WikiDer > Сплайсосомная РНК U6

U6 spliceosomal RNA
Сплайсосомная РНК U6
RF00026.jpg
Идентификаторы
СимволU6
РфамRF00026
Прочие данные
РНК типГен; мяРНК; сращивание
Домен (ы)Эукариоты
ИДТИТермин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO: Термин GO должен начинаться с GO:
ТАКТАК: 0000396
PDB структурыPDBe

U6 мяРНК это некодирование малая ядерная РНК (мяРНК) компонент U6 snRNP (малый ядерный рибонуклеопротеин), комплекс РНК-белок, который объединяется с другими мяРНП, немодифицированными пре-мРНК, и различные другие белки для сборки сплайсосома, большой молекулярный комплекс РНК-белок, который катализирует вырезание интронов из пре-мРНК. Сращивание или удаление интроны, является основным аспектом посттранскрипционная модификация и имеет место только в ядро из эукариоты.

Последовательность РНК U6 является наиболее консервативной среди всех пяти snRNAs, участвующих в сплайсосоме,[1] предполагая, что функция U6 snRNA осталась как критической, так и неизменной в ходе эволюции.

В геномах позвоночных часто можно найти множество копий гена мяРНК U6 или гена, производного от U6. псевдогены.[2] Такое преобладание «резервных копий» гена мяРНК U6 у позвоночных дополнительно указывает на его эволюционное значение для жизнеспособности организма.

Ген U6 мяРНК был изолирован у многих организмов,[3] включая C. elegans.[4] Среди них дрожжи пекарские (Saccharomyces cerevisiae) широко используется модельный организм при изучении мяРНК.

Структура и каталитический механизм мяРНК U6 напоминает структуру домена V интронов группы II.[5][6] Считается, что образование тройной спирали в U6 мяРНК играет важную роль в сплайсинговой активности, где ее роль заключается в переносе каталитического сайта в сайт сплайсинга.[6]

Роль

Специфичность пары оснований мяРНК U6 позволяет мяРНК U6 прочно связываться с мяРНК U4 и свободно с мяРНК U5 тройной мяРНП во время начальной фазы реакции сплайсинга. По мере развития реакции мяРНК U6 распаковывается из U4 и связывается с мяРНК U2. На каждой стадии этой реакции вторичная структура мяРНК U6 претерпевает обширные конформационные изменения.[7]

Ассоциация мяРНК U6 с 5 'концом интрон через спаривание оснований во время реакции сплайсинга происходит до образования лариат (или же в форме лассо) промежуточный и требуется для продолжения процесса сращивания. Ассоциация мяРНП U6 с мяРНП U2 посредством спаривания оснований образует комплекс U6-U2, структуру, которая включает активный сайт из сплайсосома.[8]:433–437

Вторичная структура

В то время как предполагаемая вторичная структура согласованного спаривания оснований ограничивается короткими 5 ' стебель-петля, были предложены гораздо более обширные структуры для конкретных организмов, таких как дрожжи.[9] В дополнение к 5 'петле ствола, все подтвержденные мяРНК U6 могут образовывать предложенную 3' внутримолекулярную петлю ствола.[10]

Комплекс мяРНК U4 / U6

Известно, что мяРНК U6 формирует обширные взаимодействия пар оснований с U4 мяРНК.[11] Было показано, что это взаимодействие является взаимоисключающим с взаимодействием 3 'внутримолекулярной петли ствола.[7]

Связанные белки

Lsm Связывание мяРНК U6

Обнаружено, что свободная мяРНК U6 связана с белками Prp24и LSms. Считается, что Prp24 образует промежуточный комплекс с мяРНК U6, чтобы облегчить обширное спаривание оснований между мяРНК U4 и U6, а Lsms может способствовать связыванию Prp24. Было определено приблизительное расположение этих связывающих белок доменов, и позже белки были визуализированы с помощью электронной микроскопии. Это исследование предполагает, что в свободной форме U6 Prp24 связывается с телестемкой, а богатый урадином 3 'хвост U6 snRNA проходит через кольцо Lsms. Другой важный белок, связанный с NTC, связанный с U6, - это Cwc2, который за счет взаимодействия с важными каталитическими элементами РНК индуцирует образование функционального каталитического ядра в сплайсосоме. Cwc2 и U6 достигают образования этого комплекса за счет взаимодействия с ISL и регионами, расположенными рядом с сайтом 5 'сплайсинга.[12]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Brow DA, Guthrie C (июль 1988 г.). «Сплайсосомная РНК U6 замечательно сохраняется от дрожжей до млекопитающих». Природа. 334 (6179): 213–8. Bibcode:1988Натура.334..213Б. Дои:10.1038 / 334213a0. PMID 3041282. S2CID 4236176.
  2. ^ Марз М., Кирстен Т., Штадлер П.Ф. (декабрь 2008 г.). «Эволюция генов сплайсосомной мяРНК у многоклеточных животных». Журнал молекулярной эволюции (Представлена ​​рукопись). 67 (6): 594–607. Bibcode:2008JMolE..67..594M. Дои:10.1007 / s00239-008-9149-6. PMID 19030770. S2CID 18830327.
  3. ^ Андерсон М.А., Перселл Дж., Веркейл С.А., Норман В.К., Леввич П.Т., Харви-Самуэль Т., Алфей Л.С. (март 2020 г.). «Проверка промоторов Pol III in vitro». Синтетическая биология ACS. 9 (3): 678–681. Дои:10.1021 / acssynbio.9b00436. ЧВК 7093051. PMID 32129976.
  4. ^ Томас Дж., Леа К., Цукер-Априсон Э, Блюменталь Т. (май 1990 г.). «Сплайсосомные мяРНК Caenorhabditis elegans». Исследования нуклеиновых кислот. 18 (9): 2633–42. Дои:10.1093 / nar / 18.9.2633. ЧВК 330746. PMID 2339054.
  5. ^ Тоор Н., Китинг К.С., Тейлор С.Д., Пайл А.М. (апрель 2008 г.). «Кристаллическая структура самосплайсированного интрона группы II». Наука. 320 (5872): 77–82. Bibcode:2008Научный ... 320 ... 77Т. Дои:10.1126 / science.1153803. ЧВК 4406475. PMID 18388288.
  6. ^ а б Fica SM, Mefford MA, Piccirilli JA, Staley JP (май 2014 г.). «Доказательства наличия интроноподобного каталитического триплекса группы II в сплайсосоме». Структурная и молекулярная биология природы. 21 (5): 464–471. Дои:10.1038 / nsmb.2815. ЧВК 4257784. PMID 24747940.
  7. ^ а б Фортнер Д.М., Трой Р.Г., Бров Д.А. (январь 1994 г.). «Ствол / петля в РНК U6 определяет конформационный переключатель, необходимый для сплайсинга пре-мРНК». Гены и развитие. 8 (2): 221–33. Дои:10.1101 / gad.8.2.221. PMID 8299941.
  8. ^ Уивер, Роберт Дж. (2008). Молекулярная биология. Бостон: Высшее образование Макгроу Хилла. ISBN 978-0-07-127548-4.
  9. ^ Карадуман Р., Фабрицио П., Хартмут К., Урлауб Х., Люрманн Р. (март 2006 г.). «Структура РНК и взаимодействия РНК-белок в очищенных дрожжевых мяРНП U6». Журнал молекулярной биологии. 356 (5): 1248–62. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.12.013. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-E5F7-6. PMID 16410014.
  10. ^ Butcher SE, Brow DA (июнь 2005 г.). «К пониманию каталитической структуры ядра сплайсосомы». Сделки Биохимического Общества. 33 (Pt 3): 447–9. Дои:10.1042 / BST0330447. PMID 15916538.
  11. ^ Орум Х., Нильсен Х., Энгберг Дж. (Ноябрь 1991 г.). «Сплайсосомные малые ядерные РНК Tetrahymena thermophila и некоторые возможные взаимодействия спаривания оснований мяРНК-мяРНК». Журнал молекулярной биологии. 222 (2): 219–32. Дои:10.1016 / 0022-2836 (91) 90208-Н. PMID 1960724.
  12. ^ Rasche N, Dybkov O, Schmitzová J, Akyildiz B, Fabrizio P, Lührmann R (март 2012 г.). «Cwc2 и его человеческий гомолог RBM22 способствуют активной конформации каталитического центра сплайсосомы». Журнал EMBO. 31 (6): 1591–604. Дои:10.1038 / emboj.2011.502. ЧВК 3321175. PMID 22246180.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка