WikiDer > Tristromaviridae

Tristromaviridae


Tristomaviridae
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:incertae sedis
Королевство:incertae sedis
Тип:incertae sedis
Учебный класс:incertae sedis
Заказ:incertae sedis
Семья:Tristromaviridae
Род:Альфатристромавирус
Типовой вид
Нитчатый вирус Pyrobaculum 1

Альфатристромавирус (ранее: Alphalipothrixvirus) - единственный род вирусы в семье Tristromaviridae.[1] В теплолюбивый археи родов Термопротеус и Pyrobaculum служат естественными хозяевами. В настоящее время в этом роде всего два вида: Thermoproteus tenax вирус 1[2] и типовые виды Нитчатый вирус Pyrobaculum 1[3] Раньше род относился к семейству Lipothrixviridae порядка Ligamenvirales.[4] Однако из-за отсутствия сходства последовательностей TTV1 и PFV1 с другими членами Lipothrixviridae, род Alphalipothrixvirus был переименован в Альфатристромавирус и переехал в отдельную семью, Tristromaviridae.[1][5]

Таксономия

Группа: dsDNA

[3]

Структура

Вирусы в роду Альфатристромавирус охватывают стержневой геометрией. Диаметр составляет около 38 нм, длина - 410 нм. Геномы линейны, их длина составляет около 15,9 килобайт. Вирион TTV1 содержит четыре кодируемых вирусом белка TP1-4.[2][6] Эти белки не обнаруживают какого-либо сходства последовательностей со структурными белками вирусов из других семейств, включая липотриксвирусы. Нуклеокапсидный белок TP1, по-видимому, произошел от эндонуклеазы Cas4, консервативного компонента адаптивного иммунитета CRISPR-Cas, что представляет собой первый описанный случай экзаптации фермента для функции вирусного капсидного белка.[7] Структура вириона с высоким разрешением была определена с помощью крио-ЭМ для нитчатого вируса Pyrobaculum 2 (PFV2), вируса, тесно связанного с PFV1, который представляет типовой вид.[8] Структура показала, что нуклеокапсид образован из двух основных белков капсида (MCP1 и MCP2). MCP1 и MCP2 образуют гетеродимер, который оборачивается вокруг линейного генома дцДНК, трансформируя его в А-форму. Взаимодействие между геномом и MCP приводит к конденсации генома в суперспираль вириона.[8] Спиральный нуклеокапсид окружен липидной оболочкой и содержит другие вирусные белки, из которых VP3 является наиболее распространенным.[5] Структура MCP, а также организация вирионов тристромавирусов подобны таковым у членов семейств. Rudiviridae[9] и Lipothrixviridae,[10][11] которые вместе составляют порядок Ligamenvirales. Из-за этих структурных сходств порядок Ligamenvirales и семья Tristromaviridae были предложены для объединения в класс Tokiviricetes (toki означает «нить» на грузинском языке, а viricetes - официальный суффикс класса вирусов).[8]

РодСтруктураСимметрияКапсидГеномное расположениеГеномная сегментация
АльфатристромавирусСтержневидныйСпиральныйОкутанныйЛинейныйОдночастный

Жизненный цикл

Репликация вируса происходит в цитоплазме. Попадание в хозяйскую клетку достигается путем адсорбции на хозяйской клетке. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Гипертермофильные и нейтрофильные археи родов Thermoproteus и Pyrobaculum служат естественными хозяевами. Вирионы высвобождаются путем лизиса. Пути передачи - пассивное распространение.[3][2]

РодДетали хостаТканевый тропизмДетали входаДетали выпускаСайт репликацииСайт сборкиПередача инфекции
АльфатристромавирусАрхеи: Thermoproteus, PyrobaculumНиктоИнъекцияЛизисЦитоплазмаЦитоплазмаПассивная диффузия

Рекомендации

  1. ^ а б Прангишвили, Д; Rensen, E; Мотидзуки, Т; Крупович, М; Отчет ICTV, Консорциум (февраль 2019 г.). "Профиль таксономии вирусов ICTV: Tristromaviridae". Журнал общей вирусологии. 100 (2): 135–136. Дои:10.1099 / jgv.0.001190. PMID 30540248.
  2. ^ а б c «Вирусная зона». ExPASy. Получено 12 июн 2015.
  3. ^ а б c "Отчет ICTV Tristromaviridae".
  4. ^ Janekovic, D .; Wunderl, S .; Holz, I .; Zillig, W .; Gierl, A .; Нойман, Х. (1 октября 1983 г.). «TTV1, TTV2 и TTV3, семейство вирусов чрезвычайно термофильных, анаэробных, снижающих содержание серы архебактерий Thermoproteus tenax». MGG Молекулярная и общая генетика. 192 (1–2): 39–45. Дои:10.1007 / BF00327644.
  5. ^ а б Ренсен, EI; Мотидзуки, Т; Quemin, E; Schouten, S; Крупович, М; Прангишвили, Д (2016). «Вирус гипертермофильных архей с уникальной архитектурой среди ДНК-вирусов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 113 (9): 2478–83. Bibcode:2016ПНАС..113.2478Р. Дои:10.1073 / pnas.1518929113. ЧВК 4780613. PMID 26884161.
  6. ^ Нойман, Хорст; Швасс, Фолькер; Экерскорн, Кристоф; Циллиг, Вольфрам (1989). «Идентификация и характеристика генов, кодирующих три структурных белка вируса TTV1 Thermoproteus tenax». MGG Молекулярная и общая генетика. 217 (1): 105–110. Дои:10.1007 / BF00330948.
  7. ^ Крупович М., Цвиркайте-Крупович В., Прангишвили Д., Кунин Е.В. (2015). «Эволюция нуклеокапсидного белка архейного вируса из CRISPR-связанной нуклеазы Cas4». Биол Директ. 10 (1): 65. Дои:10.1186 / s13062-015-0093-2. ЧВК 4625639. PMID 26514828.
  8. ^ а б c Ванга, Ф; Бакеро, Д.П .; Вс, З; Осинский, Т; Прангишвили, Д; Egelman, EH; Крупович, М. (январь 2020 г.). «Структура нитевидного вируса раскрывает семейные связи в виросфере архей». Эволюция вирусов. 6 (1): veaa023. Дои:10.1093 / ve / veaa023. ЧВК 7189273. PMID 32368353.
  9. ^ DiMaio, F; Yu, X; Rensen, E; Крупович, М; Прангишвили, Д; Эгельман, EH (2015). «Вирусология. Вирус, поражающий гипертермофил, инкапсидирует ДНК А-формы». Наука. 348 (6237): 914–7. Дои:10.1126 / science.aaa4181. ЧВК 5512286. PMID 25999507.
  10. ^ Kasson, P; DiMaio, F; Yu, X; Lucas-Staat, S; Крупович, М; Schouten, S; Прангишвили, Д; Эгельман, EH (2017). «Модель новой мембранной оболочки нитчатого гипертермофильного вируса». eLife. 6. Дои:10.7554 / eLife.26268. ЧВК 5517147. PMID 28639939.
  11. ^ Лю, Y; Осинский, Т; Ванга, Ф; Крупович, М; Schouten, S; Kasson, P; Прангишвили, Д; Эгельман, EH (2018). «Структурная консервация в оболочечном нитчатом вирусе, инфицирующем гипертермофильный ацидофил». Nature Communications. 9 (1): 3360. Bibcode:2018NatCo ... 9.3360L. Дои:10.1038 / s41467-018-05684-6. ЧВК 6105669. PMID 30135568.

внешняя ссылка