WikiDer > Роберт Дж. Шмитц

Robert J. Schmitz
Роберт Дж. Шмитц
Родившийся1980
ГражданствоСоединенные Штаты
ОбразованиеИнститут Солка
Альма-матерУниверситет Аризоны, Университет Висконсина, Мэдисон
ИзвестенСоздание эпигенетических рекомбинантных инбредных линий.
Научная карьера
ПоляГеномика, Эпигенетика, Биология растений
УчрежденияУниверситет Джорджии
ТезисЯровизация: модель для исследования эпигенетики и регуляции эукариотических генов у Arabidopsis thaliana (2007)
ДокторантРичард Амасино
Другие научные консультантыДжозеф Р. Эккер
Интернет сайтSchmitzlab.genetics.uga.edu

Роберт Дж. Шмитц американский биолог растений и эпигеномик из Университет Джорджии где он изучает генерацию и фенотипические последствия эпиаллелей растений, а также разрабатывает новые методы идентификации и изучения цис-регуляторных последовательностей. Он является адъюнкт-профессором кафедры генетики и профессором наук о трусах Фонда UGA.[1]

Образование и карьера

Шмитц учился в Университете Аризоны для получения степени бакалавра и Университета Висконсина для получения степени доктора философии.[2] Как аспирант работал в лаборатории Ричард Амасино изучение роли эпигенетических модификаций на яровизация в Arabidopsis thaliana. Он окончил Висконсин в 2007 году.[1] С 2007 по 2013 год он был докторантом Джо Эккером в Институт Солка. В 2013 году он был нанят в качестве доцента кафедры генетики Университета Джорджии в Афинах, где он продолжает работать доцентом и директором Центра геномики и биоинформатики Джорджии.[1]

Исследование

В качестве постдока Шмитц разработал технологии для определения статуса метилирования отдельных цитозинов в геномах растений с использованием технологий секвенирования и использовал их для количественной оценки того, как паттерн метилирования варьируется у разных особей одного и того же вида.[3][4] Он использовал ту же технологию, чтобы составить карту сегрегации дифференциально метилированных областей в рекомбинантных инбредных популяциях сои, обнаружив, что лежащий в основе генетический гаплотип не позволяет однозначно предсказать, какое состояние метилирования родителей будет наблюдаться в данном генотипе.[5] Он продемонстрировал, что потеря хромометилазы 3, растения метилтрансфераза устраняет метилирование тела гена, и эта потеря неоднократно происходила у диких видов растений.[6]

Его исследовательская группа работает над использованием эпигенетической изменчивости для изменения фенотипа растений. Они работают с естественными эпимутациями, но также разработали наборы epi-RIL, которые имеют идентичную ДНК, но разное метилирование ДНК.[1][7] Используя человеческий фермент, они могут удалить метилирование специфически нацеленных генов растений, пробуждая гены, которые долгое время бездействовали в геноме.[8][9]

Он также работает над применением профилирования эпигенома для обнаружения некодирующих регуляторных последовательностей у различных видов растений.[1] Его лаборатория определила цис-регуляторные элементы кукурузы, которые контролируют экспрессию генов, расположенных на больших расстояниях в геноме.[10] Они сочетаются ATAC-seq с сортировка ядер с активацией флуоресценции для определения местоположения открытых участков хроматина и фактор транскрипции сайты связывания в геномах растений.[11]

Признание

  • Биомедицинский ученый Pew (2015)[3]
  • Ханс Фишер, научный сотрудник Мюнхенского технического университета (2018)[12]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е https://www.genetics.uga.edu/directory/bob-schmitz
  2. ^ https://news.uga.edu/bob-schmitz/
  3. ^ а б https://www.pewtrusts.org/es/projects/pew-biomedical-scholars/directory-of-pew-scholars/2015/robert-schmitz
  4. ^ Schmitz, Роберт Дж .; Шульц, Мэтью Д .; Urich, Mark A .; Нери, Джозеф Р .; Пелиццола, Маттиа; Либигер, Ондрей; Аликс, Эндрю; Маккош, Ричард Б .; Чен, Хуамин; Щорк, Николас Дж .; Эккер, Джозеф Р. (2013). «Паттерны эпигеномного разнообразия населения». Природа. 495 (7440): 193–198. Bibcode:2013Натура.495..193С. Дои:10.1038 / природа11968. ЧВК 3798000. PMID 23467092.
  5. ^ Schmitz, R.J .; Привет.; Valdes-Lopez, O .; Хан, С. М .; Joshi, T .; Урих, М. А .; Nery, J. R .; Diers, B .; Xu, D .; Стейси, G .; Эккер, Дж. Р. (2013). «Наследование вариантов метилирования цитозина по всему эпигеному в рекомбинантной инбредной популяции». Геномные исследования. 23 (10): 1663–1674. Дои:10.1101 / гр.152538.112. ЧВК 3787263. PMID 23739894.
  6. ^ Бьюик, Адам Дж .; Цзи, Лексян; Niederhuth, Chad E .; Готовы, Ева-Мария; Hofmeister, Brigitte T .; Ши, Сюлин; Ван, Ли; Лу, Зефу; Рор, Николас А .; Хартвиг, Бенджамин; Кифер, Кристиана; Сделка, Роджер Б.; Шмутц, Джереми; Гримвуд, Джейн; Страуд, Хьюм; Jacobsen, Steven E .; Шнеебергер, Корбинян; Чжан, Сяоюй; Шмитц, Роберт Дж. (2016). «О происхождении и эволюционных последствиях метилирования ДНК тела гена». Труды Национальной академии наук. 113 (32): 9111–9116. Дои:10.1073 / pnas.1604666113. ЧВК 4987809. PMID 27457936.
  7. ^ Hofmeister, Brigitte T .; Ли, Кевин; Рор, Николас А .; Холл, Дэвид В .; Шмитц, Роберт Дж. (2017). «Стабильное наследование метилирования ДНК позволяет создавать карты эпигенотипов и изучать образцы наследования эпиаллелей в отсутствие генетических вариаций». Геномная биология. 18 (1): 155. Дои:10.1186 / s13059-017-1288-х. ЧВК 5559844. PMID 28814343.
  8. ^ https://news.uga.edu/uga-researchers-develop-new-method-improve-crops/
  9. ^ Цзи, Лексян; Джордан, Уильям Т .; Ши, Сюлин; Ху, Лулу; Он, Чуан; Шмитц, Роберт Дж. (2018). «TET-опосредованный эпимутагенез метилома Arabidopsis thaliana». Nature Communications. 9 (1): 895. Bibcode:2018НатКо ... 9..895J. Дои:10.1038 / s41467-018-03289-7. ЧВК 5832761. PMID 29497035.
  10. ^ Ricci, William A .; Лу, Зефу; Цзи, Лексян; Marand, Alexandre P .; Этридж, Кристина Л .; Мерфи, Натали Дж .; Noshay, Jaclyn M .; Галли, Мэри; Мехиа-Герра, Мария Катерина; Коломе-Тате, Мария; Йоханнес, Франк; Роули, М. Джордан; Корсес, Виктор Г .; Чжай, Цзисянь; Скэнлон, Майкл Дж .; Баклер, Эдвард С .; Галлавотти, Андреа; Спрингер, Натан М .; Schmitz, Роберт Дж .; Чжан, Сяоюй (2019). «Широко распространенные цис-регуляторные элементы дальнего действия в геноме кукурузы». Природа Растения. 5 (12): 1237–1249. Дои:10.1038 / s41477-019-0547-0. ЧВК 6904520. PMID 31740773.
  11. ^ Лу, Зефу; Hofmeister, Brigitte T .; Воллмерс, Кристофер; Дюбуа, Ребекка М .; Шмитц, Роберт Дж. (2017). «Сочетание ATAC-seq с сортировкой ядер для обнаружения цис-регуляторных областей в геномах растений». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (6): e41. Дои:10.1093 / нар / gkw1179. ЧВК 5389718. PMID 27903897.
  12. ^ https://www.ias.tum.de/active-fellows/schmitz-robert-j/

внешняя ссылка