WikiDer > RBM9

RBM9
RBFOX2
Белок RBM9 PDB 2cq3.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыRBFOX2, FOX2, Fox-2, HNRBP2, HRNBP2, RBM9, RTA, dJ106I20.3, fxh, РНК-связывающий белок, гомолог fox-1 2, РНК-связывающий гомолог fox-1 2
Внешние идентификаторыOMIM: 612149 MGI: 1933973 ГомолоГен: 49375 Генные карты: RBFOX2
Расположение гена (человек)
Хромосома 22 (человек)
Chr.Хромосома 22 (человек)[1]
Хромосома 22 (человек)
Геномное расположение RBFOX2
Геномное расположение RBFOX2
Группа22q12.3Начните35,738,736 бп[1]
Конец36,028,824 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE RBM9 212104 s в формате fs.png

PBB GE RBM9 213901 x at fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (белок)
Расположение (UCSC)Chr 22: 35.74 - 36.03 МбChr 15: 77.08 - 77.31 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

РНК-связывающий мотив белка 9 (RBM9), также известный как Rbfox2, это белок который у человека кодируется RBM9 ген.[5]

Функция

Rbfox2 - один из нескольких генов человека, похожих на C. elegans ген Fox-1. Этот ген кодирует белок, связывающий РНК, который считается ключевым регулятором альтернативное сращивание в нервной системе и других типах клеток. Rbfox2 и родственный белок Rbfox1 связываются с консервативными (U) GCAUG-мотивами РНК в интронах, смежных со многими альтернативно сплайсированными экзонами, и способствует включению или исключению альтернативного экзона в зрелых транскриптах.[6][7] Белок также взаимодействует с фактором транскрипции рецептора 1 эстрогена и регулирует транскрипционную активность рецептора 1 эстрогена. Для этого гена было обнаружено множество вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.[5]

Rbfox2, как определено с помощью CLIP-seq, связывается рядом с альтернативно сплайсированными экзонами и регулирует включение или исключение экзонов во время альтернативного сплайсинга путем связывания в интронах либо ниже (включение), либо выше (пропуск экзонов) экзонов. Его присутствие важно для выживания стволовых клеток, а нокдауны Rbfox2 активируют маркеры для апоптоз.[8]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c ENSG00000100320 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000277564, ENSG00000100320 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033565 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б «Ген Entrez: белок 9 РНК-связывающего мотива RBM9».
  6. ^ Джин, Ю. (17 февраля 2003 г.). «РНК-связывающий белок Fox-1 позвоночных регулирует тканеспецифический сплайсинг через пентануклеотид GCAUG». Журнал EMBO. 22 (4): 905–912. Дои:10.1093 / emboj / cdg089. ISSN 1460-2075. ЧВК 145449. PMID 12574126.
  7. ^ Понтье, Жюли Л .; Шлюпен, Кристина; Чен, Вэйго; Lersch, Robert A .; Джи, Шерри Л .; Hou, Victor C .; Ло, Энни Дж .; Коротко, Сара А .; Chasis, Joel A .; Винкельманн, Джон С .; Конбой, Джон Г. (14 марта 2006 г.). «Фактор сплайсинга Fox-2 связывается с консервативным мотивом интрона, способствуя включению альтернативного экзона 16 белка 4.1R». Журнал биологической химии. 281 (18): 12468–12474. Дои:10.1074 / jbc.m511556200. ISSN 0021-9258. PMID 16537540.
  8. ^ Yeo GW, Coufal NG, Liang TY, Peng GE, Fu XD, Gage FH (февраль 2009 г.). «РНК-код регулятора сплайсинга FOX2, выявленный путем картирования взаимодействий РНК-белок в стволовых клетках». Структурная и молекулярная биология природы. 16 (2): 130–137. Дои:10.1038 / nsmb.1545. ЧВК 2735254. PMID 19136955.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка

  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: O43251 (РНК-связывающий белок fox-1, гомолог 2) на PDBe-KB.