WikiDer > Замилон вирофаг

Zamilon virophage
Мимивирус-зависимый вирус Замилон
Гигантский вирус Megavirus и связанный с ним вирофаг Zamilon.png
Два Замилон вирофаги (вставка) в масштабе с их ассоциированным гигантским вирусом Мегавирус [1]
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Вариднавирия
Королевство:Bamfordvirae
Тип:Преплазмивирикота
Учебный класс:Maveriviricetes
Заказ:Priklausovirales
Семья:Lavidaviridae
Род:Sputnikvirus
Разновидность:
Мимивирус-зависимый вирус Замилон

Мимивирус-зависимый вирус Замилон, или же Замилон, это вирофаг, группа малых ДНК-вирусы это заразить протисты и требуют вспомогательный вирус тиражировать; они тип спутниковый вирус.[2] Обнаружен в 2013 году в Тунисе, заражая Acanthamoeba polyphaga амебы, Замилон больше всего похож на Спутник, первый вирофаг, который был открыт. Имя арабский для "соседа".[3] Его сферический частица имеет диаметр 50–60 нм и содержит кольцевую двухцепочечную ДНК. геном около 17 КБ, что, по прогнозам, закодирует 20 полипептиды. Родственный штамм, Замилон 2, был обнаружен в Северной Америке.

Все известные вирофаги связаны с помощниками в гигантский ДНК-вирус семья Mimiviridae. Диапазон вспомогательных вирусов Замилона ограничен; может поддерживаться вирусами из Мимивирус-подобно Mimiviridae линии B и C, но не линии A. Это, по-видимому, является следствием рудиментарной иммунной системы вируса-помощника, называемого MIMIVIRE (элемент устойчивости к вирофагам мимивируса), родственный CRISPR-Cas путь.[4] В отличие от вирофага Спутника, Замилон, по-видимому, не нарушает репликацию своего вспомогательного вируса.

Открытие и родственные вирофаги

Замилон был открыт в 2013 г. в г. Acanthamoeba polyphaga амебы со-заражен гигантский вирус Mont1, выделенный из образца тунисской почвы.[2][3][5] По состоянию на 2015 год Замилон входит в тройку вирофаги быть изолированными физически, остальные Спутник и Мавирус; несколько других ДНК вирофагов были обнаружены с использованием метагеномика но физически не охарактеризованы.[2][6] Родственный штамм, названный Zamilon 2, был обнаружен метагеномным анализом североамериканского тополь деревянные щепки биореактор в 2015 году.[7] Другой вирофаг, Рио-Негро, также тесно связан со Спутником.[2]

Таксономия

Вирофаг Замилон был классифицирован Международный комитет по таксономии вирусов в вид Мимивирус-зависимый вирус Замилон в пределах рода Sputnikvirus в семье Lavidaviridae.[2]

Вирусология

Вирион Замилона - это сферический диаметром 50–60 нм и внешне похож на спутники Sputnik и Mavirus.[3] Его кольцевая двухцепочечная ДНК геном 17 276пар оснований в длину.[2][3] Вирофаги обычно имеют частицы диаметром в диапазоне 40–80 нм, а геномы - в диапазоне 17–30 т.п.н.[2] Вирофаг, наиболее близкий к Замилону, - это Спутник, с которым он разделяет 76% идентичности последовательности, хотя часть последовательности Замилона является обратной по сравнению со Спутником.[2][3] ДНК Замилона богата аденин и тимин базы; то соотношение оснований гуанина и цитозина составляет 29,7%.[3]

Открытые рамки для чтения

Прогнозируется, что геном Замилона будет содержать 20 открытые рамки для чтения (ORF) от 222 до 2337 оснований в длину. Из 20 прогнозируемых продуктов 15 аналогичны продуктам Sputnik, а три аналогичны Mimiviridae: от двух до Megavirus chilensis и еще один трансповирон из Moumouvirus monve. Одна ORF Zamilon дополнительно демонстрирует некоторое сходство с Мавирус, и еще один Органический озерный вирофаг и Phaeocystis globosa вирофаги, которые связаны с водоросли а не амебы. Остальные два предсказанных продукта демонстрируют ограниченное сходство с другими известными белками. Предполагаемые функции продуктов включают транспозаза, геликаза, интегрировать, цистеиновая протеаза, ДНК-примазаполимераза и ДНК-упаковка АТФаза ферменты, основные и второстепенные капсид белки, структурный белок и коллаген-подобный белок.[3] ORF6 очень похож на главный капсидный белок Sputnik, который имеет двойной "желе-ролл" складывать.[3][8]

ORF[а]Прогнозируемый размер
(аминокислоты)
Похожий товарСходство
(%)
Прогнозируемая функция
1111никто
273никто
3135Megavirus chilensis генный продукт mg367
4221Предполагаемый белок транспозазы A семейства IS3 вирофага 2 спутника40предполагаемая транспозаза
5376Спутник вирофаг 2 минорный белок вириона66минорный белок вириона
6609Капсидный белок вирофага Sputnik V2086капсидный белок
7442Спутник вирофаг V2170
881Moumouvirus monve гипотетический белок tv_L872
9778Спутник вирофаг V1367предполагаемая геликаза
10168Спутник вирофаг V1153
11247Спутник вирофаг V1058предполагаемая интеграза
12175Спутник вирофаг V977
13184Спутник вирофаг V871структурный белок
14241Спутник вирофаг V780
15305Спутник вирофаг V675коллагеноподобный белок
16121Спутник вирофаг V559
17133Спутник вирофаг V455
18245Спутник вирофаг V381ДНК-упаковка АТФаза
19147Megavirus chilensis продукт гена mg66450
20147Спутник вирофаг V160

Жизненный цикл и вирус-помощник

Как и все другие вирофаги, Замилон реплицируется в цитоплазма, в пределах вирусная фабрика своего помощника, который действует как его хозяин.[3] Замилон был впервые выделен вместе с Mont1, а Мимивирус-подобно Mimiviridae классифицирован как линия C по его последовательности гена полимеразы B. Впоследствии было показано, что вирофаг может реплицироваться вместе с Мумувирус и Monve, два Mimiviridae от линии B, а также с Terra1 и Курдо11 из линии C; однако он не может реплицироваться в сочетании с Мимивирус или же Мамавирус, классифицируется как линия A.[3][9] Это не похоже на Sputnik, который может воспроизводиться в сочетании с любым Мимивирус-подобный член Mimiviridae.[3]

Замилон, по-видимому, не подавляет способность своего вспомогательного вируса в значительной степени реплицироваться или лизировать клетки-хозяева амеб. Хотя вирус-помощник составлял значительную часть аномальных вирионы в присутствии Замилона они также наблюдались на сопоставимом уровне в отсутствие вирофага.[3] Это снова отличается от Sputnik, который снижает инфекционность своего вируса-помощника, ингибирует его лизис амебы и связан с генерацией увеличенной доли аномальных вирусов. Mimiviridae вирионы.[2][3] Бернар Ла Скола и его коллеги, выделившие как Sputnik, так и Zamilon, заявляют, что в случае подтверждения это «поставит под сомнение концепцию вирофага», который, как считалось, отличается от большинства других спутников-вирусов, оказывая вредное воздействие на его вспомогательный вирус. .[3]

Рекомендации

  1. ^ Все данные от Gaia и другие.[3]
  1. ^ Дюпончель, С., Фишер, М. (2019) «Да здравствуют лавидавирусы! Пять особенностей вирофагов, паразитирующих на гигантских ДНК-вирусах». PLoS патогены, 15(3). Дои:10.1371 / journal.ppat.1007592. CC-BY icon.svg Материал был скопирован из этого источника, который доступен под Международная лицензия Creative Commons Attribution 4.0.
  2. ^ а б c d е ж грамм час я Крупович М., Кун Дж. Х., Фишер М. Г. (2016), "Система классификации вирофагов и спутниковых вирусов", Архив вирусологии, 161 (1): 233–47, Дои:10.1007 / s00705-015-2622-9, PMID 26446887
  3. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о Gaia M, Benamar S, Boughalmi M, Pagnier I, Croce O, Colson P, Raoult D, La Scola B (2014), «Zamilon, новый вирофаг с Mimiviridae Специфика хоста ", PLOS One, 9 (4): e94923, Дои:10.1371 / journal.pone.0094923, ЧВК 3991649, PMID 24747414
  4. ^ Levasseur A, Bekliz M, Chabrière E, Pontarotti P, La Scola B & Raoult D (2016), «MIMIVIRE - это система защиты мимивируса, которая придает устойчивость к вирофагам», Природа, 531 (7593): 249–252, Дои:10.1038 / природа17146, PMID 26934229CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  5. ^ Boughalmi M, Saadi H, Pagnier I, Colson P, Fournous G, Raoult D, La Scola B (2013), «Высокопроизводительная изоляция гигантских вирусов семейств Mimiviridae и Marseilleviridae в среде Туниса», Экологическая микробиология, 15 (7): 2000–7, Дои:10.1111/1462-2920.12068, PMID 23298151
  6. ^ Ютин Н., Капитонов В. В., Кунин Е. В. (2015), «Новое семейство гибридных вирофагов из метагенома кишечника животных», Биология Директ, 10: 19, Дои:10.1186 / s13062-015-0054-9, ЧВК 4409740, PMID 25909276
  7. ^ Беклиз М., Верно Дж., Бенамар С., Рауль Д., Ла Скола Б., Колсон П. (2015), «Новый частичный геном замилоноподобного вирофага, собранный из метагенома биореактора», Границы микробиологии, 6: 1308, Дои:10.3389 / fmicb.2015.01308, ЧВК 4661282, PMID 26640459CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  8. ^ Чжан Икс, Сунь С, Сян И, Вонг Дж, Клозе Т, Рауль Д., Россманн М.Г. (2012), "Структура вирофага Спутник с разрешением 3,5 Å", Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки, 109 (45): 18431–36, Дои:10.1073 / pnas.1211702109, ЧВК 3494952, PMID 23091035
  9. ^ Aherfia S, La Scola B, Pagniera I, Raoult D, Colson P (2014), "Расширяющаяся семья Marseilleviridae", Вирусология, 466–467: 27–37, Дои:10.1016 / j.virol.2014.07.014, PMID 25104553

внешняя ссылка