WikiDer > SF3B1

SF3B1
SF3B1
Белок SF3B1 PDB 2f9d.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыSF3B1, Hsh155, MDS, PRP10, PRPF10, SAP155, SF3b155, фактор сплайсинга 3b субъединица 1
Внешние идентификаторыOMIM: 605590 MGI: 1932339 ГомолоГен: 6696 Генные карты: SF3B1
Расположение гена (человек)
Хромосома 2 (человек)
Chr.Хромосома 2 (человек)[1]
Хромосома 2 (человек)
Геномное расположение SF3B1
Геномное расположение SF3B1
Группа2q33.1Начните197,388,515 бп[1]
Конец197,435,091 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE SF3B1 211185 s at fs.png

PBB GE SF3B1 201071 x в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
ВидыЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_001005526
NM_001308824
NM_012433

NM_031179

RefSeq (белок)

NP_001005526
NP_001295753
NP_036565

н / д

Расположение (UCSC)Chr 2: 197.39 - 197.44 МбChr 1: 54.99 - 55.03 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Фактор сплайсинга 3B субъединица 1 это белок что у людей кодируется SF3B1 ген.[5][6]

Функция

Этот ген кодирует субъединицу 1 белкового комплекса фактора сплайсинга 3b. Фактор сплайсинга 3b вместе с фактором сплайсинга 3a и единицей 12S РНК образует комплекс малых ядерных рибонуклеопротеидов U2 (U2 snRNP). Комплекс фактора сплайсинга 3b / 3a связывает пре-мРНК перед сайтом ответвления интрона независимым от последовательности образом и может прикрепить U2 snRNP к пре-мРНК. Фактор сплайсинга 3b также является компонентом минорной сплайсосомы типа U12. Карбокси-концевые две трети субъединицы 1 имеют 22 неидентичных тандемных ТЕПЛО повторяется которые образуют стержневидные спиральные структуры. Альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.[6]

Взаимодействия

SF3B1 показал взаимодействовать с участием:

Клиническая значимость

Мутации в этом гене неоднократно наблюдались при запущенном хроническом лимфолейкозе,[12] миелодиспластические синдромы[13] и рак молочной железы.[14] Мутации SF3B1 обнаруживаются у 60-80% пациентов с рефрактерной анемией с кольцевыми сидеробластами (RARS; миелодиспластический синдром) или RARS с тромбоцитозом (RARS-T; миелодиспластический синдром / миелопролиферативное новообразование). Также появляется все больше данных, позволяющих предположить, что мутации SF3B1 вовлечены в меланому орбиты.

использованная литература

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000115524 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000025982 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Ван С., Чуа К., Сегеззи В., Лис Е., Гозани О., Рид Р. (май 1998 г.). «Фосфорилирование сплайсосомного белка SAP 155 в сочетании с катализом сплайсинга». Гены и развитие. 12 (10): 1409–14. Дои:10.1101 / gad.12.10.1409. ЧВК 316838. PMID 9585501.
  6. ^ а б «Ген Entrez: фактор сплайсинга SF3B1 3b, субъединица 1, 155 кДа».
  7. ^ Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (декабрь 2000 г.). «Функциональный анализ человеческого комплекса CDC5L и идентификация его компонентов с помощью масс-спектрометрии». Журнал EMBO. 19 (23): 6569–81. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6569. ЧВК 305846. PMID 11101529.
  8. ^ а б c d Will CL, Urlaub H, Achsel T., Gentzel M, Wilm M, Lührmann R (сентябрь 2002 г.). «Характеристика новых белков snRNP SF3b и 17S U2, включая гомолог человеческого Prp5p и белок DEAD-бокса SF3b». Журнал EMBO. 21 (18): 4978–88. Дои:10.1093 / emboj / cdf480. ЧВК 126279. PMID 12234937.
  9. ^ Боудрез А., Бойлленс М., Велькенс Э., Стальманс В., Боллен М. (август 2002 г.). «Зависимое от фосфорилирования взаимодействие факторов сплайсинга SAP155 и NIPP1». Журнал биологической химии. 277 (35): 31834–41. Дои:10.1074 / jbc.M204427200. PMID 12105215.
  10. ^ а б Дас Б.К., Ся Л., Паланджан Л., Гозани О, Чьюнг Й., Рид Р. (октябрь 1999 г.). «Характеристика белкового комплекса, содержащего сплайсосомные белки SAPs 49, 130, 145 и 155». Молекулярная и клеточная биология. 19 (10): 6796–802. Дои:10.1128 / mcb.19.10.6796. ЧВК 84676. PMID 10490618.
  11. ^ Will CL, Schneider C, MacMillan AM, Katopodis NF, Neubauer G, Wilm M, Lührmann R, Query CC (август 2001 г.). «Новый белок snRNP U2 и U11 / U12, который связывается с участком разветвления пре-мРНК». Журнал EMBO. 20 (16): 4536–46. Дои:10.1093 / emboj / 20.16.4536. ЧВК 125580. PMID 11500380.
  12. ^ Quesada V, Conde L, Villamor N, Ordóñez GR, Jares P, Bassaganyas L, Ramsay AJ, Beà S, Pinyol M, Martínez-Trillos A, López-Guerra M, Colomer D, Navarro A, Baumann T., Aymerich M, Rozman M, Delgado J, Giné E, Hernández JM, González-Díaz M, Puente DA, Velasco G, Freije JM, Tubío JM, Royo R, Gelpí JL, Orozco M, Pisano DG, Zamora J, Vázquez Mmel, Himbauer A, H, Bayés M, Heath S, Gut M, Gut I, Estivill X, López-Guillermo A, Puente XS, Campo E, López-Otín C (январь 2012 г.). «Секвенирование экзома выявляет повторяющиеся мутации гена фактора сплайсинга SF3B1 при хроническом лимфолейкозе». Природа Генетика. 44 (1): 47–52. Дои:10,1038 / нг.1032. PMID 22158541. S2CID 205343043.
  13. ^ Мальковати Л., Папаэммануил Е., Боуэн Д. Т., Боултвуд Дж., Делла Порта М. Г., Паскутто С., Траваглино Е., Гровс М. Дж., Годфри А. Л., Амбальо I, Галли А., Да Виа МС, Конте С., Тауро С., Кинан Н., Хислоп А., Хинтон Дж., Муди Л.Дж., Уэйнскоат Дж. С., Футреал ПА, Страттон М.Р., Кэмпбелл П.Дж., Хеллстрём-Линдберг Э., Каццола М. (декабрь 2011 г.). «Клиническое значение мутации SF3B1 при миелодиспластических синдромах и миелодиспластических / миелопролиферативных новообразованиях». Кровь. 118 (24): 6239–46. Дои:10.1182 / blood-2011-09-377275. ЧВК 3236114. PMID 21998214.
  14. ^ Koboldt, Daniel C .; Фултон, Роберт С .; Маклеллан, Майкл Д .; Шмидт, Хизер; Калицки-Вейзер, Жоэль; МакМайкл, Джошуа Ф .; Fulton, Lucinda L .; Dooling, Дэвид Дж .; Дин, Ли; Mardis, Elaine R .; Уилсон, Ричард К .; Элли, Адриан; Баласундарам, Мируна; Баттерфилд, Ярон С. Н .; Карлсен, Ребекка; Картер, Кэндис; Чу, Энди; Чуах, Эрик; Chun, Hye-Jung E .; Куп, Робин Дж. Н .; Дхалла, Норин; Гуин, Ранабир; Херст, Кэрри; Херст, Мартин; Холт, Роберт А.; Ли, Дарлин; Li, Haiyan I .; Майо, Майкл; Мур, Ричард А .; и другие. (Октябрь 2012 г.). «Комплексные молекулярные портреты опухолей груди человека». Природа. 490 (7418): 61–70. Дои:10.1038 / природа11412. ЧВК 3465532. PMID 23000897.

дальнейшее чтение