WikiDer > Оценка моделирования шаблона

В биоинформатика, то оценка моделирования шаблона или же TM-оценка это мера сходства между двумя белковые структуры с разными третичные структуры. TM-оценка предназначена для более точного измерения качества полноразмерных белковых структур, чем часто используемый RMSD мера. TM-оценка показывает разницу между двумя структурами по шкале между ${ displaystyle (0,1]}$, где 1 означает идеальное совпадение двух структур (чем выше, тем лучше).^[1] Обычно оценки ниже 0,20 соответствуют случайно выбранным неродственным белкам, тогда как структуры с оценкой выше 0,5 предполагают примерно такую ​​же кратность.^[2] Количественное исследование ^[3]показывает, что белки с TM-оценкой = 0,5 имеют апостериорная вероятность 37% в том же CATH семейство топологий и 13% в том же SCOP сложить семью. Вероятность быстро увеличивается, когда TM-score> 0,5. TM-оценка не зависит от длины белка. Алгоритм Global Distance Test (GDT) и его оценка GDT TS, представляющая «общую оценку», являются еще одним показателем сходства между двумя белковые структуры с известными аминокислотными соответствиями (например, идентичные аминокислотные последовательности) но разные третичные структуры.^[4]

Уравнение

${ displaystyle { text {TM-score}} = max left [{ frac {1} {L _ { text {target}}}} sum _ {i} ^ {L _ { text {выровнено} }} { frac {1} {1+ left ({ frac {d_ {i}} {d_ {0} (L _ { text {target}})}} right) ^ {2}}} верно]}$

куда ${ displaystyle L _ { text {target}}}$ и ${ displaystyle L _ { text {выровнено}}}$ представляют собой длины аминокислотных последовательностей целевого белка и выровненной области соответственно. ${ displaystyle d_ {i}}$ это расстояние между ${ displaystyle i}$-я пара остатков и

${ displaystyle d_ {0} (L _ { text {target}}) = 1,24 { sqrt [{3}] {L _ { text {target}} - 15}} - 1,8}$

шкала расстояний, нормализующая расстояния.

Смотрите также

• RMSD - другая мера сравнения структур
• GDT - другая мера сравнения структур
• Самый длинный непрерывный сегмент (LCS) - Другая мера сравнения структур
• Расчет глобального расстояния (GDC_sc, GDC_all) - Меры сравнения структур, которые используют информацию полной модели (а не только α-углерод) для оценки сходства
• Локальное глобальное выравнивание (LGA) - Программа выравнивания структуры белков и мера сравнения структур

Рекомендации

внешняя ссылка

• Веб-сервер TM-score - исследовательской группой Ян Чжана. Рассчитывает TM-score и предоставляет исходный код.
• Описание GDT и LGA услуги и документация по сопоставлению структур и мерам сходства.