WikiDer > Альфа-кетоглутарат-зависимые гидроксилазы

Alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylases

Альфа-кетоглутарат-зависимые гидроксилазы негемовые, железосодержащие ферменты которые потребляют кислород и альфа-кетоглутарат (αKG, также известный как 2-оксоглутарат или 2OG) в качестве субстратов. Они катализируют широкий спектр реакций оксигенации. К ним относятся реакции гидроксилирования, деметилирования, расширения кольца, замыкания кольца и десатурации.[1][2] Функционально αKG-зависимые гидроксилазы сопоставимы с цитохром P450 ферменты, которые используют кислород и восстановительные эквиваленты для насыщения кислородом субстратов одновременно с образованием воды.[3]

Биологическая функция

αKG-зависимые гидроксилазы играют разные роли.[4][5] У таких микроорганизмов, как бактерии, αKG-зависимые диоксигеназы участвуют во многих биосинтетических путях.[6][7][8] У растений αKG-зависимые диоксигеназы участвуют во многих различных реакциях метаболизма растений.[9] К ним относятся биосинтез флавоноидов,[10] и биосинтез этилена.[11] У млекопитающих и людей αKG-зависимая диоксигеназа играет функциональную роль в биосинтезе (например, биосинтезе коллагена).[12] и биосинтез L-карнитина[13]), посттрансляционные модификации (например, гидроксилирование белка[14]), эпигенетические регуляции (например, гистон и ДНК деметилирование[15]), а также датчики энергетический обмен.[16]

Многие αKG-зависимые диоксигеназы также катализируют несвязанный оборот, при котором окислительное декарбоксилирование αKG в сукцинат и диоксид углерода протекает в отсутствие субстрата. Каталитическая активность многих αKG-зависимых диоксигеназ зависит от восстановителей (особенно аскорбата), хотя точная роль не ясна.[17][18]

Каталитический механизм

αKG-зависимые диоксигеназы катализируют реакции окисления путем включения одного атома кислорода из молекулярного кислорода (O2) в свои подложки. Это преобразование сопровождается окислением косубстрата. αKG на сукцинат и диоксид углерода.[1][2] С пометкой O2 в качестве субстрата одна метка появляется в сукцинате, а другая - в гидроксилированном субстрате:[19][20][21]

р3CH + О2 + −О2CC (O) CH2CH2CO2− → R3CОH + CO2 + −ООCCH2CH2CO2−

Первый шаг включает связывание αKG и субстрата с активным центром. αKG координируется как бидентатный лиганд для Fe (II), в то время как субстрат удерживается нековалентными силами в непосредственной близости. Впоследствии молекулярный кислород на конце связывается с цис-цис-ферментом двух доноров αKG. Несогласованный конец супероксидного лиганда атакует кетоуглерод, вызывая высвобождение CO.2 и формирование Fe (IV) -оксо промежуточное соединение. Этот центр Fe = O затем насыщает подложку кислородом за счет механизм отскока кислорода.[1][2]

Альтернативные механизмы не получили поддержки.[22]

Консенсусный каталитический механизм суперсемейства αKG-зависимых диоксигеназ.

Структура

Протеин

Все αKG-зависимые диоксигеназы содержат консервативный двухцепочечная β-спираль (DSBH, также известный как купин) складка, которая образована двумя β-листами.[23][24]

Металлофактор

Активный центр содержит высококонсервативный мотив триады аминокислотных остатков 2-His-1-карбоксилата (HXD / E ... H), в котором каталитически важный Fe (II) удерживается двумя остатками гистидина и одной аспарагиновой кислотой / остаток глутаминовой кислоты. Тогда2Триада O связывается с одной стороной центра Fe, оставляя на октаэдре три лабильных сайта для связывания αKG и O2.[1][2] Подобный лицевой Fe-связывающий мотив, но с массивом его-его-его, встречается в цистеиндиоксигеназа.

Связывание субстрата и косубстрата

Связывание αKG и субстрата было проанализировано с помощью рентгеновской кристаллографии, расчетов молекулярной динамики и ЯМР-спектроскопии. Связывание кетоглутарата наблюдали с использованием ингибиторов ферментов.[25]

Некоторые αKG-зависимые диоксигеназы связывают свой субстрат посредством механизма индуцированной подгонки. Например, значительные структурные изменения белка наблюдались при связывании субстрата у человека. изоформа 2 пролилгидроксилазы (PHD2),[26][27][28] αKG-зависимая диоксигеназа, участвующая в восприятии кислорода,[29] и изопенициллин-N-синтаза (IPNS), микробная αKG-зависимая диоксигеназа.[30]

Упрощенный вид активного сайта изоформа 2 пролилгидроксилазы (PHD2), αKG-зависимая диоксигеназа человека. Fe (II) координируется двумя имидазолами и одним карбоксилатом, обеспечиваемым белком. Другие лиганды на железе, которые временно заняты αKG и O2, опущены для ясности.

Ингибиторы

Учитывая важную биологическую роль, которую играет αKG-зависимая диоксигеназа, были разработаны многие ингибиторы αKG-зависимой диоксигеназы. Ингибиторы, которые регулярно использовались для нацеливания на αKG-зависимую диоксигеназу, включают: N-оксалилглицин (NOG), пиридин-2,4-дикарбоновая кислота (2,4-PDCA), 5-карбокси-8-гидроксихинолин, FG-2216 и FG-4592, которые все были разработаны, имитируя вспомогательный субстрат αKG и конкурируя с связывание αKG с активным центром фермента Fe (II).[31][32] Хотя они являются мощными ингибиторами αKG-зависимой диоксигеназы, им не хватает селективности, и поэтому их иногда называют так называемыми ингибиторами «широкого спектра действия».[33] Также были разработаны ингибиторы, которые конкурируют с субстратом, такие как ингибиторы на основе пептидила, нацеленные на человека. домен 2 пролилгидроксилазы (PHD2)[34] и Милдронат, молекула лекарства, которая обычно используется в России и Восточной Европе для гамма-бутиробетаиндиоксигеназа.[35][36][37]

Общие ингибиторы αKG-зависимых диоксигеназ. Они конкурируют с косубстратом αKG за связывание с активным центром Fe (II).

Анализы

Многие анализы были разработаны для изучения αKG-зависимых диоксигеназ, чтобы можно было получить такую ​​информацию, как кинетика фермента, ингибирование фермента и связывание лиганда. Спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР) широко применяется для изучения αKG-зависимых диоксигеназ.[38] Например, были разработаны анализы для изучения связывания лиганда,[39][40][41] кинетика ферментов,[42] режимы торможения[43] а также изменение конформации белков.[44] Также широко применяется масс-спектрометрия. Его можно использовать для характеристики кинетики ферментов,[45] направлять развитие ингибиторов ферментов,[46] изучение связывания лигандов и металлов[47] а также проанализировать конформационные изменения белка.[48] Также использовались анализы с использованием спектрофотометрии,[49] например, те, которые измеряют окисление 2OG,[50] образование побочного продукта сукцината[51] или формирование продукта.[52] Другие биофизические методы, включая (но не ограничиваясь) изотермическую калориметрию титрования (ITC)[53] и электронный парамагнитный резонанс (ЭПР).[54] Радиоактивные анализы, в которых используются 14Также были разработаны и использованы субстраты, меченные C.[55] Учитывая, что αKG-зависимые диоксигеназы нуждаются в кислороде для их каталитической активности, также применялся анализ потребления кислорода.[56]

дальнейшее чтение

  • Мартинес, Салетт; Хаузинджер, Роберт П. (2015-08-21). «Каталитические механизмы Fe (II) - и 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ». Журнал биологической химии. 290 (34): 20702–20711. Дои:10.1074 / jbc.R115.648691. ISSN 0021-9258. ЧВК 4543632. PMID 26152721.
  • Hegg EL, Que L Jr (декабрь 1997 г.). «Лицевая триада 2-His-1-карбоксилата - новый структурный мотив в мононуклеарных негемовых ферментах железа (II)». Евро. J. Biochem. 250 (3): 625–629. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1997.t01-1-00625.x. PMID 9461283..
  • Мюллюля Р., Тудерман Л., Кивирикко К.И. (ноябрь 1977 г.). «Механизм пролилгидроксилазной реакции. 2. Кинетический анализ последовательности реакций». Евро. J. Biochem. 80 (2): 349–357. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1977.tb11889.x. PMID 200425.
  • Валегард К., Тервисша ван Шелтинга А.С., Дубус А., Рангино Г., Остер Л.М., Хайду Дж., Андерссон И. (январь 2004 г.). «Структурные основы образования цефалоспоринов в мононуклеарном ферменте железа» (PDF). Nat. Struct. Мол. Биол. 11 (1): 95–101. Дои:10.1038 / nsmb712. PMID 14718929. S2CID 1205987.
  • Прайс Дж. К., Барр Е. В., Тирупати Б., Боллинджер Дж. М. мл., Кребс С. (июнь 2003 г.). «Первая прямая характеристика промежуточного соединения высоковалентного железа в реакции альфа-кетоглутарат-зависимой диоксигеназы: высокоспиновый комплекс FeIV в таурин / альфа-кетоглутаратдиоксигеназе (TauD) из Escherichia coli». Биохимия. 42 (24): 7497–7508. Дои:10.1021 / bi030011f. PMID 12809506.
  • Прошляков Д.А., Хеншоу Т.Ф., Монтероссо Г.Р., Райл М.Дж., Хаусингер Р.П. (февраль 2004 г.). «Прямое обнаружение кислородных промежуточных продуктов в негемовом ферменте Fe таурин / альфа-кетоглутарат диоксигеназе». Варенье. Chem. Soc. 126 (4): 1022–1023. Дои:10.1021 / ja039113j. PMID 14746461.
  • Hewitson KS, Granatino N, Welford RW, McDonough MA, Schofield CJ (апрель 2005 г.). «Окисление 2-оксоглутарат оксигеназами: негемные системы железа в катализе и передаче сигналов». Фил. Пер. R. Soc. А. 363 (1829): 807–828. Bibcode:2005RSPTA.363..807H. Дои:10.1098 / rsta.2004.1540. PMID 15901537. S2CID 8568103.
  • Вик Ч.Р., Ланиг Х., Егер С.М., Бурцлафф Н., Кларк Т. (ноябрь 2012 г.). «Структурное понимание пролилгидроксилазы PHD2: молекулярная динамика и исследование методом DFT». Евро. J. Inorg. Chem. 2012 (31): 4973–4985. Дои:10.1002 / ejic.201200391.

Рекомендации

  1. ^ а б c d Флэшман Э, Скофилд CJ (февраль 2007 г.). «Самый универсальный из всех реакционноспособных интермедиатов?». Nat. Chem. Биол. 3 (2): 86–87. Дои:10.1038 / nchembio0207-86. PMID 17235343.
  2. ^ а б c d Хаузингер Р.П. (январь – февраль 2004 г.). «Fe (II) / α-кетоглутарат-зависимые гидроксилазы и родственные ферменты». Крит. Rev. Biochem. Мол. Биол. 39 (1): 21–68. Дои:10.1080/10409230490440541. PMID 15121720. S2CID 85784668.
  3. ^ Соломон Э.И., Деккер А., Ленерт Н. (апрель 2003 г.). «Негемовые ферменты железа: в отличие от гемового катализа». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 100 (7): 3589–3594. Дои:10.1073 / pnas.0336792100. ЧВК 152966. PMID 12598659.
  4. ^ Prescott AG, Lloyd MD (август 2000 г.). «Железо (II) и 2-оксокислот-зависимые диоксигеназы и их роль в метаболизме». Nat. Prod. Представитель. 17 (4): 367–383. Дои:10.1039 / A902197C. PMID 11014338.
  5. ^ Ленарц К., Скофилд С.Дж. (январь 2011 г.). «Физиологические и биохимические аспекты гидроксилирования и деметилирования, катализируемого человеческими 2-оксоглутаратоксигеназами». Trends Biochem. Наука. 36 (1): 7–18. Дои:10.1016 / j.tibs.2010.07.002. PMID 20728359.
  6. ^ Скотти Дж. С., Люнг И. К., Ге В., Бентли М. А., Папс Дж., Крамер Х. Б., Ли Дж., Айк В., Чой Х., Полсен С. М., Боуман Л. А., Лойк Н. Д., Хорита С., Хо СН, Кершоу Н. Дж., Тан С. М., Кларидж Т. Д. , Престон Г.М., Макдоноу М.А., Скофилд С.Дж. (сентябрь 2014 г.). «Чувствительность человека к кислороду может быть связана с пролилгидроксилированием прокариотического фактора элонгации Tu». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 111 (37): 13331–13336. Bibcode:2014ПНАС..11113331С. Дои:10.1073 / pnas.1409916111. ЧВК 4169948. PMID 25197067.
  7. ^ Клифтон И.Дж., Доан LX, Слиман М.С., Topf M, Suzuki H, Wilmouth RC, Schofield CJ (июнь 2003 г.). «Кристаллическая структура карбапенемсинтазы (CarC)». J. Biol. Chem. 278 (23): 20843–20850. Дои:10.1074 / jbc.M213054200. PMID 12611886. S2CID 9662423.
  8. ^ Кершоу, штат Нью-Джерси, Кейнс М.Э., Слиман М.С., Скофилд С.Дж. (сентябрь 2005 г.). «Энзимология биосинтеза клавама и карбапенема». Chem. Commun. (34): 4251–4263. Дои:10.1039 / b505964j. PMID 16113715.
  9. ^ Фарроу С.К., Факкини П.Дж. (октябрь 2014 г.). «Функциональное разнообразие 2-оксоглутарат / Fe (II) -зависимых диоксигеназ в метаболизме растений». Передний. Завод науки. 5: 524. Дои:10.3389 / fpls.2014.00524. ЧВК 4191161. PMID 25346740.
  10. ^ Cheng AX, Han XJ, Wu YF, Lou HX (январь 2014 г.). «Функция и катализ 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ, участвующих в биосинтезе флавоноидов растений». Int. J. Mol. Наука. 15 (1): 1080–1095. Дои:10.3390 / ijms15011080. ЧВК 3907857. PMID 24434621.
  11. ^ Zhang Z, Ren JS, Clifton IJ, Schofield CJ (октябрь 2004 г.). «Кристаллическая структура и механистические последствия оксидазы 1-аминоциклопропан-1-карбоновой кислоты - фермента, образующего этилен». Chem. Биол. 11 (10): 1383–1394. Дои:10.1016 / j.chembiol.2004.08.012. PMID 15489165.
  12. ^ Myllyharju J (март 2003 г.). «Пролил-4-гидроксилазы, ключевые ферменты биосинтеза коллагена». Матрикс Биол. 22 (1): 15–24. Дои:10.1016 / S0945-053X (03) 00006-4. PMID 12714038.
  13. ^ Леунг И.К., Кройер Т.Дж., Кочан Г.Т., Генри Л., фон Делфт Ф., Кларидж Т.Д., Опперманн Ю., Макдонау М.А., Шофилд С.Дж. (декабрь 2010 г.). «Структурные и механистические исследования γ-бутиробетаингидроксилазы». Chem. Биол. 17 (12): 1316–1324. Дои:10.1016 / j.chembiol.2010.09.016. PMID 21168767.
  14. ^ Марколович, Сузана; Уилкинс, Сара Э .; Шофилд, Кристофер Дж. (21 августа 2015 г.). «Гидроксилирование белков, катализируемое 2-оксоглутарат-зависимыми оксигеназами». Журнал биологической химии. 290 (34): 20712–20722. Дои:10.1074 / jbc.R115.662627. ISSN 1083-351X. ЧВК 4543633. PMID 26152730.
  15. ^ Уолпорт Л.Дж., Хопкинсон Р.Дж., Скофилд С.Дж. (декабрь 2012 г.). «Механизмы деметилаз гистонов и нуклеиновых кислот человека». Curr. Мнение. Chem. Биол. 16 (5–6): 525–534. Дои:10.1016 / j.cbpa.2012.09.015. PMID 23063108.
  16. ^ Салминен, А; Кауппинен, А; Каарниранта, К (2015). «2-оксоглутарат-зависимые диоксигеназы являются датчиками энергетического метаболизма, доступности кислорода и гомеостаза железа: потенциальная роль в регуляции процесса старения». Cell Mol Life Sci. 72 (20): 3897–914. Дои:10.1007 / s00018-015-1978-z. PMID 26118662. S2CID 14310267.
  17. ^ Myllylä R, Majamaa K, Günzler V, Hanauske-Abel HM, Kivirikko KI (май 1984 г.). «Аскорбат расходуется стехиометрически в несвязанных реакциях, катализируемых пролил-4-гидроксилазой и лизилгидроксилазой». J. Biol. Chem. 259 (9): 5403–5405. PMID 6325436.
  18. ^ Флэшман Е., Дэвис С.Л., Йео К.К., Скофилд С.Дж. (март 2010 г.). «Изучение зависимости индуцируемого гипоксией фактора гидроксилазы (фактора, ингибирующего HIF и домен 2 пролилгидроксилазы) от аскорбата и других восстановителей» (PDF). Biochem. J. 427 (1): 135–142. Дои:10.1042 / BJ20091609. PMID 20055761.
  19. ^ Велфорд Р. У., Киркпатрик Дж. М., Макнил Л. А., Пури М., Олдхэм, штат Нью-Джерси, Скофилд С.Дж. (сентябрь 2005 г.). «Включение кислорода в побочный продукт сукцината железа (II) и зависимых от 2-оксоглутарата оксигеназ бактерий, растений и людей». FEBS Lett. 579 (23): 5170–5174. Дои:10.1016 / j.febslet.2005.08.033. HDL:10536 / DRO / DU: 30019701. PMID 16153644. S2CID 11295236.
  20. ^ Гжиска П.К., Аппельман Э.Х., Хаузингер Р.П., Прошляков Д.А. (март 2010 г.). «Понимание механизма диоксигеназы железа путем разрешения шагов, следующих за FeIV = HO». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 107 (9): 3982–3987. Дои:10.1073 / pnas.0911565107. ЧВК 2840172. PMID 20147623.
  21. ^ Menon, Binuraj R.K .; Ричмонд, Дэниел; Менон, Навья (2020-10-15). «Галогеназы для разработки путей биосинтеза: к новым путям к натуральным и неприродным». Обзоры катализа: 1–59. Дои:10.1080/01614940.2020.1823788. ISSN 0161-4940.
  22. ^ Tarhonskaya H, Szöllössi A, Leung IK, Bush JT, Henry L, Chowdhury R, ​​Iqbal A, Claridge TD, Schofield CJ, Flashman E (апрель 2014 г.). «Исследования деацетоксицефалоспорин С-синтазы подтверждают консенсусный механизм для 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ». Биохимия. 53 (15): 2483–2493. Дои:10.1021 / bi500086p. PMID 24684493.
  23. ^ Макдонау М.А., Лоэнарз С., Чоудхури Р., Клифтон И.Дж., Скофилд С.Дж. (декабрь 2010 г.). «Структурные исследования 2-оксоглутарат зависимых оксигеназ человека». Curr. Мнение. Struct. Биол. 20 (6): 659–672. Дои:10.1016 / j.sbi.2010.08.006. PMID 20888218.
  24. ^ Клифтон И.Дж., Макдонау М.А., Эрисманн Д., Кершоу Н.Дж., Гранатино Н., Скофилд С.Дж. (апрель 2006 г.). «Структурные исследования 2-оксоглутарат оксигеназ и родственных двухцепочечных белков складки бета-спирали». J. Inorg. Биохим. 100 (4): 644–669. Дои:10.1016 / j.jinorgbio.2006.01.024. PMID 16513174.
  25. ^ Ты, З .; Омура, S .; Ikeda, H .; Cane, D.E .; Джогл, Г. (2007). «Кристаллическая структура негемовой диоксигеназы железа PtlH в биосинтезе пенталенолактона». J. Biol. Chem. 282 (2): 36552–60. Дои:10.1074 / jbc.M706358200. ЧВК 3010413. PMID 17942405.
  26. ^ Макдонау М.А., Ли В., Флэшман Е., Чоудхури Р., Мор С., Лиенар Б.М., Зондло Дж., Олдхэм, штат Нью-Джерси, Клифтон И.Дж., Льюис Дж., Макнил Л.А., Курзейя Р.Дж., Хьюитсон К.С., Ян Е., Джордан С., Сайед Р.С., Шофилд К. (Июнь 2006 г.). "Клеточное зондирование кислорода: кристаллическая структура индуцируемого гипоксией фактора пролилгидроксилазы (PHD2)". Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 103 (26): 9814–9819. Bibcode:2006ПНАС..103.9814М. Дои:10.1073 / pnas.0601283103. ЧВК 1502536. PMID 16782814.
  27. ^ Чоудхури Р., Макдонау М.А., Мецинович Дж., Лоэнарз С., Флэшман Е., Хьюитсон К.С., Домен С., Скофилд С.Дж. (июль 2009 г.). «Структурная основа связывания фактора, индуцируемого гипоксией, с чувствительными к кислороду пролилгидроксилазами». Структура. 17 (7): 981–989. Дои:10.1016 / j.str.2009.06.002. PMID 19604478.
  28. ^ Чоудхури Р., Люнг И.К., Тиан Ю.М., Аббуд М.И., Ге В., Домен С., Кантрелль FX, Ландриу И., Харди А.П., Пью К.В., Рэтклифф П.Дж., Кларидж Т.Д., Скофилд К. «Структурная основа селективности домена деградации кислорода пролилгидроксилаз HIF». Nat. Сообщество. 7: 12673. Bibcode:2016 НатКо ... 712673C. Дои:10.1038 / ncomms12673. ЧВК 5007464. PMID 27561929.
  29. ^ Уильям С., Николлс Л., Рэтклифф П., Пью С., Максвелл П. (2004). «Ферменты пролилгидроксилазы, которые действуют как кислородные сенсоры, регулирующие разрушение индуцируемого гипоксией фактора α». Адван. Энзим Регул. 44: 75–92. Дои:10.1016 / j.advenzreg.2003.11.017. PMID 15581484.
  30. ^ Roach PL, Clifton IJ, Hensgens CM, Shibata N, Schofield CJ, Hajdu J, Baldwin JE (июнь 1997 г.). «Структура изопенициллин-синтазы в комплексе с субстратом и механизм образования пенициллина». Природа. 387 (6635): 827–830. Дои:10.1038/42990. PMID 9194566. S2CID 205032251.
  31. ^ Роуз Н.Р., Макдонау Массачусетс, Кинг О.Н., Кавамура А., Скофилд С.Дж. (август 2011 г.). «Ингибирование 2-оксоглутарат зависимых оксигеназ». Chem. Soc. Rev. 40 (8): 4364–4397. Дои:10.1039 / c0cs00203h. PMID 21390379.
  32. ^ Yeh TL, Leissing TM, Abboud MI, Thinnes CC, Atasoylu O, Holt-Martyn JP, Zhang D, Tumber A, Lippl K, Lohans CT, Leung IK, Morcrette H, Clifton IJ, Claridge TD, Kawamura A, Flashman E, Лу Х, Рэтклифф П.Дж., Чоудхури Р., Пью К.В., Шофилд С.Дж. (сентябрь 2017 г.). «Молекулярные и клеточные механизмы ингибиторов пролилгидроксилазы HIF в клинических испытаниях». Chem. Наука. 8 (11): 7651–7668. Дои:10.1039 / C7SC02103H. ЧВК 5802278. PMID 29435217.
  33. ^ Хопкинсон Р.Дж., Тамбер А, Япп С., Чоудхури Р., Айк В., Че К.Х., Ли XS, Кристенсен Дж.Б., Кинг О.Н., Чан М.К., Йео К.К., Чой Х., Уолпорт Л.Дж., Тиннес С.К., Буш Д.Т., Леджун С., Ридзик А.М. , Rose NR, Bagg EA, McDonough MA, Krojer T, Yue WW, Ng SS, Olsen L, Brennan PE, Oppermann U, Muller-Knapp S, Klose RJ, Ratcliffe PJ, Schofield CJ, Kawamura A (август 2013 г.). «5-Карбокси-8-гидроксихинолин представляет собой ингибитор 2-оксоглутарат-оксигеназы широкого спектра действия, который вызывает транслокацию железа». Chem. Наука. 4 (8): 3110–3117. Дои:10.1039 / C3SC51122G. ЧВК 4678600. PMID 26682036.
  34. ^ Квон Х.С., Чой Ю.К., Ким Дж.В., Пак Ю.К., Ян Э.Г., Ан Д.Р. (июль 2011 г.). «Ингибирование домена пролилгидроксилазы (PHD) пептидами-аналогами субстрата». Биоорг. Med. Chem. Латыш. 21 (14): 4325–4328. Дои:10.1016 / j.bmcl.2011.05.050. PMID 21665470.
  35. ^ Сести С., Симхович Б.З., Калвиньш И., Клонер Р.А. (март 2006 г.). «Милдронат, новый ингибитор окисления жирных кислот и антиангинальное средство, уменьшает размер инфаркта миокарда, не влияя на гемодинамику». Журнал сердечно-сосудистой фармакологии. 47 (3): 493–9. Дои:10.1097 / 01.fjc.0000211732.76668.d2 (неактивно 10.09.2020). PMID 16633095.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на сентябрь 2020 г. (связь)
  36. ^ Лиепиньш Э., Вильскерстс Р., Лока Д., Кирьянова О., Пугович О, Калвиньш И., Дамброва М. (декабрь 2006 г.). «Милдронат, ингибитор биосинтеза карнитина, вызывает увеличение содержания гамма-бутиробетаина и кардиозащиту при изолированном инфаркте сердца крысы». Журнал сердечно-сосудистой фармакологии. 48 (6): 314–9. Дои:10.1097 / 01.fjc.0000250077.07702.23. PMID 17204911. S2CID 1812127.
  37. ^ Хаяси Ю., Киримото Т., Асака Н., Накано М., Тадзима К., Мияке Х., Мацуура Н. (май 2000 г.). «Благоприятные эффекты MET-88, ингибитора гамма-бутиробетаин гидроксилазы у крыс с сердечной недостаточностью после инфаркта миокарда». Европейский журнал фармакологии. 395 (3): 217–24. Дои:10.1016 / S0014-2999 (00) 00098-4. PMID 10812052.
  38. ^ Мбенца Н.М., Вадаккедат П.Г., МакГилливрей Д.И., Леунг И.К. (декабрь 2017 г.). «ЯМР исследования негемных Fe (II) и 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ». J. Inorg. Биохим. 177: 384–394. Дои:10.1016 / j.jinorgbio.2017.08.032. PMID 28893416.
  39. ^ Леунг И.К., Деметриадес М., Харди А.П., Лежен С., Смарт Т.Дж., Сёллёсси А., Кавамура А., Скофилд С.Дж., Claridge TD (январь 2013 г.). «Метод ЯМР-скрининга репортерного лиганда для ингибиторов 2-оксоглутаратоксигеназы». J. Med. Chem. 56 (2): 547–555. Дои:10.1021 / jm301583m. ЧВК 4673903. PMID 23234607.
  40. ^ Леунг И.К., Флэшман Э., Йео К.К., Скофилд С.Дж., Claridge TD (январь 2010 г.). «Использование ЯМР-растворителя для релаксации воды для исследования взаимодействий связывания металлофермента и лиганда». J. Med. Chem. 53 (2): 867–875. Дои:10.1021 / jm901537q. PMID 20025281.
  41. ^ Хан А., Лесняк Р.К., Брем Дж., Рыдзик А.М., Чой Х., Люнг И.К., Макдонау М.А., Шофилд С.Дж., Claridge TD (февраль 2017 г.). «Разработка и применение скрининговых анализов ЯМР на основе лигандов для γ-бутиробетаингидроксилазы». Med. Chem. Сообщество. 7 (5): 873–880. Дои:10.1039 / C6MD00004E.
  42. ^ Хопкинсон Р.Дж., Хамед Р.Б., Роуз Н.Р., Кларидж Т.Д., Скофилд С.Дж. (март 2010 г.). «Мониторинг активности 2-оксоглутарат-зависимых гистоновых деметилаз с помощью ЯМР-спектроскопии: прямое наблюдение формальдегида». ChemBioChem. 11 (4): 506–510. Дои:10.1002 / cbic.200900713. PMID 20095001. S2CID 42994868.
  43. ^ Поппе Л., Тегли С.М., Ли В., Льюис Дж., Зондло Дж., Ян Э., Курзея Р. Дж., Сайед Р. (ноябрь 2009 г.). «Различные способы связывания ингибитора с пролилгидроксилазой при совместном использовании рентгеновской кристаллографии и ЯМР-спектроскопии парамагнитных комплексов». Варенье. Chem. Soc. 131 (46): 16654–16655. Дои:10.1021 / ja907933p. PMID 19886658.
  44. ^ Bleijlevens B, Shivarattan T, Flashman E, Yang Y, Simpson PJ, Koivisto P, Sedgwick B, Schofield CJ, Matthews SJ (сентябрь 2008 г.). «Динамические состояния фермента репарации ДНК AlkB регулируют высвобождение продукта». EMBO Rep. 9 (9): 872–877. Дои:10.1038 / embor.2008.120. ЧВК 2529343. PMID 18617893.
  45. ^ Флэшман Э., Багг Э.А., Чоудхури Р., Месинович Дж., Лоэнарз С., Макдонау М.А., Хьюитсон К.С., Шофилд С.Дж. (февраль 2008 г.). «Кинетическое обоснование селективности по отношению к субстратам N- и C-концевых кислородзависимых доменов деградации, опосредованных петлевой областью пролилгидроксилаз индуцируемого гипоксией фактора». J. Biol. Chem. 283 (7): 3808–3815. Дои:10.1074 / jbc.M707411200. PMID 18063574. S2CID 34893579.
  46. ^ Деметриадес М., Люнг И.К., Чоудхури Р., Чан М.С., Макдонау М.А., Йео К.К., Тиан Ю.М., Кларидж Т.Д., Рэтклифф П.Дж., Вун ЕС, Шофилд С.Дж. (июль 2012 г.). «Динамическая комбинаторная химия с использованием бороновых кислот / эфиров бороната приводит к мощным ингибиторам оксигеназы». Энгью. Chem. Int. Эд. 51 (27): 6672–6675. Дои:10.1002 / anie.201202000. PMID 22639232.
  47. ^ Месинович Дж, Чоудхури Р., Льенар Б.М., Флэшман Э., Бак М.Р., Олдхэм, штат Нью-Джерси, Шофилд С.Дж. (апрель 2008 г.) «Исследования ESI-MS на пролилгидроксилазном домене 2 выявили новый сайт связывания металла». ChemMedChem. 3 (4): 569–572. Дои:10.1002 / cmdc.200700233. PMID 18058781.
  48. ^ Стаббс CJ, Loenarz C, Mecinović J, Yeoh KK, Hindley N, Liénard BM, Sobott F, Schofield CJ, Flashman E (май 2009 г.). «Применение метода протеолиза / масс-спектрометрии для исследования влияния ингибиторов на структуру гидроксилазы». J. Med. Chem. 52 (9): 2799–2805. Дои:10.1021 / jm900285r. PMID 19364117.
  49. ^ Прошляков Д.А., McCracken J, Hausinger RP (апрель 2016 г.). «Спектроскопический анализ 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ: TauD в качестве примера». J. Biol. Неорг. Chem. 22 (2–3): 367–379. Дои:10.1007 / s00775-016-1406-3. ЧВК 5352539. PMID 27812832.
  50. ^ Макнил Л.А., Бетге Л., Хьюитсон К.С., Скофилд С.Дж. (январь 2005 г.). «Основанный на флуоресценции анализ для 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ». Анальный. Биохим. 336 (1): 125–131. Дои:10.1016 / j.ab.2004.09.019. PMID 15582567.
  51. ^ Луо Л., Паппаларди МБ, Туммино П.Дж., Коупленд Р.А., Фрейзер М.Э., Гржиска П.К., Хаусингер Р.П. (июнь 2006 г.). «Анализ для Fe (II) / 2-оксоглутарат-зависимых диоксигеназ с помощью ферментативного обнаружения образования сукцината». Анальный. Биохим. 353 (1): 69–74. Дои:10.1016 / j.ab.2006.03.033. PMID 16643838.
  52. ^ Рыдзик А.М., Люнг И.К., Кочан Г.Т., Талхаммер А., Опперманн Ю., Кларидж Т.Д., Шофилд С.Дж. (июль 2012 г.). «Разработка и применение флуоресцентного анализа на основе обнаружения фторидов для γ-бутиробетаингидроксилазы». ChemBioChem. 13 (11): 1559–1563. Дои:10.1002 / cbic.201200256. PMID 22730246. S2CID 13956474.
  53. ^ Хуанг CW, Лю Х.С., Шен CP, Чен Ю.Т., Ли SJ, Ллойд MD, Ли Х.Дж. (май 2016 г.). «Различные каталитические роли металлсвязывающих лигандов в человеческой 4-гидроксифенилпируватдиоксигеназе» (PDF). Biochem. J. 473 (9): 1179–1189. Дои:10.1042 / BCJ20160146. PMID 26936969.
  54. ^ Flagg SC, Martin CB, Taabazuing CY, Holmes BE, Knapp MJ (август 2012 г.). «Скрининг ингибиторов хелатирования HIF-пролилгидроксилазы домена 2 (PHD2) и фактора, ингибирующего HIF (FIH)». J. Inorg. Биохим. 113: 25–30. Дои:10.1016 / j.jinorgbio.2012.03.002. ЧВК 3525482. PMID 22687491.
  55. ^ Канлифф CJ, Франклин TJ, Gaskell RM (декабрь 1986). «Анализ пролил-4-гидроксилазы хроматографическим определением [14C] янтарной кислоты на ионообменных мини-колонках». Biochem. J. 240 (2): 617–619. Дои:10.1042 / bj2400617. ЧВК 1147460. PMID 3028379.
  56. ^ Эрисманн Д., Флэшман Э., Генн Д.Н., Матиудакис Н., Хьюитсон К.С., Рэтклифф П.Дж., Шофилд С.Дж. (январь 2007 г.). «Исследования активности гидроксилаз фактора, индуцируемого гипоксией, с использованием анализа потребления кислорода». Biochem. J. 401 (1): 227–234. Дои:10.1042 / BJ20061151. ЧВК 1698668. PMID 16952279.