WikiDer > RybB РНК

RybB RNA
RybB РНК
RF00110.jpg
Идентификаторы
СимволРыбБ
РфамRF00110
Прочие данные
РНК типГен; мРНК
Домен (ы)Бактерии
ТАКТАК: 0000655
PDB структурыPDBe

РыбБ это маленький некодирующая РНК был идентифицирован на большом экране кишечная палочка.[1] Функция этой короткой РНК была изучена с использованием транскриптомного подхода и кинетического анализа распада мРНК-мишени. in vivo. RybB был идентифицирован как фактор, который избирательно ускоряет распад множества основных мРНК omp при индукции стрессового ответа оболочки.[2] Было показано, что эта РНК связывается с Белок Hfq.

В Сальмонелла, экспериментально подтверждено прямое взаимодействие RybB со следующими мишенями: STM2391 (причуда), STM1070 (ompA), STM2267 (ompC), STM1572 (ompD), STM0999 (ompF), STM1473 (ompN), СТМ1995 (ompS), STM1732 (ompW), STM0413 (tsx), STM0687 (ybfM, чиП) и STM1530.[3][4][5][6]

В кишечная палочка, экспериментально подтверждено прямое взаимодействие RybB со следующими мишенями: b0805 (фиу), b0721 (sdhC), b2215 (ompC), b1256 (ompW), b2594 (RluD) и b0081 (mraZ).[7][8][9][10]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Wassarman, KM; Repoila F; Rosenow C; Storz G; Готтесман С (2001). «Идентификация новых малых РНК с использованием сравнительной геномики и микрочипов». Genes Dev. 15 (13): 1637–1651. Дои:10.1101 / gad.901001. ЧВК 312727. PMID 11445539.
  2. ^ Папенфорт, К; Pfeiffer V; Mika F; Lucchini S; Hinton JC; Фогель Дж (2006). «SigmaE-зависимые малые РНК Salmonella реагируют на мембранный стресс, ускоряя глобальный распад мРНК omp». Мол. Микробиол. 62 (6): 1674–1688. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2006.05524.x. ЧВК 1804206. PMID 17427289.
  3. ^ Папенфорт К., Бувье М., Мика Ф, Шарма К.М., Фогель Дж. (2010). «Доказательства автономного 5'-целевого домена распознавания в Hfq-ассоциированной малой РНК». Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (47): 20435–20440. Дои:10.1073 / pnas.1009784107. ЧВК 2996696. PMID 21059903.
  4. ^ Бувье М., Шарма С.М., Мика Ф., Нирхаус К.Х., Фогель Дж. (2008). «Связывание малых РНК с 5'-кодирующей областью мРНК ингибирует инициацию трансляции». Mol Cell. 32 (6): 827–837. Дои:10.1016 / j.molcel.2008.10.027. PMID 19111662.
  5. ^ Бальбонтин Р., Фиорини Ф, Фигероа-Босси Н., Касадесус Дж., Босси Л. (2010). «Распознавание гептамерной посевной последовательности лежит в основе многоцелевой регуляции малой РНК RybB в Salmonella enterica». Мол Микробиол. 78 (2): 380–394. Дои:10.1111 / j.1365-2958.2010.07342.x. PMID 20979336.
  6. ^ Райт, PR (2012). hIntaRNA - Сравнительное предсказание мишеней мРНК у прокариот (Диплом). Альберт-Людвигс-Университет Фрайбурга.
  7. ^ Гоголь Е.Б., Родиус В.А., Папенфорт К., Фогель Дж., Гросс С.А. (2011). «Малые РНК наделяют активатор транскрипции важными репрессорными функциями для одноуровневого контроля глобального стрессового регулона». Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (31): 12875–12880. Дои:10.1073 / pnas.1109379108. ЧВК 3150882. PMID 21768388.
  8. ^ Desnoyers G, Massé E (2012). «Неканоническая репрессия инициации трансляции за счет привлечения малых РНК к РНК-шаперону Hfq». Genes Dev. 26 (7): 726–739. Дои:10.1101 / гад.182493.111. ЧВК 3323883. PMID 22474262.
  9. ^ Йохансен Дж., Расмуссен А.А., Овергаард М, Валентин-Хансен П. (2006). «Консервированные малые некодирующие РНК, которые принадлежат регулону sigmaE: роль в подавлении белков внешней мембраны». Дж Мол Биол. 364 (1): 1–8. Дои:10.1016 / j.jmb.2006.09.004. PMID 17007876.
  10. ^ Райт PR, Рихтер А.С., Папенфорт К., Манн М., Фогель Дж., Хесс В.Р., Бэкофен Р., Георг Дж. (2013). «Сравнительная геномика улучшает предсказание целей для бактериальных малых РНК». Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (37): E3487 – E3496. Дои:10.1073 / pnas.1303248110. ЧВК 3773804. PMID 23980183.

внешняя ссылка