WikiDer > ЧЭБИ - Википедия

ChEBI - Wikipedia
Химические объекты, представляющие биологический интерес (ChEBI)
ChEBI logo.png
Содержание
ОписаниеХимическая база данных
Типы данных
захвачен		Маленький химические соединения
Связаться с нами
Исследовательский центрЕвропейская лаборатория молекулярной биологии Европейский Союз
ЛабораторияЕвропейский институт биоинформатики объединенное Королевство
Основное цитированиеде Матос и др.[1]
Доступ
Интернет сайтwww.ebi.ac.Великобритания/ chebi
Скачать URLftp.ebi.ac.Великобритания/паб/ базы данных/ chebi
веб-сервис URLwww.ebi.ac.Великобритания/ chebi/ webServices.делать
Sparql конечная точкаBIO2RDF
инструменты
Интернетwww.ebi.ac.Великобритания/ chebi
Разное
Выпуск данных
частота		ежемесячно
Политика курированияКурируется вручную

Химические объекты, представляющие биологический интерес, также известен как ЧЭБИ,[1][2] это химическая база данных и онтология из молекулярные объекты сосредоточены на «малых» химических соединениях, что является частью Открытые биомедицинские онтологии (OBO) усилия на Европейский институт биоинформатики (EBI). Термин «молекулярная единица» относится к любому «структурно или изотопно отличному атом, молекула, ион, ионная пара, радикальный, ион-радикал, сложный, конформери т. д., идентифицируемые как отдельно различимый объект ".[3] Рассматриваемые молекулярные объекты являются продуктами природы или синтетическими продуктами, которые обладают потенциальной биологической активностью. Молекулы, непосредственно кодируемые геномом, такие как нуклеиновых кислот, белки и пептиды получен из белков протеолитический расщепления, как правило, не включаются в ChEBI.

ЧЭБИ использует номенклатура, символика и терминология одобрены Международный союз теоретической и прикладной химии (IUPAC) и комитет по номенклатуре Международный союз биохимии и молекулярной биологии (NC-IUBMB).

Объем и доступ

Все данные в базе данных не являются собственностью или получены из сторонних источников. Таким образом, он свободно доступен и доступен каждому. Кроме того, каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на исходный источник. Это связано с другими базами данных, такими как ЧЭМБЛ, ChemSpider, DrugBank, MetaboLights и PubChem.

Данные ChEBI доступны в открытом доступе. веб приложение, веб-сервисы, SPARQL конечная точка и загрузки.[1][2]

использованная литература

  1. ^ а б c де Матос П., Алькантара Р., Деккер А., Эннис М., Гастингс Дж., Хауг К., Спитери И., Тернер С., Стейнбек С (2010). «Химические объекты, представляющие биологический интерес: обновленная информация». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с базой данных): D249-54. Дои:10.1093 / nar / gkp886. ЧВК 2808869. PMID 19854951.
  2. ^ а б Дегтяренко К., де Матос П., Эннис М., Гастингс Дж., Збинден М., Макнот А., Алькантара Р., Дарсов М., Гуедж М., Пепельница M (2008). «ЧЭБИ: база данных и онтология химических объектов, представляющих биологический интерес». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (Проблема с базой данных): D344-50. Дои:10.1093 / нар / гкм791. ЧВК 2238832. PMID 17932057.
  3. ^ ИЮПАК, Сборник химической терминологии, 2-е изд. («Золотая книга») (1997). Исправленная онлайн-версия: (2006–) "молекулярный объект". Дои:10.1351 / goldbook.M03986