WikiDer > Вневременный (ген)

Timeless (gene)
вневременной
Идентификаторы
ОрганизмD. melanogaster
СимволТим
Entrez33571
RefSeq (мРНК)NM_164542
RefSeq (Prot)NP_722914
UniProtP49021
Прочие данные
Хромосома2L: 3,49 - 3,51 Мб

Вне времени (Тим) является геном у нескольких видов, но наиболее известен своей ролью в Дрозофила для кодирования TIM, важного белка, регулирующего циркадный ритм. Вне времени мРНК и белок ритмично колеблются со временем как часть петли отрицательной обратной связи транскрипции-трансляции, включающей период (на) ген и его белок.

Открытие

В 1994 г. вневременной был обнаружен через прямой генетический скрининг в исполнении Джеффри Л. Прайс работая в лаборатории Майкл В. Янг.[1] Этот ген был обнаружен, когда они заметили аритмичный Тим01 мутант через P элемент экран.[2][3] Тим01 Мутация вызвала аритмическое поведение, определяемое отсутствием способности устанавливать правильные циркадные ритмы.[1] В 1995 году вневременной ген был клонирован Амита Сегал и партнеры в лаборатории Майкла У. Янга.[4] В отличие от дрозофилы вневременной ген, гомологи были обнаружены у других видов, не являющихся необходимыми для циркадного ритма.[5] Открытие вневременной после открытия период мутантов в 1971 году путем прямого генетического скрининга, клонирование на в 1984 г. и эксперимент, определяющий, что на суточный ритм в 1990 году. Это произошло в период быстрого роста в области хронобиология в 1990-е гг.

Структура

Вневременной, N-терминал
Идентификаторы
СимволБЕСПЛАТНО
PfamPF04821
ИнтерПроIPR006906

Длина кодирующей области дрозофилы вневременной ген составляет 4029 пар оснований, из которых 1398 аминокислота белок транскрибируется.[6] Ген начинается с консенсусного кэп-сайта перед метионин кодон. Он содержит 11 экзоны и 10 интроны. В различных Дрозофила виды, вневременной белок TIM содержит больше высококонсервативных функциональных доменов и аминокислотной последовательности, чем его аналог, PER (белок, кодируемый на). CLD был наименее консервативным из этих регионов между D. virilis и D. melanogaster.[6] Эти консервативные части включают: домен взаимодействия PER, сигнал ядерной локализации (NLS), домен цитоплазматической локализации (CLD), N-концевой конец (нефункциональный), и C-терминал конец.[6] Также известно, что у TIM есть основная область, которая взаимодействует с PAS домен белка PER и центральной кислотной области. Также существует область неизвестной функции около N-конца белка TIM, которая содержит последовательность из 32 аминокислот, которая при удалении вызывает аритмическое поведение у мухи. У различных видов дрозофил, таких как D. virilis и D. melanogaster, инициирующий метионин для трансляции вневременной ген в TIM находится в разных местах, причем D. virilis стартовый сайт ниже по течению от стартового сайта в D. melanogaster.[6]

Вне времени гомологи

тайм-аут
Идентификаторы
ОрганизмDrosophila melanogaster
СимволТим-2
UniProtQ8INH7
Тайм-аут, C-терминал (PAB)
4XHT asyr r 250.jpg
БЕЗВРЕМЕННЫЙ ПАВ человека
Идентификаторы
СимволTIMELESS_C
PfamPF05029
ИнтерПроIPR006906

Гомолог дрозофилы

В вневременной ген является важным компонентом молекулярных циркадных часов в Дрозофила.[3] Как было отмечено в совместных исследованиях, проведенных лабораториями Майкла У. Янга и Амиты Сегал, он действует как часть петли ауторегуляторной обратной связи в сочетании с периодом (на) генным продуктом.[7] Дальнейшие исследования лабораторий Янга, Сегала, Чарльза Вейца и Михаил Росбаш указал, что вневременной белок (ТИМ) и период белок (PER) образуют гетеродимер, который проявляет циркадные ритмы у дикого типа Дрозофила.[8][9] Исследователи лаборатории Росбаша также показали, что Тим Уровни мРНК и уровни белка TIM имеют циркадные ритмы, похожие на ритмы период (на) мРНК и ее продукт.[8][10][11] Эксперименты, проведенные совместно лабораториями Вейца, Янга и Сегала с использованием дрожжевой 2-гибрид доказал, что TIM напрямую связывается с PER.[12] Ранним вечером PER и TIM димеризуются и накапливаются. Поздно ночью димер перемещается в ядро, чтобы ингибировать на и Тим транскрипция. В 1996 году команды Сегала, Эдери и Янга обнаружили, что воздействие света приводит к деградации TIM, а затем и PER.[1][11][13]

Гетеродимер PER / TIM отрицательно регулирует транскрипцию период (на) и вневременной (Тим) гены. В рамках этой петли отрицательной обратной связи сначала гетеродимеры PER / TIM образуются в цитоплазме, накапливаются, а затем перемещаются в ядро.[14] Затем комплекс блокирует положительные факторы транскрипции. Часы (CLK) и цикл (CYC), тем самым подавляя транскрипцию на.

Как часть циркадных часов, вневременной необходимо для увлечение к циклам свет-темнота (LD). Типичная продолжительность периода автономной работы Дрозофила составляет 23,9 часа, что требует адаптации к 24-часовому экологическому циклу.[15] Адаптация сначала начинается с воздействия света. Этот процесс приводит к быстрой деградации белка TIM, позволяя организмам на рассвете вовлекаться в экологические циклы.[16]

Циркадные часы дрозофилы

В циклах свет-темнота уровень белка TIM быстро снижается поздно ночью / ранним утром, после чего следуют аналогичные, но более постепенные изменения уровня белка PER. Ухудшение TIM не зависит от на и его белок, и высвобождает PER из комплекса PER / TIM.[8] В некоторых типах клеток белок фоторецептора криптохром (CRY) физически связывается с TIM и помогает регулировать светозависимую деградацию. CRY активируется синим светом, который связывается с TIM и маркирует его для ухудшения качества.[17] Это завершает репрессию PER / TIM опосредованной CLK / CYC транскрипции на и Тим гены, позволяющие на и Тим мРНК должна быть произведена для перезапуска цикла.[8]

Этот механизм позволяет мухам привлекать световые сигналы окружающей среды. Когда Дрозофила получать световые входы в начале субъективной ночи, вызванная светом деградация TIM вызывает задержку накопления TIM, что создает фазовую задержку.[17] Когда световые потоки поступают поздней субъективной ночью, световой импульс вызывает ухудшение TIM раньше, чем при нормальных условиях, что приводит к сдвигу фазы.[17]

В Дрозофилаотрицательный регулятор PER из комплекса PER / TIM в конечном итоге деградирует казеиновая киназа-опосредованный фосфорилирование цикл, допускающий колебания экспрессии генов в соответствии с сигналами окружающей среды. Эти белки опосредуют колеблющуюся экспрессию фактора транскрипции. ВРИЛЬ (VRI), необходимая для ритмичности поведения, на и Тим выражение и накопление PDF (фактор диспергирования пигмента).[16]

Gryllus bimaculatus (двупятнистый сверчок) гомолог

Вне времени не является существенным для колебаний циркадных часов у всех насекомых. В диком виде Gryllus bimaculatus, Тим мРНК показывает ритмическую экспрессию как в LD, так и в DD (темные-темные циклы), аналогичную таковой у на, пик в течение субъективной ночи. При введении Тим двухцепочечная РНК (dstim), Тим Уровни мРНК были значительно снижены, и ритм ее суточной экспрессии был устранен. После dstim Однако взрослые сверчки показали четкий локомоторный ритм в постоянной темноте, с периодом свободного бега, значительно короче, чем у контрольных сверчков, которым вводили Discosoma sp. Red2 (DsRed2) дцРНК. Эти результаты показывают, что в крикете Тим играет некоторую роль в точной настройке периода автономной работы, но может не иметь существенного значения для колебаний циркадных часов.[5]

Гомолог млекопитающих

В 1998 году исследователи идентифицировали гомолог мыши и гомолог человека Дрозофила вневременной ген.[18] Точная роль TIM у млекопитающих до сих пор неясна. Недавние работы по млекопитающим вневременной (mTim) у мышей предположил, что ген может не играть такую ​​же важную роль у млекопитающих, как у Дрозофила как необходимая функция циркадных часов.[19] Пока Тим выражается в Супрахиазматическое ядро (SCN), который считается основным осциллятором у людей, его транскрипция не колеблется ритмично в постоянных условиях, а белок TIM остается в ядре.[19][20]

Циркадные часы млекопитающих

Тем не мение, mTim показано, что он необходим для эмбрионального развития у мышей, что указывает на иную функцию гена, чем у Дрозофила. Это предполагает расхождение между часами млекопитающих и Дрозофила Часы.[19] Более того, млекопитающие Тим более ортологичен Тим-2 (Тайм-аут) паралог Дрозофила Вне времени ген, чем сам ген.[21] Нравиться Тим-2ортологи млекопитающих имеют С-конец PARP1-binding (PAB) домен. Комплекс, из которого они продвигаются гомологичная рекомбинация Ремонт ДНК.[22]

В вневременной Считается, что белок напрямую связывает клеточный цикл с циркадным ритмом у млекопитающих. В этой модели. называется «прямая связь»,[23] два цикла имеют общий ключевой белок, экспрессия которого имеет циркадный характер. Тим в Дрозофила в создании циркадного ритма достигается Плакать у млекопитающих. У млекопитающих Плакать и За транскрипция активируется ЧАСЫ/BMAL1 комплекс и подавляется комплексом PER / CRY.[24]

Люди

вневременной гомолог (Человек)
Идентификаторы
СимволБЕСПЛАТНО
Альт. символыhTIM
Ген NCBI8914
HGNC11813
OMIM603887
RefSeqNM_003920
UniProtQ9UNS1
Прочие данные
LocusChr. 12 q12-q13

Человек вневременной белок (hTIM), как было показано, необходим для производства электрических колебаний, выводимых супрахиазматическое ядро (SCN), главные часы, управляющие всеми тканевыми циркадными ритмами организма.[25] Этот белок также взаимодействует с продуктами основных часовых генов. ЧАСЫ, BMAL, PER1, PER2 и PER3.

Санкар и коллеги исследовали, играет ли hTIM аналогичную роль ортологов в C. elegans и другие типы дрожжей, которые, как известно, играют важную роль в клеточный цикл.[23] Их эксперименты показали, что hTIM играет важную роль в G2 / M и контрольные точки внутри-S-клеточного цикла.[23] Что касается контрольной точки G2 / M, hTIM связывается с субъединицей ATRIP на ATR - протеинкиназа, чувствительная к повреждению ДНК. Это связывание между hTIM и ATR затем приводит к фосфорилированию Chk1, что приводит к остановке клеточного цикла или апоптозу.[23] Этот процесс служит важным средством контроля, чтобы остановить распространение клеток с повреждением ДНК до митотический разделение. Роль hTIM в контрольной точке внутри S менее ясна на молекулярном уровне; однако подавление hTIM приводит к увеличению скорости генерации репликационных вилок - даже при наличии повреждений ДНК и других регуляторных реакций.[23]

Текущее исследование

В Вне времени Также было обнаружено, что ген влияет на развитие заболеваний у людей. Подавление вневременной Ген в клетках карциномы человека приводит к укорочению теломер, что указывает на его роль в поддержании длины теломер. Связанные с теломерами повреждения ДНК также увеличиваются в вневременной истощенные клетки, наряду с задержкой репликации теломер. Swi1 - это вневременнойродственный белок, необходимый для репликации ДНК в области теломер.[26] Эта связь между вневременной а теломеры указывают на возможную связь гена с раком.[27]

Замена однонуклеотидного полиморфизма, приводящая к трансформации глутамин к аргинин в аминокислотной последовательности у человека вечный ген не показывает никакой связи ни с утренними, ни с вечерними тенденциями у людей.[28] Это согласуется с другими исследованиями, предполагающими, что htim не важен в циркадном ритме человека.

В настоящее время обнаруживается, что Timeless чрезмерно экспрессируется во многих различных типах опухолей. В исследовании с использованием Timeless-targeting миРНК oligos, за которым следует микромассив экспрессии всего генома, а также сетевой анализ. Дальнейшее тестирование Timeless подавления скорости пролиферации клеток линии рака шейки матки и груди. Было обнаружено, что повышенная экспрессия Timeless была значительно связана с более поздней стадией опухоли и худшим прогнозом рака груди.[29] Сходство сигнатур экспрессии генов позволило определить TIMELESS как супрессор киназ Рас-1 (KSR1) -подобная и потенциальная мишень, необходимая для выживания раковых клеток. БЕСПЛАТНАЯ сверхэкспрессия представляет собой уязвимость в опухолях, управляемых Ras, которая предлагает потенциальное понимание новых и селективных мишеней, обнаруженных в раковых опухолях, управляемых Ras, которые могут быть использованы для разработки селективных и более эффективных терапевтических средств.[30]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Панда С., Хогенеш Дж. Б., Кей С. А. (май 2002 г.). «Циркадные ритмы от мух к человеку». Природа. 417 (6886): 329–35. Дои:10.1038 / 417329a. PMID 12015613. S2CID 4410192.
  2. ^ Линь Л., Фарако Дж., Ли Р., Кадотани Х., Роджерс В., Линь Икс, Цю Х, де Йонг П. Дж., Нишино С., Миньот Е. (август 1999 г.). «Нарколепсия собак, вызванная нарушением сна, вызвана мутацией в гене рецептора 2 гипокретина (орексина)». Клетка. 98 (3): 365–76. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81965-0. PMID 10458611. S2CID 902666.
  3. ^ а б Сегал А., Прайс Дж. Л., Мэн Б., Янг М. В. (март 1994 г.). «Потеря циркадных поведенческих ритмов и колебаний каждой РНК у мутанта Drosophila вне времени». Наука. 263 (5153): 1603–6. Дои:10.1126 / science.8128246. PMID 8128246.
  4. ^ М.П. Майерс, Вейджер-Смит К., Уэсли С.С., Янг М.В., Сегал А. (ноябрь 1995 г.). «Позиционное клонирование и анализ последовательности гена часов Drosophila, вне времени». Наука. 270 (5237): 805–8. Дои:10.1126 / science.270.5237.805. PMID 7481771. S2CID 3211623.
  5. ^ а б Данбара Ю., Сакамото Т., Урю О, Томиока К. (декабрь 2010 г.). «Вмешательство РНК вневременного гена не нарушает циркадных локомоторных ритмов у сверчка Gryllus bimaculatus». Журнал физиологии насекомых. 56 (12): 1738–1745. Дои:10.1016 / j.jinsphys.2010.07.002. PMID 20637213.
  6. ^ а б c d Оусли А., Зафаруллах К., Чен И., Эмерсон М., Хикман Л., Сегал А. (февраль 1998 г.). «Консервативные области гена вневременных (временных) часов у дрозофилы проанализированы с помощью филогенетических и функциональных исследований». Генетика. 148 (2): 815–25. ЧВК 1459808. PMID 9504927.
  7. ^ Сегал А., Ротенфлу-Хилфикер А., Хантер-Энсор М., Чен Ю., Майерс М.П., ​​Янг М.В. (ноябрь 1995 г.). «Ритмическое выражение вневременного: основа для продвижения циркадных циклов в период ауторегуляции генов». Наука. 270 (5237): 808–10. Дои:10.1126 / science.270.5237.808. PMID 7481772. S2CID 38151127.
  8. ^ а б c d Цзэн Х., Цянь З., Майерс М.П., ​​Росбаш М. (март 1996 г.). «Механизм захвата света для циркадных часов дрозофилы». Природа. 380 (6570): 129–35. Дои:10.1038 / 380129a0. PMID 8600384. S2CID 239957.
  9. ^ Гекакис Н., Саез Л., Делахай-Браун А.М., Майерс М.П., ​​Сегал А., Янг М.В., Вайц С.Дж. (ноябрь 1995 г.). «Выделение вневременного с помощью взаимодействия белков PER: несовершенное взаимодействие между вневременным белком и долгопериодическим мутантом PERL». Наука. 270 (5237): 811–5. Дои:10.1126 / science.270.5237.811. JSTOR 2888932. PMID 7481773. S2CID 39193312.
  10. ^ Хантер-Энсор М., Оусли А., Сегал А. (март 1996 г.). «Регуляция белка дрозофилы вне времени предполагает механизм сброса циркадных часов с помощью света». Клетка. 84 (5): 677–85. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 81046-6. PMID 8625406. S2CID 15049039.
  11. ^ а б Myers MP, Wager-Smith K, Rothenfluh-Hilfiker A, Young MW (март 1996). «Индуцированная светом деградация БЕСПЛАТНОГО и увлечение циркадных часов дрозофилы». Наука. 271 (5256): 1736–40. Дои:10.1126 / science.271.5256.1736. PMID 8596937. S2CID 6811496.
  12. ^ Броды ТБ. «Имя гена - вечное». Интерактивная муха, Дрозофила. Общество биологии развития. Получено 9 апреля 2015.
  13. ^ Ли К., Парих В., Ицукаити Т., Пэ К., Эдери И. (март 1996 г.). «Сброс часов Drosophila с помощью световой регуляции PER и комплекса PER-TIM». Наука. 271 (5256): 1740–4. Дои:10.1126 / science.271.5256.1740. PMID 8596938. S2CID 24416627.
  14. ^ Ван Гельдер Р.Н. (ноябрь 2006 г.). «Вневременные гены и джетлаг». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (47): 17583–17584. Дои:10.1073 / pnas.0608751103. ЧВК 1693787. PMID 17101961.
  15. ^ Петерсен G, Холл JC, Росбаш М (декабрь 1988 г.). «Периодический ген Drosophila несет в себе специфичные для вида поведенческие инструкции». Журнал EMBO. 7 (12): 3939–47. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1988.tb03280.x. ЧВК 454986. PMID 3208755.
  16. ^ а б Ротенфлу А., Янг М. В., Саез Л. (май 2000 г.). «БЕСПЛАТНАЯ независимая функция для белков PERIOD в часах Drosophila». Нейрон. 26 (2): 505–14. Дои:10.1016 / S0896-6273 (00) 81182-4. PMID 10839368. S2CID 18339087.
  17. ^ а б c Аллада Р., Чанг BY (март 2010 г.). «Циркадная организация поведения и физиология у дрозофилы». Ежегодный обзор физиологии. 72: 605–24. Дои:10.1146 / annurev-physicol-021909-135815. ЧВК 2887282. PMID 20148690.
  18. ^ Коике Н., Хида А., Нумано Р., Хиросе М., Сакаки Ю., Тей Х. (декабрь 1998 г.). «Идентификация гомологов гена timeless дрозофилы Timeless1 у млекопитающих». Письма FEBS. 441 (3): 427–431. Дои:10.1016 / S0014-5793 (98) 01597-X. PMID 9891984. S2CID 32212533.
  19. ^ а б c Готтер А.Л., Манганаро Т., Уивер Д.Р., Колаковски Л.Ф., Поссиденте Б., Шрирам С., Маклафлин Д.Т., Репперт С.М. (август 2000 г.). «Бесконечная функция мыши вне времени». Природа Неврология. 3 (8): 755–756. Дои:10.1038/77653. PMID 10903565. S2CID 19234588.
  20. ^ Молодой М.В., Кей С.А. (сентябрь 2001 г.). «Часовые пояса: сравнительная генетика циркадных часов». Природа Обзоры Генетика. 2 (9): 702–715. Дои:10.1038/35088576. PMID 11533719. S2CID 13286388.
  21. ^ Бенна С., Сканнапеко П., Пиччин А., Сандрелли Ф., Зордан М., Розато Е., Кириаку С. П., Валле Г., Коста-Р (июль 2000 г.). «Второй вневременной ген у Drosophila имеет большее сходство последовательностей с тимом млекопитающих». Текущая биология. 10 (14): R512 – R513. Дои:10.1016 / S0960-9822 (00) 00594-7. PMID 10899011. S2CID 36451473.
  22. ^ Xie S, Mortusewicz O, Ma HT, Herr P, Poon RY, Poon RR, Helleday T, Qian C (октябрь 2015 г.). «Timeless взаимодействует с PARP-1, способствуя восстановлению гомологичной рекомбинации». Молекулярная клетка. 60 (1): 163–76. Дои:10.1016 / j.molcel.2015.07.031. PMID 26344098.
  23. ^ а б c d е Унсал-Качмаз К., Муллен Т.Э., Кауфманн В.К., Санкар А. (апрель 2005 г.). «Соединение циркадных и клеточных циклов человека вневременным белком». Молекулярная и клеточная биология. 25 (8): 3109–16. Дои:10.1128 / MCB.25.8.3109-3116.2005. ЧВК 1069621. PMID 15798197.
  24. ^ Gustafson CL, Partch CL (январь 2015 г.). «Новые модели молекулярных основ суточного ритма млекопитающих». Биохимия. 54 (2): 134–49. Дои:10.1021 / bi500731f. ЧВК 4303291. PMID 25303119.
  25. ^ Gillette MU, Tyan SH (01.01.2009). «Экспрессия циркадных генов в супрахиазматическом ядре». В Squire LR (ред.). Энциклопедия неврологии. Оксфорд: Academic Press. С. 901–908. Дои:10.1016 / B978-008045046-9.01596-5. ISBN 978-0-08-045046-9.
  26. ^ Gadaleta MC, González-Medina A, Noguchi E (ноябрь 2016 г.). «Вечная защита теломер». Текущая генетика. 62 (4): 725–730. Дои:10.1007 / s00294-016-0599-х. ЧВК 5056121. PMID 27068713.
  27. ^ Leman AR, Dheekollu J, Deng Z, Lee SW, Das MM, Lieberman PM, Noguchi E (июнь 2012 г.). «Timeless сохраняет длину теломер, способствуя эффективной репликации ДНК через теломеры человека». Клеточный цикл. 11 (12): 2337–47. Дои:10.4161 / cc.20810. ЧВК 3383593. PMID 22672906.
  28. ^ Педраццоли М., Линг Л., Финн Л., Кубин Л., Янг Т., Катценберг Д., Миньот Е. (2000). «Полиморфизм вневременного гена человека не связан с дневными предпочтениями у нормальных взрослых». Исследование сна онлайн. 3 (2): 73–6. PMID 11382904.
  29. ^ Мао Ю., Фу А., Лидер Д., Чжэн Т., Чен К., Чжу Ю. (октябрь 2013 г.). «Потенциальная связанная с раком роль циркадного гена TIMELESS, подтвержденная профилированием экспрессии и анализами in vitro». BMC Рак. 13: 498. Дои:10.1186/1471-2407-13-498. ЧВК 3924353. PMID 24161199.
  30. ^ Климер Б.К., Фишер К.В., Келли Д.Л., Уайт М.А., Льюис Р.Э. (22.07.2016). "Abstract 1252: TIMELESS является KSR1-подобным эффектором Ras-управляемого туморогенеза толстой кишки". Исследования рака. 76 (14 приложение): 1252. Дои:10.1158 / 1538-7445.am2016-1252.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка