WikiDer > Сайт ограничения - Википедия

Restriction site - Wikipedia

Сайты ограничения, или же сайты распознавания ограничений, расположены на ДНК молекула, содержащая специфические (4-8 пар оснований длиной[1]) последовательности нуклеотиды, которые признаны рестрикционные ферменты. Это обычно палиндромные последовательности[2] (поскольку рестрикционные ферменты обычно связываются как гомодимеры), и конкретный рестрикционный фермент может разрезать последовательность между двумя нуклеотидами в пределах своего сайта узнавания или где-то поблизости.

Функция

Например, обычный рестрикционный фермент EcoRI распознает палиндромную последовательность GAATTC и разрывает между G и A как на верхней, так и на нижней цепях. Это оставляет выступ (концевую часть ДНК прядь без прикрепленного дополнения), известная как липкий конец[2] на каждом конце AATT. Затем выступ можно использовать для лигирования (см. ДНК-лигаза) фрагмент ДНК с дополнительным выступом (например, другой фрагмент, вырезанный из EcoRI).

Некоторые ферменты рестрикции разрезают ДНК на сайте рестрикции таким образом, чтобы не оставлять выступов, называемых тупым концом.[2] Тупые концы с гораздо меньшей вероятностью будут лигированы ДНК-лигазой, поскольку тупой конец не имеет нависающей пары оснований, которую фермент может распознать и сопоставить с комплементарной парой.[3] Однако липкие концы ДНК с большей вероятностью будут успешно связываться с помощью ДНК-лигазы из-за открытых и неспаренных нуклеотидов. Например, липкий конец, замыкающийся на AATTG, с большей вероятностью будет связываться с лигазой, чем тупой конец, где спарены как 5 ', так и 3' нити ДНК. В случае примера AATTG будет иметь комплементарную пару TTAAC, что снизит функциональность фермента ДНК-лигазы.[4]

Приложения

Сайты рестрикции можно использовать для множества приложений в молекулярной биологии, таких как определение полиморфизмов длины рестрикционных фрагментов (RFLP).

Базы данных

Существует несколько баз данных для сайтов рестрикции и ферментов, из которых самая большая некоммерческая база данных - REBASE.[5][6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Рассел, Питер Дж. (2006). iGenetics: менделевский подход. Бенджамин Каммингс. ISBN 978-0805346664.
  2. ^ а б c Lehninger, Albert L .; Нельсон, Дэвид Л .; Кокс, Майкл М. (2008). Принципы биохимии (5-е изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: W.H. Фримен и компания. п.305–306. ISBN 978-0-7167-7108-1.
  3. ^ Мусави-Хаттат, Мохаммад; Рафати, Адель; Гилл, Пориа (5 февраля 2015 г.). «Изготовление ДНК-нанотрубок с использованием наноструктур на основе оригами с липкими концами». Журнал наноструктуры в химии. 5 (2): 177–183. Дои:10.1007 / s40097-015-0148-z.
  4. ^ Гао, Сун; Чжан, Цзяннань; Мяо, Тяньцзинь; Ма, Ди; Су, Инь; Ань, Инфэн; Чжан, Цинжуй (28 марта 2015 г.). «Простой и удобный метод лигирования липких / тупых концов для конструирования слитых генов». Биохимическая генетика. 53 (1–3): 42–48. Дои:10.1007 / s10528-015-9669-х. PMID 25820211.
  5. ^ Робертс, Ричард Дж .; Винче, Тамас; Посфаи, Янош; Маселис, Дана (21 октября 2009 г.). «REBASE - база данных по рестрикции и модификации ДНК: ферменты, гены и геномы». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Suppl_1): D234 – D236. Дои:10.1093 / нар / gkp874. ISSN 0305-1048. ЧВК 2808884. PMID 19846593.
  6. ^ Робертс, Ричард Дж .; Винче, Тамас; Посфаи, Янош; Маселис, Дана (05.11.2014). «REBASE - база данных по рестрикции и модификации ДНК: ферменты, гены и геномы». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (D1): D298 – D299. Дои:10.1093 / нар / gku1046. ISSN 1362-4962. ЧВК 4383893. PMID 25378308.