WikiDer > Псевдоузел ALIL

ALIL pseudoknot
Псевдоузел ALIL
АЛИЛ pk.png
Вторичная структура ALIL без псевдоузла
Идентификаторы
СимволАЛИЛ
РфамRF01497
Прочие данные
РНК типСнг
Домен (ы)Бактерии
PDB структурыPDBe

Псевдоузел ALIL является РНК элемент, который вызывает сдвиг кадров в бактериях. Выражение меньшинства гены требует, чтобы сдвиг рамки происходил там, где частота сдвига рамки увеличивается за счет РНК вторичная структура расположен со стороны 3 фута места смены. Эта структура может быть либо псевдоузел или стебель-петля и действует как физический барьер для мРНК перемещение таким образом, вызывает паузу рибосомы.[1]

Псевдоузел ALIL был идентифицирован путем сравнительного анализа класса a сменные элементы принадлежащий к последовательность вставки 3 (IS3) и показано, что консервированный по ряду бактерии разновидность.[2] Этот псевдоузел стимулирует запрограммированный сдвиг рамки рибосомы -1 (PRF-1), который, в свою очередь, стимулирует экспрессию транспозаза, фермент требуется для транспонирования. Мутагенез и химическое зондирование были использованы для определения вторичной структуры этого псевдоузла, и было высказано предположение, что этот псевдоузел образован взаимодействиями между апикальной петлей и внутренней петлей.[3]

Рекомендации

  1. ^ Бриерли I, Пеннелл S (2001). «Структура и функция стимулирующих РНК, участвующих в запрограммированном сдвиге рамки рибосомы эукариот-1». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии. 66: 233–48. Дои:10.1101 / sqb.2001.66.233. PMID 12762025.
  2. ^ Кропинский А.М., Фаринья М.А., Янсонс И. (март 1994 г.). «Нуклеотидная последовательность вставки последовательности IS222 Pseudomonas aeruginosa: еще один член семейства IS3». Плазмида. 31 (2): 222–8. Дои:10.1006 / Plas.1994.1024. PMID 8029330.
  3. ^ Mazauric MH, Licznar P, Prère MF, Canal I, Fayet O (июль 2008 г.). «Псевдоузлы апикальной петли и внутренней петли РНК: новый тип стимулятора сдвига рамки -1 трансляции у бактерий». Журнал биологической химии. 283 (29): 20421–32. Дои:10.1074 / jbc.M802829200. PMID 18474594.

внешняя ссылка