей. Методы молекулярной биологии. 1079. Humana Press. стр. 147 鈥 . Дои:10.1007/978-1-62703-646-7_9. ISBN 9781627036450. PMID 24170400.
  3. ^ Лекция «Биоинформатика II» в Университете Фрайбурга.

внешняя ссылка